CrystalMaker 11 新しい機能

CrystalMaker 11.6

Release Date: (Mac) 2 Oct 2025
(Win64) 4 Nov 2025

1. (Mac) Tahoe “Liquid Glass” インターフェース

CrystalMaker は macOS 26 “Tahoe” の新しい「Liquid Glass」インターフェースを完全にサポートしています。インターフェースのヘッダー／フッターにおける透過性の向上をはじめ大幅な変更が加えられています。

macOS 11 以降を実行しているすべてのユーザーは、各 Inspector ペインを含む洗練されたユーザーインターフェースの恩恵を受けることができます。
ほとんどのメニューにアイコンを追加しました (ただし、 “Tahoe” で使用されているやや扱いにくいアイコンよりもサイズは大きくなります)。
サイドバーの左下隅にあった「+」ボタンと Actions ボタンを削除しました。ツールバーには “Add” ボタンを復帰し、Actions ボタンの代わりにコンテキストメニューを利用できるようになりました。
Model インスペクターパネルから “Sort” アイコンを削除しました。ユーザーはコンテキストメニューを使用できます。これにより、下部のバーのスペースが少し確保され、 “Tahoe” ドキュメントウィンドウの顕著な湾曲部分にアイコンが近づきすぎることがなくなりました。
Output ペインのヘッダーを削除しました。検索には、検索フィールド付きの半透明のヘッダーを表示する新しい検索コマンドが利用できます。
スライド型サイドバーに影と透明度を追加しました。
macOS 26 Tahoe の「角丸四角形」アプローチに準拠し、改訂されたアプリケーションアイコンを使用しました。さまざまな表示スタイル (デフォルト、ダーク、クリアなど) がサポートされます。

2. (Win) ドキュメントインターフェースの再設計

CrystalMaker for Windows には、洗練された新しいインターフェースが搭載されています。新しい左揃えのツールバーには、再設計されたアイコン、新しいアクションボタン、再設計されたウィンドウペイン、そして、アイコンをふんだんに使ったメニューなどが装備されています。

ツールバーのデザインを一新し、左揃えレイアウトを採用しました。アイコンのデザインも一新し、よりライトな印象になりました。新しいデフォルトレイアウトには、新しい Actions ボタンと Output ボタンなど、より多くのボタンを追加しました。
ほとんどのメニューにアイコンを追加しました。
サイドバーの左下隅にあった「+」ボタンと Actions ボタンを削除しました。ツールバーには “Add” ボタンを復帰し、Actions ボタンの代わりにコンテキストメニューを利用できるようになりました。
Model インスペクターパネルから “Sort” アイコンを削除しました。ユーザーはコンテキストメニューを使用できます。これにより、下部のバーのスペースが少し確保され、 “Tahoe” ドキュメントウィンドウの顕著な湾曲部分にアイコンが近づきすぎることがなくなりました。
Output ペインのヘッダーを削除しました。検索には、検索フィールド付きの半透明のヘッダーを表示する新しい検索コマンドが利用できます。

3. エネルギーモデリングの強化

雑な有機金属構造体 (organo-metallic structures) 、特に ZIF や MOF などのエネルギーモデリングを大幅に改善しました。

プログラムによって無機領域と有機 (分子) 領域を区別し、有機配位子 (organic ligands) と有機金属相互作用 (organic-metallic interactions) に MM3 ポテンシャルを最適に使用できるようになったため、複雑な MOF をより効率的にモデル化できるようになりました。
MOF の新しいデフォルトポテンシャルにより、安定した構造が実現します。
ZIF の配位子ポテンシャルは、単純なイミダゾール (-C3N2H3- ) から、ベンゾイミダゾール (BLM)、さらに 2-メチルイミダゾール (2-MIN) 配位子まで広がりました。
BDC（1,4-ベンゼンジカルボン酸）配位子と各種金属（Cr、Zn、Zr、V、Cd、Cu）用のポテンシャルセットを構築しました。これらの新しいポテンシャルセットを用いて、いくつかの MOF の最適化に成功しました。
- MIL-53(ht)
- UIO-66
- MIL-47
- MOF-5
- HKUST-1
複数の分子で構成される非周期構造を緩和できるようになりました。（以前のバージョンのソフトウェアでは、このような分子が切り離されることがありました）。

4. 表面とスラブの作成

任意の結晶表面やスラブを簡単に作成するための新しいコマンドを追加しました。Create Surface コマンドは、希望する表面の方向を指定するためのシートを表示し、その面より上の結晶構造をスライドさせます。新しい Create Slab コマンドは、方向、スラブの厚さ、直径を指定して、指定方向の表面を作成するためのより強力な方法です。これにより、指定された方向の3組の平行面と2組の垂直面によって囲まれた長方形の原子ブロックが作成されます。すべての面は Planes インスペクターに追加されます（見やすさを考慮して非表示になっています）。

5. 結晶形状の予測

[実験的] CrystalMaker では、結晶形状を予測するためのアルゴリズムを選択できるようになりました。

Packing Density：充填密度（例：高密度で密に詰まった金属構造の場合）。
Density of Broken Bonds：切断された結合の密度（例：共有結合物質の場合）。
Density of Broken Bond Strengths：破壊された結合の密度強度（より複雑な共有結合物質の場合。ここでの「結合強度」は、ライナス・ポーリングの方法で解釈され、結合距離と原子半径の合計の比となります）。

いずれのアルゴリズムも、すべての低指数面（現在は hkl の最大値3まで）と、各方位における面のあらゆる可能な高さが計算されます。これには表面セルの生成が含まれ、非常に傾斜した方位では表面セルの一部が生成されます。これらはすべてバックグラウンドで実行されます。計算速度が遅い場合は、プログレスバーが表示され、キャンセルすることもできます。充填密度が最も高い方位、または、切断された結合/強度の密度が最も低い方位が、安定した結晶面にとって最も好ましいと想定されます。ソフトウェアは自動的に「Shape モード」に切り替わり、平面の切片を計算します。切片のない面（つまり、隠れている面）は削除されます。面のリストが更新され、対称性に基づいてグループ化と色分けのいずれか又は両方がおこなわれ、結果として得られる結晶形状は利用可能なプロット範囲を埋めるようにスケーリングされます。

6. 平面充填率 (PPF：Planar Packing Factors) の改良

マルチプロセスの使用と重複インデックスの除去により、計算速度が大幅に向上しました。さらに、重み付けのためにサイト占有率を考慮するようになったため、ダミー原子（占有率ゼロ）を無視できるようになりました。また、Preferences/Settings パネルに追加された Measurement ペインで、距離許容値を調整できるようになりました。

7. Live Shape Mode のデザインを刷新

Planes インスペクターの “Live Shape Mode” チェックボックスを “View” ポップアップから Size ポップオーバーに移動しました。これにより、結晶のスライスや、すべての原子の表示/非表示を切り替えるコマンドが追加されました。

8. 高速回転アニメーション

パフォーマンスの大幅な最適化により、大規模なアニメーションをリアルタイムで回転できるようになりました。Play ボタンをクリックするだけでアニメーションが開始し、マウスまたはトラックパッドを使ってアニメーションを回転および拡大縮小できます。この機能は以前のソフトウェアにも搭載されていましたが、実装が非常に遅く、パフォーマンスがカクツキやすくなっていました。現在では、回転速度はアニメーションなしの場合と同等です。

9. ピラミッド型の多面体

新しい設定により、多くの硫酸塩で一般的に見られる（片面の）”Pyramidal Polyhedra” (ピラミッド型多面体) を自動で生成できます。このオプションをオフにすると、配位原子は平面配置で表示され、その「中心」原子は平面の外側に配置されます。

10. メニューレイアウトの合理化

一部のメニューコマンドを移動し、機能がより明確かつ直感的になりました。

一部の MacBook のノッチ領域に表示されていたメニューの幅を狭めるため、Range メニューを削除しました。これらの項目は、新しい Transform > Range サブメニューに配置しました。
新たに Transform > Surface サブメニューを追加しました。これにより、格子面に関するコマンド（現在は Slice と Insert Space コマンド）が統合されます。
Range > Define Cluster コマンドを Transform メニューに戻しました。このコマンドは、新しい Surface サブメニューのすぐ下に配置しました。
Slice with Plane/Make Shape with Planes コマンドを変更し、単一の表示平面に対してのみ機能し、構造をスライスするようになりました。
Transform メニューに新しい Shape サブメニューを追加しました。このサブメニューには、Planes インスペクターの “Predict Using” 項目へのリンクと、 “Create With Planes” コマンドが含まれています。
Transform > List Visible と Summarize を新しい Print to Log サブメニューに統合しました。

11. ツールストリップの改良

ツールストリップを再設計し、不要なボタンを 1 つ削除し、出力ボタンを追加し、距離ボタンと角度ボタンを再配置して使いやすさを向上させました。

Atom Picker ボタンを削除しました。Add Atom ボタンをクリックすると、ポップオーバーではなくパネルとして原子ピッカーが表示されます。これは子ウィンドウなので、メインウィンドウと一緒に移動します。原子ピッカーは、別のツールを選択するか、Add Atom ボタンをもう一度クリックすることで閉じることができます。
ツールストリップの右側に Output ボタンを追加し、Output ペインにすばやくアクセスできるようになりました。
スクリーン距離ツールとスクリーン角度ツールが、Add Bond ツールと Add Atom ツールと同様に、隣り合って配置されるようになりました。

12. エクスプローラーウィンドウの再設計

距離、パッキング、振動、対称性の各エクスプローラーウィンドウを再設計し、フルハイトのコンテンツビューと独立したサイドバー/インスペクターペインを配置しました。距離エクスプローラーのツールバーも洗練し、パッキングエクスプローラーのデザインを統一し、以前のステータスバー（下部）をハイライト色で表示する出力テキストに置き換えました。パッキングエクスプローラーには新しい出力ボタンを追加しました（結晶構造を新しいウィンドウにコピーするか、既存のウィンドウに追加するかを選択できます）。結晶を保存せずにパッキングエクスプローラーを閉じると、出力プロンプトが自動的に表示されるようになりました。また、ウィンドウには、スケールバー、グリッド、単位格子、軸、原子ラベルを切り替えるコマンドと「表示方向をリセット」コマンドを含む新しいコンテキストメニューを追加しました。

13. Elements コントロールの改良

Preferences/Settings パネルの Elements ペインを改良しました。周期表表示で “Rendered Spheres” をオフにして “flat” な円を表示するオプションを追加しました。 “List View” では複数のリスト行を同時に編集できるようになり、Notes ペインでは改行が可能です。プリセットされた表はアルファベット順に並べられています。カードゲーム “SUPER Elements” のカラーで表示される新しい元素表を追加しました。残りの元素表は、半径を強調するために名前を変更しました（例：”SAR Covalent Radii” から “Covalent Radii (SAR)” に変更）。

14. (Mac) マルチタッチによるアウトプットログの回転

ユーザーは、マルチタッチを使用して、アウトプットの水平と垂直のレイアウトをすばやく切り替えることができるようになりました。アウトプットログの上にマウスポインターを置き、右に回転すると垂直レイアウトに、左に回転すると水平レイアウトに切り替わります。(注: アウトプットログが既に垂直の場合、右に回転しようとしても何も起こりません。水平レイアウトを左に回転しようとした場合も同様です。)

15. ドキュメントの大幅な更新

このバージョンでは変更点が非常に多かったため、500ページに及ぶユーザーズガイドをほぼ全面的に書き直す必要がありました。また、セルフガイドチュートリアルと新機能ガイドも徹底的に更新しました。これらはすべて、プログラム実行時のヘルプメニューからアクセスできます。

16. その他の変更点

このバージョンでは、レガシーシステムでのインターフェース表示の改善とシステムの安定性が向上しました。

(mac) macOS 26 Tahoe において、空間群記号（およびその他の記号）におけるオーバーバー文字 ( a̅, b̅,…) の表示が正しく機能するようになりました。システムフォントの変更と、Apple による重要なテキスト調整 API の「非推奨化」により、オーバーバーが非常に小さく表示され、部分的に隠れてしまう問題がありました。新しいコードでは、オーバーバーの表示を最適化するために最適なフォントが選択されます。
インポートパイプラインを最適化し、大規模なマルチ構造ファイル (DL_POLY、LAMMPS、VASP、XSF) のファイルインポートが高速になりました。
(mac) CASTEP の “output” および “density” 形式を macOS 11 以降で開けるようになりました。これまで使用していた新しいファイル API により、すべての CASTEP ファイルが誤って「Cell」形式として割り当てられていました。この問題を回避するため、3つの形式をオペレーティングシステムに明示的に認識させるようにしました。
(mac) マルチスレッドファイルのインポートが正しく動作するようになりました。最新の macOS におけるマルチスレッド互換性の変更により、巨大な DL_POLY または XYZ テキストファイルをインポートするとプログラムがクラッシュする可能性がありました。
マルチ構造の DL_POLY ファイルのインポートでは、 “Auto Range” オプションを無効にしました。これらのファイルはサイズが非常に大きく、パフォーマンスが著しく低下する可能性があるためです。
(mac) macOS 11 より前の旧 OS 上でカスタムツールバーアイコンが正しいサイズで描画されるようになりました。すべてのツールバーボタンは、より見栄えを良くするために、わずかに幅広（36ピクセルから40ピクセル）で描画されます。
(mac) ポップオーバーを改善しました。すべてのポップオーバーに、より明るく明るいコントロールが表示されるようになりました。
格子面をポイントにフィッティングすると、新しい平面が即座に Planes インスペクターに表示されるようになりました (後で表示を更新する必要はありません)。
(mac) Distances Explorer で、 “From Atom” による色付けによってクラッシュが発生することがあるという、まれなメモリの問題を修正しました。
Preference で精度を高める設定が有効になっている場合、結晶を編集すると、六角形の分数 (1/6、1/3、2/3、5/6) が自動検出されるようになりました。
Site ラベルにスペースが含まれている場合、Crystal Editor から自動的に削除され、CMTX ファイルにエクスポートできなくしました。これにより、後続のファイルインポート時に問題が発生するのを回避できます。
3D 出力を改良し、結合を確実にプリントできるようにしました。具体的には、結合が原子表面から原子中心へではなく、原子中心から原子中心へ伸びるようになりました。これは二重結合と三重結合において特に重要です。また、二重円筒と三重円筒の分離を改良し、容易に区別できるようにしました。
Reset Molecular Coordinates コマンドに、これから実行する処理を説明する警告が表示されるようになりました。これにより、ソフトウェア内での「発見しやすさ」が向上します。
球体としてレンダリングされていた、空白のスタイルを持つ原子の 3D 出力を修正しました。
結合キャップの OpenGL 4 表示を修正しました。
(mac) カラーパネルを使用中にドキュメントウィンドウを閉じてもクラッシュが発生しなくなりました。
(mac) Extras インスペクターの Reset to Defaults コマンド使用時に Axes Group と Reflectance Group 間の競合によって発生するサイレントクラッシュを修正しました。
単位格子を変換すると、Info インスペクターの情報と位置の文字列が更新されるようになりました。また、単位格子の端に非常に近い原子が変換後のセルから省略されてしまうという、非常に稀なバグも修正しました。
距離エクスプローラーで、距離、ペア、角度モードを切り替えてもツールストリップのポップアップボタン (X 線/中性子など) の表示が壊れずにリセットされるという小さな不具合を修正しました。
Symmetry Explorer ウィンドウで自動回転が正しく機能するようになりました。
x 軸が降順になっているときに、赤外線スペクトルの自動スケーリングが正しく機能するようになりました。