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更新日: 14/03/19

4.14.10 Find Sequence (Prosite-style)

このパワフルな検索ルーチーンは、クエリーシーケンスの定義に Prosite 言語を使用します。非常に高度なクエリー文字列を組み合わせて、非常に厳密な検索を構築することができます。この解析は、Prosite データベースを検索して与えられたペプチドシーケンスとの一致を求めるものではありません (詳細は、“Prosite Motif Search” 参照)。この解析は、Find Sequence 解析の代わりに使うものです。この解析のセットアップパネルを示したのが、図 4.52 です。

図 4.52: Find Sequence (Prosite style) のセットアップ

 

このセットアップパネルのウィンドウに表示された言語を使ってクエリーシーケンスを定義することができます [Prosite Language Definitions 参照] 。ここに示す事例の検索指定は、[RKDE](2,5) となっています。これは、シーケンスの長さが 2~5 の間で変化するアミノ酸 (Arg, Lys, Asp, Glu) を探すという意味です。このウィンドウで説明されているその他の事例に示すように、非常に詳細に検索条件を定義することができます。条件に一致した位置は、図 4.53 に示す出力結果で表示されます。

図 4.53: Find Sequence (Prosite Style) のグラフィック出力例

 

Object > View As Table を選択すると、図 4.54 に示すようにそれらの位置をテーブルで表示させることができます。一番上の2番目の列にクエリーシーケンスが表示されており、以降に続く行には、そのクエリーシーケンスと一致した内容がそれぞれ表示されています。

図 4.54: Find Sequence (Prosite Style) のテーブル出力例

 

この解析は、サマリー解析として実行することができます。詳細はこちらをご覧ください。

 

 

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