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StarDrop 7.x サーバー版インストール手順書

StarDrop 7.x サーバー版のインストール手順書です。インストールメディア内のスクリプトを実行するだけで、従属関係があるライブラリの有無の確認から、サーバープログラムのインストール、インストールしたサーバーのサービスの開始まで、一連の手続きを行います。既に以前のバージョンのプログラムが存在している場合には、このスクリプトでプログラムの削除も実行します。Metabolismサーバーのインストールには事前にライセンスキーを入手する必要があります。

  1. root もしくは sudo 権限を持つユーザでログインします。

  2. インストールメディアをマウントしていない場合には、マウントします。

  3. インストールメディアの Serverフォルダにある StarDrop-7.x-servers-installer.tar を、適当な場所にコピーします。

  4. tar ファイルを解凍します。 
    # tar xvf StarDrop-7.x-servers-installer.tar
  5. servers_installer に移動し、スクリプトを実行します。 
    # python install_stardrop_servers.py
  6. スクリプトを実行すると、途中いくつかの確認事項に「yes」または「no」で答えながら処理を進めます。単に Enter キーを押すと、質問の後ろの角括弧内 [ ] に表示されている既定の答えが採用されます。ここでは入力する答えを黄色マーカーで示しました。

    1. 依存関係のあるライブラリの有無を確認します。依存関係のあるライブラリが全て存在する場合には、なにも表示されずに、次の手続き（6.2）に進みます。

      ライブラリが不足している場合には、それらの名称が表示されたあと、次の確認メッセージが表示されます。「yes」を選択すると、不足したライブラリを含むパッケージのインストールが開始します。「no」を選択して一旦インストール手続きを中止した上で、yum 等を用いてインストールしても構いません。 
      Would you like to find packages that provide these missing libraries? WARNING: this may take
a long time [no]: yes

    2. ライセンスアグリーメントが表示されます。ご一読の上、同意する場合には「yes」を入力して、インストールを続行します。 
      Do you agree to the license terms? [yes]: yes

    3. インストール時に必要な Worker 数やインストール場所、ポート番号の設定を既定値で行い、インストール後にはサービスの開始も実行する、デフォルト（default または d）を選択します。インストール時のこれらの各種設定をカスタマイズしたい場合にはカスタム（custom または c）を入力します。 
      Please type 'default' or 'custom' (or 'd' or 'c') [default]:d

    4. StarDrop Client からの接続時、https 接続とするか http 接続とするかを選択します。https 接続とする場合には「secure」を、http 接続とする場合には「unsecure」を入力します。ここでは「secure」を選択します。「unsecure」を選択した場合、6.6 のステップに進みます。 
      Please type 'secure' or 'unsecured' (or 's' or 'u') [secure]:secure
    5. 6.4 で「secure」を選択すると、証明書ファイルのパス入力が求められます。デフォルト設定（/usr/local/StarDrop64/optibrium_cert.pem）を採用する場合、何も入力せず Enter キーを押します。 
      Enter the complete path to your certificate file [/usr/local/StarDrop64/optibrium_cert.pem]:
    6. サーバーのインストールを開始します。ご利用のライセンスに合わせてインストールを行ってください。インストールは次の (A) ～ (D) の順に行われます。
      1. ADME QSAR サーバー
      2. Auto-Modeller サーバー
      3. ライセンスサーバー（フローティングライセンスの場合に必要です）　　
      4. Metabolism サーバー
      1. ADME QSAR サーバーをインストールする場合は「yes」と入力します。インストールしない場合には「no」と入力し、 (B) に進みます。 
        Would you like to install the ADME QSAR server? [yes]: yes
        2. 既に ADME QSAR サーバーが存在する場合には、既存サーバーの削除について確認があります。「yes」と入力して既存サーバーを削除します。 
        You are about to remove the ADME QSAR server. Do you wish to continue? [yes]: yes
        Custom Python Model を追加する場合の、ファイル保存場所を指定します。デフォルト設定（/usr/share/StarDropExtensions）を採用する場合、何も入力せず Enter キーを押します。 
        Enter the complete path to a folder containing extensions to the StarDrop Model Server [/usr/share/StarDropExtensions]:
        正常に ADME QSAR サーバーがインストールされ、サービスが開始すると次のように表示されます。 
        The ADME QSAR server has been configured to start automatically next time you restart this machine.
Starting service: /etc/init.d/StarDrop_modelserver start
Starting StarDrop_modelserver (via systemctl):             [  OK  ]
The Model REST Service has been configured to start automatically next time you restart this machine.
      2. Auto-Modeller サーバーをインストールする場合は「yes」と入力します。インストールしない場合には「no」と入力し、 (C) に進みます 
        Would you like to install the Auto-Modeller server? [yes]: yes
        3. 既に Auto-Modeller サーバーが存在する場合には、既存サーバーの削除について確認があります。「yes」と入力して、既存サーバーを削除します。（サーバーを削除しても過去に Auto-Modeller を用いて作成したモデルは削除されません。） 
        You are about to remove the Auto-Modeller server. Do you wish to continue? [yes]: yes
        正常に Auto-Modeller サーバーがインストールされ、サービスが開始すると次のように表示されます。 
        The Auto-Modeller server has been configured to start automatically next time you restart this
machine.
...
Starting service: /etc/init.d/StarDrop_amg start
Starting StarDrop_amg (via systemctl):                    [  OK  ]
      3. ライセンスサーバーをインストールする場合には、「yes」を入力します。インストールしない場合には「no」を入力します。 
        Would you like to install the license server? [yes]: yes
        4. 既にライセンスサーバーが存在する場合には、既存サーバーの削除について確認があります。「yes」と 入力して、既存サーバーを削除します。このとき、既存のライセンスキー は保持されます。 
        You are about to remove the license server. Do you wish to continue? [yes]: yes
        正常にライセンスサーバーがインストールされ、サービスが開始すると次のように表示されます。
        The license server has been configured to start automatically next time you restart this
machine.
...
Starting service: /etc/init.d/StarDrop_sls start
Starting StarDrop_sls (via systemctl):                     [  OK  ]
        インストールが正常に終了すると、次のメッセージが表示されます。
        Installation complete
An installation log file has been written to /usr/local/StarDrop/StarDropInstall.log
      4. Metabolism サーバー
        1. dockerをインストールします。 
          yum install -y yum-utils
yum-config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo
yum install docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-buildx-plugin docker-compose-plugin
systemctl start docker
        2. Metabolism サーバーをインストールします。 
          python install_metabolism_server.py
        3. ライセンスアグリーメントが表示されます。ご一読の上、同意する場合には「yes」を入力して、インストールを続行します。 
          Do you agree to the license terms? [yes]: yes
        4. インストール時に必要な Worker 数やインストール場所、ポート番号の設定を既定値で行い、インストール後にはサービスの開始も実行する、デフォルト（default または d）を選択します。インストール時のこれらの各種設定をカスタマイズしたい場合にはカスタム（custom または c）を入力します。 
          Please type 'default' or 'custom' (or 'd' or 'c') [default]: d
        5. ライセンスキーを入力します。 
          Please supply your license key:****
        6. SSLサーバ証明書を選択します。 
          Please select 'testing' or 'custom' (or 't' or 'c') [testing]: testing
  7. 一連のインストール手続きは手順6までで完了ですが、最後に念のためサーバーの動作確認をします。インストールスクリプトと同じ場所（Servers/Installer）にあるスクリプト server_tests.py を実行します。 
    # python server_tests.py
    全てのサーバーが正しく動作している場合には、次のように表示されます。インストールしたサーバーに関連するところが [OK] と表示されることをご確認ください。
    Loopback address test [OK]
AMG amg_testserver test: [OK]
Model Server test-ping server: [OK]
Model Worker instance test: [OK]
Model Server test-meta: [OK]
Model Server test-pKa: [OK]
pKa testWorker https://stardrop:9101 [OK]
pKa testWorker https://stardrop:9102 [OK]
pKa testWorker https://stardrop:9103 [OK]
pKa testWorker https://stardrop:9104 [OK]
License server sls_checkserver logged in users test [OK]
Metabolism server status test: [OK]
Metabolism server calculate test: [OK]
A test logfile has been written to /tmp/StarDropServerTests.log

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