Mathematica で化学構造認識（OCSR）その１

Mathematica で化学構造認識（OCSR）その１

• 執筆者：技術部・宮本
• 掲載日：2023/11/21
• 使用したバージョン：Mathematica 13.3.1.0
• 使用した主な関数：MoleculeRecognize

はじめに

Mathematica ではバージョン 12.0 から分子に関する関数が実装されており、
分子情報を扱うことができるようになっています。
今回は、化学構造式の光学認識 (Optical Chemical Structure Recognition) の性能を検証します。
OCSR については magattaca様のブログ が非常に参考になります。

MoleculeRecognize とは？

Mathematica には「MoleculeRecognize」という関数が用意されています。 この関数を用いることで、画像から化学構造式を認識できます。

ベンチマーク計算

OCSR_Review at V1.0 にあるデータセットを用いてベンチマーク計算を行いました。

• CPU : i7-10700 2.90GHz

OCSR が失敗した分子の例

認識できなかった分子には次のような傾向が見られました。

原因	元の画像	認識した分子
官能基が認識できない or 未対応
元素記号が認識できない or 未対応
結合が読み取れない or 誤認識する
分子以外の情報を誤認識する

所感

まあまあいけてるなと思いました。

次回はGUIを用意してインタラクティブなツールを作ってみます。

参考文献

• 化学構造式のOCRソフト Img2Molで画像をSMILESに変換しよう！ – magattacaのブログ
• MoleculeRecognize—Wolfram言語ドキュメント
• GitHub – Kohulan/OCSR_Review at V1.0