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更新日: 14/03/19

4.13.3 Base Composition

Base Composition (塩基組成) 解析は、解析するシーケンスに含まれるモノヌクレオチド (mono-)、ジヌクレオチド (di-)、トリヌクレオチド (trinucleotide) の比率を調べるものです。図 4.15 に示すのはセットアップパネルです。

図 4.15:Base Composition パネル

一番上のポップアップメニューでは、Gene Inspector で計算する組成に関する情報を、モノヌクレオチド (mono-)、ジヌクレオチド (di-)、トリヌクレオチド (trinucleotide) から指定することができます。解析結果は、テーブルまたはグラフとして表示させることができます。グラフ出力では、モノヌクレオチド (mono-)、ジヌクレオチド (di-)、トリヌクレオチド (trinucleotide) の出現回数、または、各出現回数の全体に対する割合をプロットすることができます。テーブル出力では、両方のデータ (出現回数と比率) が出力されます。図 4.16 に示すのは、塩基組成解析 (Dinucleotide: ジヌクレオチド) の出力結果です。出力結果をパーセンテージ (percentage) または出現回数 (number of occurrences) で表示する場合、ヒストグラムに表示される各バーの相対的な高さは等しいままですが、Y 軸の値が変化します。

図 4.16:Base Composition の出力例