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更新日: 14/03/19

4.14.19 Prosite Motif Search

この解析は、解析対象として選択したタンパク質 (複数可) に存在する任意の部位のシーケンスモチーフを Prosite データベースから検索するものです。この解析のセットアップパネルは、図 4.63 に示すようなものです。

図 4.63: Prosite セットアップパネル

 

この包括的なデータベースには、タンパク質認識部位と既知の機能 (function) が複数のカテゴリーに分かれて登録されています。リスト内の項目のいずれかをマウスでクリックすると、そのカテゴリの隣にチェックマークが表示されます。ここでチェックした全ての項目が検索されることになります。

検索結果は、図 4.64 に示すようなものになります。

図 4.64: Prosite 解析のグラフ出力結果

 

部位の位置の同定には、左側にある部位 (site) 名と水平線に沿って付けられた縦の目盛りを使用します。各行は、このオブジェクトをターゲット状態にした後にマウスをクリックすることで選択することができます。あるモチーフに関する情報を確認するには、Object > Get Info About Selection... を選択します。これを選択すると、そのモチーフに関する既知の情報が記載された図 4.65 に示すようなウィンドウが開きます。

図 4.65: Prosite で Get Info About Selection... を選択した結果

 

出力オブジェクトがターゲット状態になっていれば、Object > View as Table を選択することで、出力結果をテーブル形式で表示させることもできます。これを示したのが図 4.66 です。

図 4.66: Prosite のテーブル出力結果

 

一致したグラフ上の位置が、クエリーシーケンスの最初のアミノ酸として示され、それぞれの位置に Matching sequence (一致したシーケンスの内容) が表示されます。各部位に Prosite 言語を使用したクエリーシーケンスが表示されている点に注目しましょう。[Prosite Language Definitions図 4.52 参照]

論文で PROSITE を引用したい場合は次のように記載します:Bairoch A. and Bucher P., “PROSITE: recent developments”, Nucleic Acids Res. 22:3583 (1994).