DNA 配列のアラインメント、アセンブリ、解析
CodonCode Aligner は、DNA 配列のアセンブリ、アラインメント、および解析のための強力なツールを提供します。研究者や研究室向けに設計されており、クローニングの検証、配列の編集、およびシーケンシング結果の解析を効率化します。
直感的で正確な配列アセンブリ
CodonCode Aligner は、他のツールにはない高度な機能を備え、DNA 配列を効率的にアセンブリするための柔軟なワークフローをサポートしています。その例としては、異なるクローン由来のコンティグの直接比較や、低品質領域の可読性を向上させるためのトレースのシャープニングなどが挙げられます。
サンガーシーケンシング：高速かつ高精度なアセンブリと編集
数リードから数千リードに及ぶプロジェクトを、最小限の設定で迅速かつ正確にアセンブルできます。CodonCode Aligner には、アセンブルプロセスを効率化する独自の機能が多数備わっています。例えば、アセンブル時にサンプル名を基にグループ分けを行い、サンプルグループごとに個別のコンティグを生成する機能などがあります。
手動での編集が必要な場合でも、CodonCode Aligner なら迅速かつ直感的な編集が可能です。さらに、塩基の不一致を解決したり、アセンブリをクリーンアップしたり、配列の全体的な品質を向上させたりするための自動ツールも備わっています。
次世代シーケンシング
細菌ゲノムをアセンブルし、スキャフォールドを構築します。Bowtie 2 を使用して、NGS リードをリファレンス配列にアラインメントします。NGS リードの前処理を行う：リードのトリミング、フォーマット変換、ペアの再構成。配列のクラスタリングと同定を行います。二倍体生物における対立遺伝子間の連鎖関係を解析します。
配列比較：違いを可視化し、配列を簡単にアラインメント
柔軟なアラインメントオプションと専用ツールを活用して、配列をリファレンスや他の配列と比較できます。CodonCode Aligner は、結果の解釈やその後の分析を支援するように設計されたビューや表で結果を表示します。
高速かつ柔軟な配列アラインメントと比較
Clustal Omega、MUSCLE、Bowtie2、翻訳ベースの手法などの統合ツールを用いて、ペアワイズまたはマルチプル配列アラインメントを実行したり、Aligner に組み込まれたアルゴリズムを使用して、参照配列に基づく迅速な比較を行ったりできます。
差異と変異の分析
カスタマイズ可能な差異表で、アラインメントにおける配列の差異を包括的に把握できます。サンガー法データに基づくワークフロー向けに、ヘテロ接合体の塩基判定やコドンレベルの影響などを含む、変異検出ツールが利用可能です。
分子生物学アプリケーション向けの設計・解析機能
CodonCode Aligner には、配列のアセンブリやアラインメントにとどまらず、分子生物学のワークフローを支援するツールが搭載されています。プライマーの設計、制限酵素消化のシミュレーション、クローニング戦略の立案、配列アノテーションの追加や確認などを、CodonCode Aligner 内で直接行うことができます。
制限酵素マップの可視化と RFLP 消化のシミュレーション
制限酵素マップを表示し、仮想ゲルや表上で切断パターンを可視化します。RFLP 解析のための消化をシミュレーションし、サンプル間の断片パターンを比較します。
in vitro クローニング：クローニング構築体の迅速かつ視覚的な設計
制限酵素クローニング、ギブソンアセンブリ、HiFi DNA アセンブリ、TA クローニング、TOPO クローニングを用いたクローニング手順をシミュレートします。インサートを視覚的に選択し、プライマーを自動的に選定し、問題となる前にエラーを検出します。クローン検証ツールでクローンを確認し、自動的に記録されたクローニング履歴を確認できます。
プライマーの設計と配列のアノテーション
プライマーの長さ、融解温度、産物サイズなど、カスタマイズ可能なパラメータを使用して、PCR、クローニング、またはシーケンシング用のプライマーを設計します。ターゲット領域に対するプライマーの位置を視覚化し、プライマーの特性を確認し、選択したプライマーをエクスポートして注文することができます。
CodonCode Aligner には、アラインメントされた配列間で特徴を転送したり、同一性に基づいてプラスミドの共通の特徴を見つけたりするなど、他にも多くのツールが含まれています。詳細については、以下の機能一覧をご覧ください。
機能一覧
インポート／エクスポート
- ABI、AB1、SCF 形式のサンガー配列クロマトグラフのインポート
- FASTA、FASTQ、Sam、 .dna、EMBL 形式のテキストファイルのインポート
- サンプルのサブセットのインポート (例：n 番目ごとのサンプル、プロジェクト内の選択したシーケンスに一致するサンプルのみ等)
- 新しいテキストシーケンスをコピー＆ペーストで作成
- アクセッション番号によって GenBank からインポート
- シーケンス、コンセンサスシーケンス、アラインメント、プロテイントランスレーションを SCF、FASTA、FASTQ、NEXUS/PAUP、Phylip にエクスポート
シーケンス編集とトリミング
- シーケンスとコンティグのマニュアル編集：サンプルやコンティグエンドの削除、コンティグ分割など
- 自動化された編集ツール： 曖昧さの呼び出しと削除、コンセンサスの一致、低品質の塩基を N に変換、自動編集のアンドゥ
- サンガークロマトグラムの画質が悪い領域に対するトレースの鮮明化
- ツールバーボタンやキーボードショートカットを使った素早い操作：ユーザーが興味のある領域を定義可能
- 低品質のシーケンスを削除するためのエンドクリップ：ベクトルコンタミネーションを削除
シーケンスアセンブリ
- ローカル、エンド・トゥ・エンド、ラージギャップ (cDNA to Genomic) アルゴリズムを使ったフラグメントのアセンブル
- 正確で、品質ベースのコンセンサスシーケンスがマニュアル編集の必要性を最小化
- 名前でアセンブルし、多数のクローンや標本に対して別々のコンティグを作成
- Phrap でアセンブル
シーケンスアラインメント
- MUSCLE、Clustal Omega、または組み込みアルゴリズムを使用して、ペアワイズアラインメントおよびマルチシーケンスアラインメントを作成する
- 参照配列とのアラインメント
- cDNA とゲノム DNA のアラインメント
- 「コンティグのコンティグ」の構築：コンティグ同士を直接アラインメント
- コンティグのアラインメントから、ダブルクリックで元のトレースに戻る
- データの一貫性を維持したまま、シーケンストレース、コンティグビュー、またはコンティグのアラインメントを編集
- NGS リードの Bowtie2 アラインメントを作成し、ペアエンドを表示
シーケンストランスレーション
- すべてのシーケンスに対するプロテイントランスレーションを表示
- アミノ酸と塩基の表示を切り替え可能
- トランスレーションベースの背景色を表示
- 注釈つきのコーディング領域に、コンセンサスシーケンスのプロテイントランスレーションを表示
バーチャルクローニング
- 制限クローニング操作のシミュレーション、ベクターとインサートにマッチするオーバーハングを簡単に検出可能
- 最大 15 フラグメントのバーチャルギブソンアセンブリ
- HiFi DNA アセンブリ
- TA クローニング
- ブランクエンド PCR および TOPO クローニング
- 方向性 TOPO クローニング
- クローニングプライマーの自動選択
- スペーサーの挿入やリーディングフレームの調整など、プライマーの手動編集
- 実験中にプライマーを直接エクスポート
- クローンの妥当性確認および検証レポート
- クローンの履歴を自動的に記録
制限マッピングと仮想ゲル
- 任意の制限酵素の組み合わせを使用して、制限酵素マップやゲルを作成
- 認識部位のサイズ、オーバーハング、またはメーカーごとに選択
- 独自のカッターを検索、その他の切断頻度に基づいて切断結果を表示
- 切断位置や断片サイズを表示
- 頻繁に使用する酵素のリストを保存・読み込み
- 1行または複数行のマップ、テキスト、あるいは仮想ゲルとして表示
- 制限酵素マップ上でクリックして制限酵素断片を選択してコピー
RFLP 分析
- 異なるゲルレーンを生成する制限酵素を自動的に識別
- コンティグ内のサンプルのカットサイトを比較
- 予想される仮想ゲル、各酵素のフラグメントの長さ、または切断されたサイトの位置合わせされたサンプルを表示/印刷
プライマー設計
- PCR およびシーケンシングプライマーの設計
- クローニングのため固定位置に PCR プライマーを作成
- 認識しやすいように、テンプレートシーケンスでプライマーを強調表示
- プライマーごとに、詳細なプライマー情報とともにプロジェクトにインポート可能
- プライマーを順番どおりにエクスポート
系統樹
- コンティグに対して近接結合 (Neighbor-Joining) 樹を作成
- 選択した塩基に対してツリー (樹) を作成し、特定の領域の差によってのみサンプルをソート
- ツリーによってコンティグを分割
突然変異の検出と分析
- シーケンストレースにおいて二次ピークを呼び出し
- アセンブルまたはアラインメントされたコンティグ内のヘテロ接合 SNP の高感度検出
- 突然変異のアミノ酸レベルの影響を表示／エクスポート
- ヘテロ結合の挿入と削除を正確かつ高角度で検出
- ヘテロ結合インデルを、より短い／より長い疑似対立遺伝子 (pseudoallele) に分割
- ワイルドタイプトレースを除去して、突然変異した対立遺伝子を明示
- 各種レポートのカスタマイズと印刷
差分表
- 差分表を使ってコンティグ内の差を特定
- 差分表内のセルをクリックして差を確認し、コンティグ内の差分をナビゲート
- 差分表の簡略版で、すべての差分の概要を把握
- フィルタを使って興味のある部分の差分だけを参照可能
- 差分をエクスポート
カスタマイズ
- ヌクレオチド、シーケンス品質、アミノ酸によって塩基を色付け
- コンセンサスシーケンスに一致する塩基を非表示化
- ツールバーのボタンとボタンのスタイルを選択可能
- プリファレンス画面で詳細設定が可能
- プリファレンスファイルをロック、保存、読み込み
- スクリプトを使って、繰り返しの作業を自動化
- すべての機能や酵素、あるいは特定の機能や酵素を表示・非表示にする
メチル化分析
- 亜硫酸水素塩修飾後のシトシン、PCR、ABI データからのキャピラリーシーケンスのメチル化の分析
- 「生の」ABI トレースデータの表示
- メチル化分析では生のトレースデータを使用するため、トレースの「正規化」によるアーティファクトを回避
- 個々のシーケンスのメチル化結果と、コンティグ塩基の観測範囲を取得
アップデート情報はこちら
バージョン13の新機能：
- クローンの検証
- HiFi DNA アセンブリ
- クローニング履歴
- NGS 変異検出
- その他…
動作環境
Windows: Windows 10 以降 推奨; Windows 11 対応
Mac: macOS 10.12 以降; Tahoe (26) 対応
ライセンス
Single User ライセンス
インストール可能台数
1 ライセンスあたり 1 台
ライセンスキー
ライセンスキーはハードウェア固有です。
CodonCode Aligner をインストールした PC の「computer ID」を CodonCode Corporation にメールで送信すると、ライセンスキーが発行されます。
同時使用 (ネットワーク) ライセンス
Aligner License Server プログラムによって、同じネットワーク上にある CodonCode Aligner を管理します。 CodonCode Aligner を実行したい端末から、ネットワーク経由でライセンスサーバーにアクセスし、ライセンスキーをチェックアウトします。出張などの場合は、期限付きキーをチェックアウトする (オフライン用にキーを払い出す) ことも可能です。
インストール可能台数
Aligner License Server：1 ライセンスあたり 1 台
CodonCode Aligner：無制限 (一度にアクセスできる端末数は、購入したライセンス数まで)
ライセンスキー
サーバー固定のライセンスキーが必要です。
Aligner License Server をインストールしたサーバーの「computer ID」を CodonCode Corporation にメールで送信すると、ライセンスキーが発行されます。
トライアル
- デモ版の有効期間は 30 日間です。
- 製品版と同じ機能をご利用いただけます。
デモ版お申込み
製品価格
| ライセンス | 税込価格 |
|---|---|
| CodonCode Aligner 13 Single User 商用 | ¥ 355,300 |
| CodonCode Aligner 13 同時使用1 商用 | ¥ 355,600 |
| CodonCode Aligner 13 Single User 教育/官公庁用 | ¥ 177,100 |
| CodonCode Aligner 13 同時使用1 教育/官公庁用 | ¥ 177,100 |
| CodonCode Aligner 13 Single User 学生用 (2年間) | ¥ 79,200 |
| 商用 | 企業主体の研究機関、事業組合等が対象です。 Phred、Phrap、Phred-Phrap パッケージのコンポーネントは含まれていません。 1 年間の保守 (フリーアップグレード、技術サポート、ライセンスキー再発行) が含まれます。* |
| 教育/官公庁用 | 大学、非営利研究機関が対象です。 Phred、Phrap のワークステーションバージョンが無償で付属しています。 1 年間の保守 (フリーアップグレード、技術サポート、ライセンスキー再発行) が含まれます。* |
| 学生用 | 2 年間の期間限定ライセンスです。 ご購入時に、エンドユーザーの学生証のコピーが必要です。他のユーザーとの共用はできません。 ライセンスの有効期間中であれば、有償で教育用ライセンスにアップグレードできます。 |
| アップグレード | 税込価格 |
|---|---|
CodonCode Aligner 13 Single User アップグレード | ¥ 178,200 |
CodonCode Aligner 13 同時使用1 アップグレード | ¥ 178,200 |
CodonCode Aligner 13 Single User 教育/官公庁用 アップグレード | ¥ 89,100 |
CodonCode Aligner 13 同時使用1 教育/官公庁用 アップグレード | ¥ 89,100 |
お見積り・ご購入
※アップグレードの場合は、現在お持ちの製品名、バージョン、ライセンス番号 (Computer ID) を必ずご記入ください。
サポート
チュートリアル
- CodonCode Aligner チュートリアル一覧
CodonCode Aligner 入門（日本語訳）、および、開発元が提供しているチュートリアル (英語) にアクセスできます。
インストールおよびライセンスキーの入手方法
インストーラーのダウンロードはこちら (開発元サイト)
| ※ ライセンスキーはハードウェア固有です。インストールしたマシンを変更する場合は、ライセンスキーの交換が必要です。 新しいライセンスキーが発行された後に、元のライセンスキーを使用すると、片方または両方のキーが無効となります。 ※ ライセンスキーの交換は、年間保守の契約期間中は無償です。年間保守が失効している場合は有償となります。保守が切れていて、ライセンスキーの交換をご希望の場合はお問い合わせください。 |
サポートお問い合わせ
導入事例
新型コロナウイルスの分析プロセスで CodonCode Aligner を使った論文の例
- Emergence of two distinct variants of SARS-CoV-2 and an explosive second wave of COVID-19: the experience of a tertiary care hospital in Pune, India / 9 Jan, 2022, / By Shubham Shrivastava et al. / Archives of Virology
（SARS-CoV-2 の 2 つの異なる亜種の出現と COVID-19 の爆発的な第 2 波：インド、プネの 3 次医療病院での経験から）
詳細は こちら（SpringerLink のサイトへ） をご覧ください。 - A Sanger-based approach for scaling up screening of SARS-CoV-2 variants of interest and concern / 25 Mar, 2021, / By Matheus Filgueira Bezerra et al. / The Oswaldo Cruz Foundation (Fiocruz)
（懸念される SARS-CoV-2 変異体のスクリーニングを拡大するための Sanger ベースのアプローチ）
詳細は こちら（Fiocruz のサイトへ） をご覧ください。 - A Half-Day Genome Sequencing Protocol for Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus / 19 Feb, 2021, / By Kwan Woo Kim et al. / Frontiers in Microbiology (Frontiers Media S.A.)
（中東呼吸器症候群コロナウイルスの半日ゲノム・シーケンシング・プロトコル）
詳細は こちら（Frontiers in Microbiology のサイトへ） をご覧ください。 - Maturation and persistence of the anti-SARS-CoV-2 memory B cell response / 2 Feb, 2021, / By Aurélien Sokal et al. / National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine
（抗 SARS-CoV-2 メモリー B 細胞反応の成熟と持続性）
詳細は こちら（NCBI のサイトへ） をご覧ください。
微生物のシークエンシングでロックアートの年代を特定
Jack Pettigrew 教授と彼の研究グループは、オーストラリアの古代のロックアートの年代特定のために CodonCode Aligner を使用しています。最近の発見では Bradshaw ロックアートは、岩絵と密接に結合するさまざまな微生物を含むバイオフィルムで覆われていることがわかりました。彼らは、これらの微生物が持つ進化情報を使って、岩絵の年代を特定したいと考えています。
パキスタンで昆虫種をバーコード化
パキスタンの国立バイオテクノロジー遺伝子工学研究所（the National Institute for Biotechnology and Genetic Engineering）と、カナダ・オンタリオ州生物多様性研究所（the Biodiversity Institute of Ontario）の共同プロジェクトである、パキスタンの経済的に重要な昆虫種のバーコードシーケンス・データの分析における CodonCode Aligner の使用例です。
オオミチバシリの保全遺伝学研究
このユーザー事例では、オオミチバシリ（学名 Geococcyx californianus）の個体数と保全遺伝学に関して、オオミチバシリの遺伝的変異と遺伝子流動の評価に、ミトコンドリアと核マーカーをどのように使用しているかをご紹介します。
アルダブラ環礁の landbirds の分類と保護
ユネスコ世界遺産であるアルダブラ環礁では、固有の landbird 2種 （アルダブラベニノジコ と アルダブラクイナ） の分類学的地位と、外来種のベニノジコと固有種のアルダブラベニノジコの交配による影響を研究するために、CodonCode Aligner が使用されています。
ヨーロッパアワノメイガ（ECB）の進化と種分化
ヨーロッパアワノメイガ (ECB) の進化、種分化と突然変異のさまざまな側面における研究事例です。ECB の休眠後の発育と個体群間の遺伝子流動との関係や、時間的隔離と遺伝子座との関連性にも注目した研究です。
電気ナイフフィッシュの反復要素
このユーザー事例では、CodonCode Aligner を使って、電気ナイフフィッシュ Eigenmannia の反復 DNA 要素の動態、保全、分散と進化について考察しています。