SAR 解析

R-グループ解析や、クラスタリング、Matched Pair Analysis (マッチドペア解析)、Activity Landscape Analysis (活性ランドスケープ解析) などの計算手法を用いて構造活性相関 (SAR) を解析することで、化合物の最適化を導く貴重な情報が得られます。StarDropは、これらの結果を視覚的に直感的な方法で表示し、誰もが結果を理解し、すばやく結論を導くことができるようにします。

 

R グループ解析

StarDrop は、R グループ分解を自動的に行う、柔軟なツールを持っています。

• ケミカルシリーズを分析：化合物のプロパティに対する R グループ、フラグメント、リンカーの種類の影響を可視化
• 複数の Scaffold に対して同時に SAR を分析：共通パターンや Scaffold Hopping の影響を特定
• データの可視化とケミカルスペースにリンク：構造変化とプロパティ分布との関係性を容易に調査、迅速な SAR テーブル作成
• 完全な組み合わせのライブラリをリストアップ：合成前の化合物プロパティを調査し、潜在的に見逃した有望化合物を特定
• Matched Pair Analysis を実行：化学シリーズ内で、化合物プロパティに大きく影響するカギとなる置換基を特定

Tutorial video: R-Group analysis

 

Matched Pair Analysis

StarDrop は、 Card View と統合された、一般的な Matched Molecular Pair Analysis ツールを持っています。Matched Pair Analysis は、１つの小さな隣接するフラグメントの置き換えだけが違う分子のペアを特定するものです。この分析は、自社のデータをベースとしたトランスフォーメーションを特定し、調査する簡単な方法を提供します。どのトランスフォーメーションを実施してきたか、それらはどの程度一般的か、プロパティにどのように影響するか、を特定することができます。例えば、関心のあるプロパティに対して、着実に大きな改善が見込めるトランスフォーメーションを特定し、リード化合物の最適化戦略を決定するプロセスに適応可能です。

Quick tip video: Matched molecular pair analysis

 

Activity Landscape と Neighbourhood (近傍)

StarDrop は、化合物の Nearest Neighbours (最近傍) を特定したり、全データセットに対する Activity Landscape を分析するツールを提供しています。 Card View と完全に統合されたこれらの分析は、類似化合物のネットワークを構築し、プロパティの大きな変化を浮かび上がらせます。

• Activity Cliff の特定
• 興味対象の SAR における大きな活性変化を持つ領域の発見
• 活性最適化に対する可能性の限界となる、あるいは活性にネガティブに影響することなく他のプロパティを最適化できるチャンスを示す、「フラットな」SAR の領域の発見

Quick tip video: Activity Neighbourhoods

 

クラスタリング

類似した化合物のグループをクラスター化できます。例えば、様々な化合物のデータセット内のケミカルシリーズを特定したり、ハイスループット・スクリーニングからの結果に優先順位をつけるためにヒット化合物周辺の SAR を分析したり、良いプロパティやスコアを示す化合物領域を特定することに適用可能です。 StarDrop はクラスターの定義に３つの異なるアプローチを提供します：

• 最大の共通部分構造
• 化合物の類似度
• プロパティ

Quick tip video: Clustering

 

部分構造検索

StarDrop を使うと、柔軟な部分構造の条件に基づいた化合物を簡単に検索することができます。以下に示すような長さや環/非環式条件などで定義した多様なリンカーを指定できるユニークな機能があります：

原子の検索条件

• 元素
• 電荷
• 結合様式
• 水素原子の数
• 任意の SMARTS

結合の検索条件

• 結合次数
• 脂肪族 / 芳香族
• 環式 / 非環式

Quick tip video: Flexible substructure searching