2Gene Inspector チュートリアル

この章には、Gene Inspector を紹介する幾つものチュートリアルが用意されています。チュートリアルの全てを読む義務なんてないと思うかもしれませんが、いずれもプログラムの概要が分かるように作成されていますので、できるだけたくさん読んでください。このチュートリアルに目を通しておけば、後から多くの時間を節約できるはずです。Gene Inspector には、他のアプリケーションでは見たことがないようなユニークな機能が多数用意されています。このチュートリアルは、こうしたユニークな機能を習得できるようにできています。

この章、および、このマニュアル全体の多くの箇所で、メニュー項目を選択するよう指示されるはずです。選択をできるだけわかりやすくするために、メニューの選択肢はいずれも Edit > Select All のように “menu” 用のフォントを使って選択を階層型であらわします。この例では、Edit メニューにカーソルを置いたあと、Edit メニューの下にある Select All を選択することを意味します。

このチュートリアルについて

Gene Inspector は３つの主要パーツで構成されています：GI ノートブック、シーケンスエディタ、解析セットアップの３つです。これら３つのパーツについては、はじめの３つのチュートリアルでそれぞれ個別に取扱います。忙しくてチュートリアルを読む時間がない場合でも、少なくとも最初の３つは読んでおいてください。Gene Inspector の重要なコンポーネントについて説明してあるからです。ノートブックの解析結果を動的に変化させ、解析で使用するオリジナルのシーケンスとどのように関連しているかを紹介しているという点で、チュートリアル４：解析結果のホットリンクもまた重要です。その他のチュートリアルは、Gene Inspector の各機能と用途に合わせたそれらの操作法を学ぶのに役立ちます。

Selection と Target について

Gene Inspector でオブジェクトを Selection (選択) として選択するか、Target (ターゲット) として選択するかの違いは重要です。これら２つの用語は、オブジェクトに対して実行できる機能がそれぞれ異なるという点で別の意味を持つからです。この用語は、本マニュアル全体を通じて使用されているので、これらの違いを把握しておくことは重要になります。図 2.1 は、これら２つの状態をあらわしたものです。

図 2.1：Selection と Target の違い

Selected Object

Targeted Object

GI ノートブックでオブジェクトを１回クリックすると、それは通常の選択状態 (selection) となり、オブジェクトの周囲に８つの「ハンドル」が表示されます (図 2.1 左)。表示されたハンドルを使って標準的な描画プログラムと同じ操作方法でオブジェクトのサイズを変更することができます。

GI ノートブックでオブジェクトをダブルクリックすると、それはターゲット状態 (target) となり、オブジェクトの周囲にはグレーの境界線が表示されます (図 2.1 右)。オブジェクトをターゲット状態にすると、オブジェクト内部のコンポーネントの編集が可能となり、オブジェクトがターゲットになった時に表示される Object メニューの各種機能を利用できるようになります。

シーケンスデータについて

このチュートリアルでは、多数の DNA およびタンパク質シーケンスを使用することになります。これらはいずれもインストール時に配置された “Gene Inspector folder” フォルダの中の “GI Seqs” という名称のフォルダに保存されています。GI Seqs フォルダの中には、peptide フォルダと DNA フォルダがあります。いずれのファイルにも複数のシーケンスが含まれています (例えば、図 2.6 参照)。