4.14.13 Hydropathy

Hydropathy 解析は、一般に移動窓法 (sliding window approach) を使って、ペプチドシーケンスから疎水性および親水性残基の領域を調べます。Gene Inspector では、様々な作者が作成したテーブルを選択することで 10種類のハイドロパシー解析を実行することができます。解析に使用するテーブルは、図 4.59 に示すように、ポップアップメニューを使って指定します。

図 4.59：ハイドロパシー解析のセットアップパネル

各テーブルを選択すると、選択したテーブルに関する説明が “About the analysis” にそれぞれテキストで表示されます。ユーザー自身で作成するテーブルに加えて、以下に示す標準テーブルを利用することができます：

• Bull & Breese
• Engelman & Steitz
• GES or Engelman, et al.
• Fauchere & Pliska
• Hopp and Woods
• Kyte and Doolittle
• Manavalan & Ponnuswamy
• Sweet and Eisenberg
• von Heijne
• Wolfenden, et al.

図 4.60 に示すのは、Hydropathy 解析のサンプル出力結果です。

図 4.60： Median Sieving 法を使用したハイドロパシー解析例

ラベルに表示されているように、この解析は Kyte & Doolittle テーブルを使用して実行されたものです。移動平均を使用した標準的な解析出力を示したのが図の上の部分で、図の下の部分は、Median Sieving 法を使用して同じデータを解析したものです。Median sieving 法は、任意の移動窓 (sliding window) 解析に Object > Apply Sieving... を選択することで適用することができます。Median sieving 法を使えば、他の手法では分離 (resolve) することのできないピークを多くの場合分解することができます。