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Gene Inspector 製品概要

The Gene Inspector は、Mac OS X / Windows に対応した遺伝子配列、アミノ酸配列の解析ツールセットです。ペプチドの等電点などの基本物理性質や側鎖の疎水性傾向、抗原性、ホモロジー検索、二次構造予測、コード領域の探索など約 60 種の解析ツールが備わっています。

主な機能

  • 複数配列の比較
    個々の配列は色分けされ、複数の配列が見やすいだけでなく、ウインドウの一番上の全体バーにより、現在、長い配列のどの辺りが表示されているかも明確になっています。 また、多重整列では、最上部の赤い部分が度数分布、それ以下にギャップ有りの整列済みの配列が表示されています。これらは、色の濃淡でそれぞれのアミノ酸の一致度合いを示しており、一目でどの部分が一致しているかがわかります。
    シーケンス・エディタ
    マルチプルアラインメント

  • 配列のイラストレーション
    イラストレーション機能
    GI では、遺伝子配列のイントロンを明示して、それ以外の部分をアミノ酸に翻訳し、さらに制限酵素認識部位をマーキングして、シーケンスをグループ化するといった作業を簡単に行えます。等幅フォントに限らず配列をお好みのフォントで表示できたり、配列の一部を枠で囲ったり二重線を引いたりすることで、配列を思い通りに分かりやすく表現することができます。

  • 真のコード領域の探索
    TestCode 解析
    TestCode 解析では、ORF の検索結果に、生物種別のレアコドン頻度に関する解析結果をあわせて表示してくれるので、複数の ORF から真のコード領域を考察する際に非常に参考になります。サンプルでは矢印で示した ORF が真のコード領域だということがわかります。この ORF をアミノ酸に翻訳してみたい研究者は ORF の矢印をクリックし、"translate" オプションで簡単に行えます。

  • ドットマトリックスとアライメントによる配列の比較
    ドットマトリックス （Dot matrix） における色の違いは、2つの配列における類似性の程度差を表していて、この場合、最も似ている領域を赤で、最も似ていない領域を青で表現しています。このプロット上のある特定領域のアライメントを配列として見るには、マウスでその領域を選択しメニューの中から "align selection" を選ぶだけです。
    ドット･マトリックス解析
    アラインメント

解析機能一覧

遺伝子配列

アミノ酸配列