v5.5 で追加された機能
新モジュール MPO Explorer
MPO Explorer は、化合物探索プロジェクトにておいて戦略的な決断を支援する手法を提供します。
- 過去のデータに基づき、有望な化合物を最適に選択するための、プロジェクトの目標に適した Multi-Parameter Scoring プロファイルを生成します。
- 有望な化合物を見極めるため、および実験リソースの集中を実現させるための最も重要なデータをつきとめます。
- 選択した選定基準決定のロバスト性をテストします。
データ可視化機能の拡張
3D の散布図とケミカルスペースが新たに追加されました。その他にもいくつかの機能が改良されています。
Matched Pair Analysis 解析
StarDrop の R-Grouop 解析機能を使用して、ケミカルシリーズ内の Matched Pair Analysis ができるようになり、化合物のプロパティに明らかな影響を与える主要な置換を特定することができます。
BIOSTER データベースの更新
Digital Chemistry 社より提供されている BIOSTER のデータベースが最新版に更新され、23,000件以上の先例のある生物学的等価体の変換ライブラリを含んでいます。(前バージョンは 20,000件以上)
v5.4 で追加された機能
Derek Nexus：知識ベースの毒性予測
Derek Nexus モジュールは、世界トップレベル技術を有する Lhasa の知識ベース毒性予測機能を提供します。Derek Nexus は、公開データおよび提供されたデータ (非公開) を利用し、構造と毒性との関係を定義したものであり、ターゲット化合物が毒性を有する可能性をアラートとして表示します。Derek Nexus モジュールにより、変異原性、肝毒性、心毒性を含む 40 評価項目について、ターゲット化合物が毒性を有する可能性予測が可能となります。
BIOSTER：実例から抽出された構造変換ライブラリ
BIOSTER は、Digital Chemistry 社との協力により開発および更新され、StarDrop の Nova モジュールの拡張オプションとして利用可能です。この組み合わせにより、ターゲット化合物への適切な変換を見出すための包括的 BIOSTER データベース検索が、迅速かつ容易になります。これらは、生物活性が高く、合成難易度が低く、あなたのプロジェクトに適した物性プロファイルへの優先性を持つ可能性が高い新規構造を生成するために、自動的に適用されます。BIOSTER に備わる十分に試行された等価体 (isosterism) 原理に基づく実験データは、化学的研究領域に属する多くの人々から集められたもので、これらを活性類似体の新たな発見に役立てることができます。BIOSTER モジュールには、István Ujváry 博士の監修のもと文献から手作業で収集された 20,000 件を超える先例のある生物学的等価体変換に加え、それらの記載されたオリジナルの文献への参照情報が他に類を見ない形式で１つにまとめられています。
データの視覚化
StarDrop のデータの視覚化機能に幅広い種類のプロットとカスタマイズの機能が追加されました。
- カスタマイズ可能な円グラフ、ヒストグラム、レーダープロットを含む構造活性相関テーブル
- 注釈とラベルの追加
- 軸、カラーや大きさへのログスケールの適用
- 円グラフの作成
torch3D
3D 構造活性相関を理解するための、Cresset 社独自の Field テクノロジーを使ったtorch3D (旧 Field Align) モジュールに、化合物の３次元構造、生物活性と相関の洞察を提供する Cresset XED 力場の最新バージョンが搭載されました。
v5.3 で追加された機能
Nova モジュールによるライブラリ列挙
Nova モジュール上で、素早く、簡単に、バーチャルライブラリを列挙することが可能となりました。骨格および各種フラグメントを定義することにより、自動的に、定義内容に対応した構造リストを発生します。各ポイントへの置換グループは、スケッチ、ユーザ定義ライブラリや集中管理ライブラリからの選択、StarDrop に含まれる R-group analysis 機能利用による別シリーズからの分解によって定義することが可能です。
StarDrop は、分析すべき全ての組み合わせを含むライブラリを列挙することが可能です。また、各プロジェクトターゲットに最適な化合物を選択するために、ライブラリ化合物に対し、物性値予測やスコア評価を自動的に実行することが可能です。この機能は、全ての組み合わせを含むライブラリでは保存したり分析するには大き過ぎる場合、非常に有用な機能となります。
データ可視化機能の向上
StarDrop に含まれるデータ可視化機能は、グラフやプロットにインタラクティブなフィルタを与ることができ、最も興味深い化合物に素早く着目することが可能です。
StarDrop 5.3 では、時間情報を含む物性値やスコア値を探索するために、日付分析が可能となりました。大部分のデータフォーマットを、テキスト形式、カンマ区切り形式、SD ファイル形式から直接読み込むことが可能です。
データ分析および管理ツール
- クラスタリング機能
この新ツールにより、構造類似度、もしくは、物性類似度に基づき、簡単にデータセット中の類似化合物グループを認識することが可能となります。クラスタ情報を、StarDrop の Chemical Space 表示やデータ可視化することにより、ライブラリ中の化学系統を簡単に比較したり、最高品質の化学構造に的を絞ることが可能となります。“Tools -> Clustering…” メニューオプションから、クラスタリングツールを利用することが可能です。
- データセットのフィルタリング
この機能は、データセットからの、好ましくない部分構造や物性値を含む化合物除去を支援します。データセットをフィルタリングするための基準として、あらゆる数値設定が可能です。例えば、物性値フィルタ条件と、一般的な反応基や公開済みサンプルから抽出した潜在的な有毒性官能基を含むライブラリ (ライブラリは、ユーザ独自ルールを取り込むことによって拡張可能) から選択した部分構造条件を組み合わせることが可能です。“Data Set -> Filter…” メニューオプションから、フィルタリングツールを利用することが可能です。
- 重複データの削除
複数のソースから化合物データを統合する場合、通常、ひとつのデータセット中に、同じ化合物を重複コピーします。重複データ削除ツールを利用することにより、重複データを簡単に見つけ出し、保持したいデータを選択することが可能となります。“Data Set -> Check for Duplicates…” メニューオプションから、重複データ削除ツールを利用することが可能です。
