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更新日: 14/03/19

4.14.24 Sliding Window

Sliding Window (移動窓) 解析は、あるシーケンス範囲の残基を走査して、指定した特性を評価するものです。調査する特性は、ユーザーの指定するテーブルの値によって変わります。従って、この解析ではペプチドの特性が、ペプチドシーケンス上の位置関数として表示されます。図 4.68 に示すのは、この解析のセットアップパネルです。

図 4.68: Sliding Window 解析のセットアップ

 

この事例で使用するテーブルには、荷電性アミノ酸 (charged amino acid) には値 1 が、その他のアミノ酸には値 0 がそれぞれ含まれています。図 4.69 は、この解析の出力結果です。

図 4.69: Sliding Window 解析の出力例

 

この解析では、シーケンス内の隣接する一定数のアミノ酸が取り出され、その "窓 (Window)" について値が計算されます。ここで計算された値がプロットされることになります。この窓はシーケンスに沿って1文字ずつ移動し、その窓の値が計算されるたびにプロットされて行きます。同じ操作がシーケンスの末端に至るまで繰り返し実行されます。この事例の場合、Lamprey rhodopsin の荷電性アミノ酸が一定の塊になってグラフに表示されているのを確認することができます。

 

 

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