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更新日: 14/03/19

4.14.1 Accessible Surface Area

この解析は、アミノ酸表面の溶媒との接触性 (surface accessibility) を決定する Janin による論文 [Nature 277:491 (1979)] の値に依拠します。この論文に記載された接触値の埋没率 (ratio of buried to accessible values) は (Table 1, column 4) 、この解析で使う接触率 (fraction accessible) に変換されています。この解析は、Antigenicity (抗原性) 解析で Janin のテーブルを選んだ場合と全く同じです。図 4.46 に示すのは、この解析のセットアップパネルです。

図 4.46: Accessible Surface Area のセットアップ

 

この解析はペプチドの属性をペプチドシーケンスの位置関数としてあらわす典型的な移動窓解析です ("Sliding Window")。図 4.47 に示すのはその出力例です。このプロットは、170 と 220 付近のセグメントは接触性が非常に悪いものの、250 付近のセグメントは接触性が高いことをあらわしています。表面接触性は、ペプチドセグメントの抗原性 (antigenicity) に関連すると考えられています。

図 4.47: Accessible Surface Area の出力例