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更新日: 14/03/18

4解析
Analysis

Gene Inspector には、シーケンスを解析するためのオプションが多数用意されています。解析の実行には、解析対象となる一つまたは複数のシーケンスと、選択したこれらのシーケンスに対して実行する一つまたは複数の解析を選択する必要があります。この作業は、Analysis Setup ウィンドウを使って行います。

a. シーケンスの多重整列 (multiple sequence alignments) は例外で、この場合のみ出力結果はシーケンスエディタ・ドキュメントに配置されます (詳細は “多重シーケンス整列” および “Align Multiple Sequences” をご覧ください)。

解析の結果は、それぞれひとつの解析出力オブジェクトa として GI ノートブックに配置されます。出力されるオブジェクトの書式は、解析の実行後に変更することができます。また、解析出力オブジェクトを元に同じ解析を再計算したり、解析出力オブジェクトから新たに別な解析を実行することもできます。

この章では、使用するアルゴリズムに関するいくつかの情報 (解析の具体的内容) はもちろん、解析を実行する仕組みと編集方法についても紹介します。また、これらに付随する各種記述も解析結果の解釈にきっと役立つはずです。

  1. 解析の開始
  2. 解析セットアップ・ウィンドウ
  3. 解析モニター
  4. 入力シーケンスパネル
  5. 出力設定パネル
  6. 解析の解析セットアップ・ウィンドウへの追加
  7. セットアップした解析のメニューへの追加
  8. 出力オブジェクトの編集
  9. スタイルシート
  10. フレーム
  11. 中央値ふるい分け法 Median Sieving (Data-Sieving)
  12. 翻訳テーブルとコドン選好テーブルの編集
  13. Nucleic Acid Analysis (核酸解析)
    1. Align 2 Sequences (Global)
    2. Align Multiple Sequences
    3. Base Composition
    4. Base Distribution
    5. CodonPreference
    6. Dot Matrix
    7. Find Inverted Repeats
    8. Find Repeats
    9. Find Sequence
    10. GC Coding Prediction
    11. Open Reading Frames
    12. Restriction Enzyme Digest
    13. TestCode
    14. BLAST Search
  14. Protein Analyses (タンパク質解析)
    1. Accessible Surface Area
    2. Align 2 Sequences (Global)
    3. Align Multiple Sequences
    4. Amino Acid Composition
    5. Antigenicity
    6. CF Structure Prediction
    7. Dot Matrix
    8. Find Repeats
    9. Find Sequence
    10. Find Sequence (Prosite-style)
    11. GOR Structure Prediction
    12. Helical Wheel
    13. Hydropathy
    14. Hydration Potential
    15. Membrane Buried Regions
    16. Optimal Matching Hydrophobicity
    17. pH/pI
    18. Physical Characteristics
    19. Prosite Motif Search
    20. Protein Cleavage
    21. Protein Interior
    22. Side Chain Flexibility
    23. Signal Sequence
    24. Sliding Window
    25. Side Chain Protrusion
    26. Surrounding Hydrophobicity
    27. Temperature Factor
    28. Transmembrane Helices
    29. BLAST Search