チュートリアル 13: Analysis Setup のカスタマイズと解析セットの保存

1. Analysis > New Analysis... を選択して Nucleic Acid Analysis ボタンを選択したら、Base Composition (塩基組成解析) を選択して OK ボタンをクリックます。ポップアップメニューから Dinucleotides を選択し、Display results で Number of occurrences を選択します。Output type には Graph を指定します。実行はまだです！
   
   
2. Analysis > Add Another Analysis... を選択して Base Distribution を追加します [Windows 版の Gene Inspector では、マウスを右クリックして Add Another Analysis から Base Distribution を追加します]。チェックボックスの A と G にチェックを入れ、プリンの分布を調べます。窓 (Window) とオフセットのパラメータをそれぞれ 20 と 2 に設定します。まだ実行はしないでください！^j

   ※ j. 何事もガマンが大事です。

   
   
3. もういちど、 Analysis > Add Another Analysis... を選択し、今度は Restriction Enzyme Digests を追加します。[Windows 版の Gene Inspector では、マウスを右クリックして Add Another Analysis から Restriction Enzyme Digests を追加します]。Enzyme list ポップアップを使って、Commercial リストを選択します。左側のリストから、A で始まる全ての制限酵素を選択します。まずはじめに AatI を選択して、スクロールバーを使って A ではじまる最後の制限酵素 (この場合 AxyI) まで移動したら、SHIFT キーを押しながらこの制限酵素を選択します (SHIFT + マウスクリックと呼ばれるもので選択範囲を拡張するのに使う一般的な操作方法です)。Move>> ボタンをクリックして、選択したすべての制限酵素を右側のリスト (マークを付ける部位) に移動します。
   
   
4. Analysis setup の左側のリストから Input Sequences を選択し、DNA sequences フォルダの DNA ファイル lactate dehydrogenases にある DNA シーケンス “bovine LDH” を追加します。
   
   
5. ここで定義した Analysis Setup は、将来再び使うかも知れませんので、その内容を Analysis メニューに登録することにしましょう。Analysis > Add Setup to Menu... を選択したら、"DNA Analysis Suite" という名称を付けて追加します [Windows 版の Gene Inspector では、右クリックしてあらわれる Add Setup to Menu を使って操作します。] この解析セットを新規 DNA シーケンスに対して実行するときは、Analysis メニューから DNA Analysis Suite という解析セットを選択したあと、その都度、インプットパネルで解析するシーケンスを変更します。
   
   
6. Run ボタンをクリックすると、この解析セットが実行されます。
   
   
7. このノートブックは、チュートリアル 15：“制限酵素消化” でも使用するので、忘れないような名称をつけて保存してください。

以上でこのチュートリアルを終わります。ここでチュートリアルを終了しても、次のチュートリアルに進んでも結構です。次に進む場合は、現在開いているウィンドウを全て閉じてください。