StarDrop バージョンアップデート情報
主な機能を以下に紹介します。新機能に関する詳細説明については リリースノート をお読みいただくか、soft.sales@hulinks.co.jp までお問い合わせください。
v8.2 で追加された機能
今回の最新リリースでは、設計・予測・最適化プロセスにおいて、より詳細な 3D 解析情報を活用できるようになりました。
タンパク質・リガンド構造探索のための高度な 3D 可視化
これらの改良により、StarDrop はタンパク質・リガンド構造の探索やドッキング結果の確認を行うための、より優れた環境となりました。つまり、アプリケーションを切り替えることなく、十分な情報に基づいた設計上の判断を下し、論文掲載レベルのグラフィックを作成することが可能となりました。
- タンパク質表面を元素の種類ごとに色分けして表示
基礎となる原子の元素の種類に応じてタンパク質表面を色付けしてレンダリングできるようになりました。これにより、リガンドがなぜその位置に結合しているのか、また、ポケット領域がどのような種類の相互作用を可能にするのかを理解しやすくなりました。 - マウスオーバーによるリボンや原子の検出
リボンや原子にマウスを合わせると、対応する鎖（チェーン）や残基の情報が 3D 領域内で直接表示されるようになりました。これにより、検査の作業の流れを中断することなく、画面上に何が表示されているかを簡単に確認できます。 - 奥行き表現とフォグ（霧）のきめ細かな制御
表示オプションにスライダーが追加され、ぼかしの強さを調整し、構造体の調査対象箇所にフォーカスすることが可能になりました。 - Z-clipping で遮蔽された部位を可視化
3D ビューをクリッピングして、タンパク質や表面の視界を遮る部分を削除することができます。これにより、埋もれたリガンドやポケットの内部、そして通常は隠れてしまいがちな重要な相互作用を、より容易に確認できるようになりました。 - 原子間の距離、角度、および二面角を測定
原子間の距離、3つの原子によって形成される角度、4つの原子によって形成されるねじれを測定し、測定の表示/非表示を制御できます。これらのツールにより、タンパク質－リガンド複合体における重要な幾何学的関係を、より正確に検証し、伝達することが可能です。
Pose Generation Interface で QuanSA 結合親和性モデルにアクセス
StarDrop の Pose Generation Interface (PGI) は、設計・最適化プロセスにおいて、外部のドッキングやポーズ生成手法を利用するための、柔軟かつベンダーに依存しない手段を提供します。
StarDrop 8.2 では PGI の利用範囲を QuanSA にまで拡大しました。これにより、標的タンパク質の構造が不明な場合でも、物理的根拠に基づく機械学習モデルを用いて結合親和性を正確に予測することが可能になります。
BioPharmics のライセンスをお持ちのユーザーは、StarDrop 上で QuanSA 結合親和性モデルにアクセスし、予測された親和性を 2D SAR (構造活性相関)、物性予測、および実験データと並べて確認できるようになりました。
追加機能と拡張機能
- Cerella、Metabolism、およびライセンスサーバーの自動サービス検出
ユーザーが StarDrop にサインインすると、ライセンスサーバー、Cerella、および Metabolism サービス (Optibrium がホストしている場合) の詳細情報が自動的に取得されるため、StarDrop の設定が容易になります。
- Enamine、eMolecules、Molport の最新バーチャルスクリーニング用化合物コレクションへのアクセス
eSim3D ユーザー向けに、カスタマーハブからダウンロード可能なバーチャルスクリーニングコレクションが更新されました。
v8.1 で追加された機能
StarDrop 8.1 では、タンパク質の可視化、データフィルタリング、列と⾏の管理機能が強化されたほか、さまざまなバグ修正とスクリプトの更新が⾏われています。
二次構造リボンを 3D ビューで表示
StarDrop 8.1 はタンパク質の可視化のための二次構造リボンを導入し、構造的文脈を探る親しみやすく視覚的に魅力的な方法を提供します。
リボン表示にすることで、らせん、シート、ループなどの重要な要素を一目で識別しやすくなります。その結果、StarDrop 内で構造ベース設計を検討する際、結合環境やタンパク質の構造についてより明確に理解できるようになります。
行および列の固定機能の改善
列と⾏を固定することで、重要な識別⼦を常に表⽰できるため、大規模な複合データセットの操作が容易になります。
既存の固定セットに行や列を追加したり、個々の行や列を選択的に固定解除することができます。固定と固定解除の操作は、行ヘッダーと列ヘッダーを右クリックして表示されるコンテキストメニューから利用することも可能となり、これらの機能へのアクセスがより迅速かつ直感的になっています。
データフィルタリングの機能強化
フィルターパネルは、データセット間を移動している間も開いたままになります。また、フィルターをかけた後もパネルは開いたままなので、フィルターを開かずに素早く調整できます。 Select (選択)、Delete (削除)、Move (移動) に加え、フィルタリングされた化合物に対して、Show only (表示のみ)、Hide (非表示)、Tag (タグ付け) も選択できるようになりました。
追加機能と拡張機能
- クエリインターフェース
クエリインターフェース用の macOS インストールスクリプトが利用可能になりました。
- Python スクリプト
以下のスクリプトが更新され、ウェブサイトの Community Hub セクションで再び利用可能になりました:
| AtlasCBS | Mcule |
| ChEMBL | MolPort |
| eMolecules | NIH NCI Identity |
| Enamine | RealSpaceSearch |
| Export to Excel | ScienceCloud |
| Find Similar Compounds | Split Entries |
| GooglePatent | WuXiGalaxiSearch |
v8.0 で追加された機能
StarDrop™ 8 では、創薬化学ワークフローのあらゆる段階におけるリアルタイムコラボレーションを統合し、探索チームとのの共同作業の在り方を変革します。また、主要な ADME 特性向けの新たなモデルと更新モデル、および包括的な分子特性計算ツールにより、StarDrop の予測機能を強化しました。
リアルタイムコラボレーション
“リアルタイムコラボレーション” により、チームは全員の認識を統一し非効率を排除することで、ヒット化合物から候補化合物への移行を加速できます。StarDrop のインタラクティブなデータ可視化、SAR 解析、予測モデリング機能と組み合わせることで、チームは集合知を活用し、成功の可能性が最も高い化合物を優先的に選定し、合成努力を重要な領域に集中させることが可能になります。
Collaborative Project（共同プロジェクト）：情報と分析を共有するスペースを提供し、どこから作業していてもチームの連携を保ちます。
Project Journal（プロジェクトジャーナル）：共同作業を進める中で重要な目標や決定事項を記録するために活用できます。
Shared Data Set（共有データセット）：一貫性を保証し、全チームメンバーが同一基盤にある化合物とデータにアクセスできるようにします。新規化合物やアッセイ結果は即座に可視化され、バージョン管理の問題や重複作業を防止します。
Centralised Idea Tracking（集中管理されたアイデア追跡システム）：発見プロセスのあらゆる段階における設計と意思決定をすべて記録します。これにより、成功戦略を容易に特定し、将来の業務に適用することが可能になります。各化合物の作成者と作成日時が自動的に記録されるため、あらゆるアイデアをその起源まで遡って追跡できます。
Intuitive Workspace（直感的なワークスペース）：データを自由に閲覧・分析でき、結果や洞察はいつでも即時共有が可能です。
セキュリティとアクセス
各プロジェクトの所有者は、そのプロジェクトの化合物やデータへのアクセス権限を管理し、閲覧や編集の権限を持つユーザーを設定します。StarDrop およびそのすべてのコラボレーション機能は、Optibrium 社の ISO27001 認証を取得した情報管理システムによって支えられており、信頼できるセキュリティを提供します。
新しく改良された ADME 予測モデル
今回のリリースでは、5 つの新しい ADME QSAR モデルと既存モデル 2 つの更新が含まれています。これらにより、化合物のより包括的な理解が可能となり、優先的に進めるべき化合物を特定できます。
新しい ADME QSAR モデル
- HLM CLint カテゴリ
肝臓が化合物を代謝する固有の能力を予測し、化合物を安定、中程度、不安定に分類します。代謝安定性の効果的なスクリーニングツールとして機能し、有利なクリアランスを持つ化合物に計算負荷の高い代謝計算を集中させることが可能になります。 - P-gp inhibition カテゴリ
化合物が、代表的な排出トランスポーターである P-糖タンパク質（P-gp）の阻害剤となるか、非阻害剤となるかを分類します。StarDrop の既存の『P-gp 基質カテゴリモデル』と併用することで、包括的な P-gp 相互作用プロファイリングが可能になります。 - hERG pKi
心毒性につながる可能性がある hERG チャネルへの結合親和性を予測します。この新しいモデルは、既存の hERG pIC50 モデルに代わるものです。 - Ames mutagenicity カテゴリ
化合物を変異原性あるいは非変異原性に分類します。発がんリスクにつながる変異原性化合物を回避するために役立ちます - Caco-2 permeability
経口バイオアベイラビリティの予測および薬物動態の最適化に不可欠な、腸管透過性を予測します。
ADME QSAR モデル のアップデート
- 血液脳関門（BBB）カテゴリモデルおよびヒト腸管吸収（HIA）カテゴリモデル
トレーニングセットを拡張・多様化し、機能を強化しました。これにより、医薬品ケミカルスペースの網羅性が向上し、より現実的な性能評価が可能となりました。 本改良により、多種多様な分子骨格に対して、より信頼性の高い分類境界に基づいた、確度の高い予測を行うことができます。
重要な特性を定量化：新規構造記述子の追加
化学的な「直感」を定量的な「データ」へと変換する、包括的な構造記述子セットを追加しました。
新しい基本プロパティ
- TPSA (NOSP): 硫黄またはリンに結合した窒素および酸素原子を含むトポロジカル極性表面積
- McGowan’s Volume (Vx): 分子体積記述子
63 種類の新規カウント型記述子
- 原子／原子種 (Atoms/atom classes)
- 官能基 (Functional groups)
- 環構造 (Rings)
すべての記述子は、Glowing Molecule™、ADME QSAR 予測モデリング、およびマルチパラメータ最適化確率スコアリングとシームレスに連携します。
追加機能と拡張機能
Optibrium 社が提供する新しい管理パネル
Web ベースの管理パネルは、チーム全体における StarDrop および Cerella™ の設定と管理を合理化するための単一のインターフェースを提供します。
本機能には、ユーザーアクセスと権限の管理、プロジェクトとワークスペースの管理、Cerella データソースの設定、API キーの管理機能が含まれます。
関数エディタの改良
新しい関数として、リガンド効率や親油性効率の方程式、分子式生成、InChI および InChI-Key 式、SELFIES 表記、そしてテキストの列分割機能が追加されました。
さらに、Concatenate 関数は複数の区切り文字をサポートするようになり、Split Columns 機能はデータセットメニュー内に配置されました。
CardView® の柔軟性向上
Card View の柔軟性がさらに向上し、プロジェクトの状況に合わせて化合物やデータを最も直感的な方法で表示できるようになりました。新たに「タイトル文字色のカスタマイズ」に対応したほか、プロパティ（物性値など）をカードの背景色ではなく「枠線の色」で表現するオプションを追加しました。これにより、化学構造式や Glowing Molecule™ の視認性が高まり、より鮮明に確認できるようになります。
Metabolism モジュールの改良
名称の統一性を図るため、「P450 Isoform」列の名称を「WhichP450」に変更しました。また、WhichEnzyme™ および WhichP450™ の円グラフに関する説明文を改善しました。さらに、代謝モジュールの環境設定（Preferences）における「Force Recalculation（強制再計算）」ボタンの挙動を明確化しました。
サーバーとライブラリの更新
オンプレミス版 StarDrop サーバーのインストール手順を簡素化し、すべてのサーバーで単一のインストーラーとインストールキーを利用できるようにしました。
対応 OS については、新たに Ubuntu 22.04 LTS および RHEL 9/10 がサポート対象に追加されました。一方で、CentOS 7.x および RHEL 7.x/8 のサポートは終了しました。 Derek Nexus はバージョン 6.4.0 に、Nexus は 2.7.1 にアップデートされました。Matsy ナレッジベースはアップグレードされ ChEMBL 36 のデータを含んでいます。また、OEChem ライブラリも最新化されました。 開発者向け機能として、カスタムスクリプト実行時にデータセットを再取得できる refreshFromDataSources 関数が新たに追加されています。