eSim3D モジュール

最先端の分子類似性

eSim 法は、表面形状、静電、方向性に敏感な水素結合に基づいて、分子の正確な表面ベースの比較を可能にします。この足場に依存しない方法は、タンパク質のリガンドの視点を模倣し、他の分子類似性法と比較して、姿勢予測、仮想スクリーニング、および複数のリガンドアライメントの精度を向上させます。

高性能 3D バーチャルスクリーニング

何百万もの化合物をデスクトップから直接、数分でスクリーニングできます。eSim のバーチャルスクリーニング方法は、他の市場プラットフォームと比較して高い濃縮度を達成することが証明されています。ForceGen テクノロジーを使用してベンダーライブラリから事前に生成された 3D コンフォーマーにより、購入可能な化合物の大規模なコレクションをスクリーニングして、足場ホップと新規活性物質を迅速に同定できます。

開発元である Optibrum 社サイトの virtual screening downloads セクションで、StarDrop で使用するために準備されたバーチャルスクリーニングコレクションにアクセスできます。
→ Virtual screening collections

正確なポーズ予測

正しい分子アライメントを迅速に特定します。物理的に意味のある根本的な要因が組み込まれた eSim のポーズ予測機能は、公開されている査読付きベンチマークや検証研究で証明されているように、他の方法を大幅に上回ることが示されています。

複数のリガンドアライメント

複数の既知の活性リガンドをアライメントして、結合ポーズ仮説を生成します。これらのアンサンブルは、バーチャルスクリーニングのターゲットとして使用でき、3D 構造活性相関の理解を深めて、リードの選択と最適化を導くことができます。