ヒューリンクステクニカルサポート
Gene Inspector ホームページ | Gene Inspector
更新日: 14/03/19

4.13.14 BLAST Search

BLAST 解析は、Altschul らの論文 J. Mol. Biol. 215(3):403 (1990) に依拠します。クエリーシーケンスと他のあらゆる生物種のシーケンスとを比較し、お持ちのシーケンスに関連するシーケンスが他に存在するかどうかを問い合わせることができます。BLAST 解析は、高速処理ができるよう設計されており、その結果は統計的に洗練された解釈と共に返されます。BLAST サーバーの URL は <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/> です。

図 4.45 に示すのは、核酸 (nucleic acid) 用の BLAST 検索ダイアログです。Query ポップアップメニューでは、検索するデータベースを選択することができます。上位一致リストに加えて Align best matches を選択すると、一致した上位の整列が多数表示されます。Filter out low complexity matches を選択すると、BLAST ウェブサイトに記載されたフィルタリングが実行されます。これにより、データベースで出現頻度の高いシーケンスの一致は基本的に除外されます。これらは使う人によって重要である場合もあれば、重要でない場合もあります。核酸の BLAST 検索では行列 (Matrix) は現在のところ使用できません。Number of hits to keep は、検索結果として返される一致件数を指定します。

図 4.45:DNA の BLAST 検索

 

この解析を開始すると、ノートブックに新規オブジェクトが配置されます。解析結果が返ってくるとウェブブラウザが自動的に起動して検索結果が表示されます。ノートブックのオブジェクトは、将来同じパラメータで BLAST 検索を起動する場合に使用することができます。