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Gene Inspector では、6種類の Antigenicity (抗原性) 解析を利用することができます。これらの解析は、一般に、ペプチド表面上のある特定領域 (domain) に特定のペプチドが存在する尤度 (likelihood) に基づいて計算されます。この解析の殆どのケースは、標準的な移動窓解析です (“Sliding Window” 参照)。Antigenicity 解析では、以下に示すテーブルを選択することができます。
これらのテーブルはいずれも、アミノ酸とペプチドの様々な物性に基づいて、それぞれ著者によって作成されたものです。
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