ファイルメニュー → プリファレンス → 一般 → デフォルトファイル位置 でパスを指定すると、ファイルを開いたり保存したりするときのデフォルトパスを指定できますが、デフォルトの位置を指定後 KaleidaGraph を終了/再起動しただけでは、設定が元に戻ってしまいます。

KaleidaGraph を終了するときに表示される「変更の保存」ダイアログで「スタイル」にチェックを入れ、スタイル初期設定ファイルに保存することで、この設定を保持できます。

※Mac版では階層の深いディレクトリには指定が行えません。