• v6.6
• v6.5
• v6.4
• v6.3
• v6.2
• v6.1
• v6.0

v6.6 で追加された機能

pKa Model

SeeSAR™

StarDrop6.6 では、StarDropの structure-based design 向け機能をより強力にする SeeSAR モジュール拡張スイートを提供します。

View

Pose

FlexX docking を使用して、バーチャルスクリーニングのための複数ポーズの生成やインタラクティブな3Dデザインを行えます。

高速テンプレートドッキングにより、確立された結合モードを維持しながら、リアルタイムなフィードバックによる化合物編集を行うことが可能です。また、 SeeSAR Affinity モジュールと組み合わせることで、結合エネルギーに対する新しい最適化の影響を評価することが可能となります。

View および Affinity モジュールは、結晶構造または任意のドッキングソフトウェアの3Dポーズを取り込めます。

その他の拡張

Optibrium Community

StarDrop の機能は、継続的に拡張および更新しているさまざまな無料アドオンで拡張する事が出来ます。 Optibrium Community Web サイトにログインし、無料でダウンロードする事が出来ます。 StarDrop 6.6 で引き続き機能させるには、アドオンの更新が必要な場合がありますのでご注意下さい。

最近追加された無料アドオンの拡張機能

REAL Space Search Tool

このツールを使用すると、対象のクエリ構造に類似する化合物を「Enamine REAL space」で検索できます。「Enamine REAL space」は現在、110億を超えるバーチャル化合物を収録しています。このツールは、 BioSolveIT の REAL Space Navigator と同じ様に FTrees テクノロジーを使用し膨大な REAL スペースをすばやく検索します。

• 化合物の局所的な化学空間の調査が可能
• 特性が改善された構造的に新しいリード化合物を見つけることや特許で保護されたスペースを避けることが可能

ICSYNTH light

このスクリプトを使用すると、「 ICSYNTH light 」にアクセスし、StarDropのインタラクティブデザイナーまたは Nova モジュールで設計された新しい分子の合成経路の評価が可能となります。「 ICSYNTH light 」は、トランスフォームベースのアプローチを採用しており新規若しくは未公開であってもターゲット分子の合成経路を生成します。このスクリプトは、可能な合成経路をWebブラウザーで表示します。

ChEMBL Search Tool

ChEMBL は、ドラッグライクな特性を持つ生理活性化合物を手作業で厳選した主要なデータベースです。化学、生理活性、ゲノムデータを纏め、ゲノム情報の効果的な新薬への展開を支援します。最近更新されたスクリプトを使用すると、 StarDrop から ChEMBL を直接検索し、事前定義したデータ形式で出力できる為、以下の業務で直ぐに利用可能となります。

• 化合物の潜在的なオフターゲットアクティビティの特定
• 化合物またはターゲット周辺の SAR の理解
• 新しい化合物の予測を行うための QSAR モデルの構築

v6.5 で追加された機能

データの可視化

データの可視化

WhichP450™ モデル追加

R-group clipping

その他の機能強化や変更点

v6.4 で追加された機能

Docking および Alignment

• FlexX™ – BioSolveIT
• Gold™ – Cambridge Crystallographic Data Centre
• MOE™ – Chemical Computing Group
• AutoDock Vina – The Scripps Research Institute
• POSIT™ – OpenEye Scientific
• 開発元の動画

Pose Generation Interface は、StarDrop6.4 の無償アドオンとして利用可能です。

Copy および Paste 機能の強化

SeeSAR™ および BIOSTER™ モジュール

その他の機能強化や変更点

• Enhanced Stereochemistry をフルサポート (読込み・書き出し・編集) しました。
• パフォーマンスやメモリ利用を、大きく改良しました。この改良により、大規模データセットの利用が、容易になりました。
• StarDrop の Function Editor に、新たな関数が追加されました。関数追加により、StarDrop 画面内にて直接、テキスト操作やデータ収集、および、条件付きデータによる適切な計算などが可能となりました。toolbar の ボタンをクリックし、新しい関数をご確認ください。

v6.3 で追加された機能

SeeSAR Module

新しい SeeSAR モジュールは、ターゲットタンパク質に対する化合物の結合状態を 3次元で可視化して理解するために、最先端で科学的に正確なアプローチを提供します。

部分構造検索ツール

部分構造が一致する化合物を検索するための機能が飛躍的に強化、改善されました。以下のように、リンカーに対して長さや環構造を含むかを指定できるといった、柔軟な条件で検索ができます。

部分構造検索ツールはツールバーの をクリックするとご利用いただけます。

Card View Version 2

さらに、新しいカードを既存のスタックに加える機能も追加されました。この機能により、クラスタリングのような解析を再度実行する必要がなくなるため、時間が節約され、Card View の配置も保つことができます。

その他の変更点

• 40以上の異なるエンドポイントをもつナレッジベースの毒性予測を提供する Derek Nexus モジュールが Lhasa Limited による最新のナレッジデータベースにアップデートされました。また、クライアントマシンのメモリへの負荷を減らすため、Derek Nexus の計算はサーバーマシン上で実行されるようになりました。
• Nova モジュールにおける構造変換ライブラリを拡張するための BIOSTER モジュールに、最新の論文から引用した約2,000の構造変換ルールが追加されました。

v6.2 で追加された機能

• SD ファイル読み込み時に原子座標を保持できるようになりました。従来は StarDrop 独自の内部的な表現が用いられていましたが、複数のプラットフォームを通して化合物のもつ固有の配向を保ちたいというお客様からのご要望にお応えしました。

• モデルサーバーを強化しました。スケーラビリティが改善され、サードパーティや内部モデルを通して多数の化合物が処理されます。

• 全ての StarDrop サーバーが 64bit に対応しました。

• ユーザーがスケッチして追加した分子の向きを制御できるようになりました。この機能を利用すると、ひとつの分子の向き制御すれば、データセット中の他分子の向きもそれに合わせて制御できます。
  →関連情報：分子の向きを制御する方法

• いくつかの細かい機能の強化とバグを修正しました。例えば、共有ファイルを開いたときにファイルがロックされる機能の追加や、データ元に変更が合った際のプロジェクトファイルの更新やフローティングライセンスの管理におけるフレキシビリティの強化があります。

• StarDrop のスクリプティング API が原子座標にも対応しました。

v6.1 で追加された機能

Matched Series 解析

Nova には matched series 解析に基づく次の2つの方法が組み込まれています。ナレッジベースのデータベースで頻出のシリーズを用いて、あなたのデータの短いシリーズと一致させる Matsy™ (J. Med. Chem., 2014, 57(6), pp 2704–2713) と、分子のアクティビティについての測定値と強い相関をもち、より長いシリーズを用いるSAR transfer です。

matched series 解析はターゲットに対するアクティビティについての測定値をもち、置換基のみが異なる分子シリーズを1つ以上含むデータセットを入力します。解析を開始するためには、StarDrop のNova タブを選択し、ボタンをクリックして Nava セッションを起動し、Matched Series Suggestion を選びます。この機能についての簡単なデモンストレーションは こちら をご覧ください。

プロジェクトファイル形式

プロジェクトファイルの各データセットは、ファイルの読み込みやデータベースへの問合せなどの、データソースへの接続も可能です (データベースには StarDrop のスクリプティング API を通して適切に接続する必要があります) 。さらに、新しい化合物や結果が増えたときには、データを開き直さなくてもデータセットや計算、グラフを更新することができます。データソースからデータセットを更新するには、Data Set メニューから Refresh を選択します。

強化された P450 代謝モジュール

これらの新しい機能を使うためには、P450 モデルサーバーを更新する必要があります。

その他の強化された機能

• R-group 解析におけるステレオケミストリー
  StarDrop の R-Group 分解ツールがステレオケミストリーの処理について改良されました。新しい R-Group 解析は、R-Group を置換させた時点で局所的なステレオケミストリーの影響をうけ、E/Z 体で表される置換基を区別します。

v6.0 で追加された機能

Card View – 化合物データセットの新しい表示方法 –

Card View は、化合物とそれらの関係性を直感的にわかりやすく表す画期的で新しい化合物データセットの表示方法です。構造やさまざまな物性値を集約したカードは、自由に動かしたり、結びつけてグループを作成することができ、既存のスプレッドシートよりも最適な構造や重要な構造活性相関 (SAR) を見つけやすくします。Card View を利用することで、柔軟で対話的に化合物データを表示することが可能になります。

Card View の基本機能 2：Stack
あるカードを別のカードの上に重ねる (Stack する) だけで簡単にグループを作成することができます。Stack すると一番上のカードには、ヒストグラムやボックスプロットを使って物性値の分布や、最大共通部分構造 (Maximum common substructure) を表示することができます。表示する物性値は、カードと同様にお好みに応じてカスタマイズすることができます。

CardView を使用した解析機能

クラスタリングや Matched Molecular Pair (MMP) 解析、Activity Landscape (Activity Cliff) といった解析は、複雑なデータを解析する強力な手法ですが、これらの結果を解釈するためには、時間と労力を要する専門的な解析が必要なことが課題でした。しかし、この Card View を用いることで、これらの結果を直感的にだれもが解釈できるように表示することができます。

その他の機能強化

• データ解析機能の強化
  • 共通部分構造によるクラスタリング (common substructure clustering)
  • Matched Pair Analysis
  • Activity Landscape
  • Activity neighbourhood analysis (activity cliff の探索)
• Multi scaffold R-group 解析
• グラフ化機能の強化
• Derek Nexus モジュールの更新