CrystalMaker 11.5 新しい機能

Release Date: 17 February 2025

1. 結晶のシェイプ

CrystalMaker 11 は、本格的な結晶形態学 (crystal morphology) プログラムとなり、対称性に関連する格子面を簡単に追加し、それらをまとめて再配置し、それらの交差から形状を定義できるようになりました。面の色付け、不透明度の設定、形状内の原子の分離、および使用可能なプロット領域を埋めるために形状のサイズを変更するオプションが用意されています。

“Crystal Shape Mode” は、表示されている格子面の最初の交差によって形成される内部領域を分離します。このモードのオン/オフを切り替えるには、Planes インスペクタの下部にあるボタンを使用します (下記参照)。
プロットになり得る範囲を埋めるために図形を自動的に拡大縮小します (またはスライダーコントロールを使用して手動で拡大縮小します)。これらのコントロールは、Planes インスペクタの Resize ボタンをクリックするとポップオーバーに表示されます。
面の色分けを対称性に基づいて行うか、頂点の数の基づいて行うか、または、個別に行うことができます。
Planes インスペクタの Actions > Set Opacity サブメニューを使用して、グローバルな不透明度を定義できます。
結晶形状の外側にあるすべての原子を非表示にすることで、表面構造を簡単に観察できるようになります。
“Live Shape Mode” では、結晶の形状とそれに含まれる構造のサイズをリアルタイムに変更できます。

多構造プログラムである CrystalMaker では、複数の図形を組み合わせて、双晶関係やその他の詳細を視覚化できます。

ギャラリーウィンドウの形態グループに含まれる結晶形状の広範なライブラリを参照してください。結晶形状に関する 2 つの新しいビデオチュートリアル Crystal Shapes: Basics と Crystal Shapes: Advanced も参照してください。

2. Planes インスペクタの再設計

結晶形状の設計を可能な限り簡単にするために、Planes インスペクタを完全に再設計しました。対称性に関連する平面 (symmetry-related planes) の階層表示オプションを追加し、広範なドロップダウンメニューと Shape および Group by Folder モードのオプションを備えた新しいバーを画面の下側に追加しました。

新しい “Add Plane” ダイアログ。対称関連の平面を即座に生成するオプションを使用して、より高速な入力が可能になります。
対称性に関係する平面をグループ化する “Folder Mode”。
新しい Position スライダー。距離制限とロールオーバーモードを装備。
相対単位または絶対単位 (Å) で位置を表示。
結晶の中心または原点に対する位置を指定。
Colour ポップオーバーに不透明度スライダーを追加。
Miller-Bravais 指数オプション。(このオプションは現在、環境設定として設定されており、ドキュメントや結晶に明示的に保存されていません。ユーザーは、Preferences ダイアログの Model ペインの Lattice Planes タブを使用するか、Planes インスペクタの Actions ポップアップを使用して値を設定できます。)
Planes インスペクタの Actions メニューにすべての格子平面を選択または選択解除する新しいコマンドを追加。

Planes インスペクタは、SingleCrystal 5 の「Poles インスペクタ」と密接に関連しています。どちらも、階層的なグループ化と「フォルダグループ」の一括編集が可能です。これは、結晶形状を簡単に編集するための必須の前提条件です。

新しいインターフェースと機能の簡単な紹介については、新しいビデオチュートリアル「Planes Inspector」をご覧ください。

3. Angles Explorer

Distance Explorer に、選択した原子の周囲の角度の範囲を表示する新しいオプションが追加されました。これは、距離検索のあとに行う２次的な角度検索として実装されています。

ユーザーは、Distance Explorer ツールバーの表示モードのセグメントボタンを使用して、距離、pdf、角度を切り替えることができます。または、新しいメニューコマンド Measure > Angle Distributions を使用して同じ操作を実行し、新しい Angles Explorer ウィンドウ (角度モードの Distances Explorer) を開きます。

Distance Explorer と Distance Explorer の両方で、Distance Explorer ウィンドウに関連付けられた結晶構造の距離と角度が視覚化されることに注意してください。

この新機能の簡単な紹介については、新しいビデオチュートリアル「Angles Explorer」をご覧ください。

4. Grow ツール

この新しいツールを使用すると、マウスのクリック＆ドラッグ操作によって範囲を調整できます。中心から外側にドラッグすると、その方向に沿って範囲が拡大し、内側にドラッグすると範囲が縮小します。修飾キーは次のとおりです。

Shift: 範囲の変更を画面の水平軸または垂直軸に制限します。
Option: 範囲を左右 (または上下) に反転します。
Command: 水平方向と垂直方向に等しい範囲を変更します。

Range コマンドと Grow ツールと区別するために、Range コマンドのツールバーアイコンが新しくなった点に注意してください。

この新機能の簡単な紹介については、新しいビデオチュートリアル「Grow Tool 」をご覧ください。

5. モデリングの改善

CrystalMaker のモデリングエンジンに大幅な変更を加えました。緩和計算の向上、パフォーマンスの高速化、フィードバックの改善、柔軟性の向上が実現しました。

更新されたモデリングファイルは、一部の有機構造の負の振動モードを防ぐのに役立ち、複雑な ZIF を緩和することも可能になります。
緩和中にセルパラメータを固定する新しいオプションを追加しました。これは、Preferences パネルのSimulation ペインに追加されました (デフォルトでは、このオプションはオフになっています)。
シミュレーションプロセス中に使用したポテンシャル情報が Output Log にプリントされます。
「ダミー原子」（例えば、巨大な多面体を提供するために追加されたゼロ占有サイト、またはリングの中心）を含む構造の振動特性を計算できるようになりました。

6. Synchronize コマンドの改良

Plot range と Plot centre のチェックボックスは、「原子を個別に一致」オプションを有効にしても選択できるようになりました。ただし、「分子モード」では原子範囲オプションは無効です。

新しいチェックボックスを使用すると、原子の可視性を明示的に同期できます。プログラムの以前のバージョンでは、原子の可視性は、色、スタイルなどの他の原子プロパティと同じように扱われていました。現在は別々に扱われるため、特定の原子のみが表示される構造のコピーで作業し、プロパティを元の構造と同期させることができます。元の構造の他のすべての原子が非表示になることはありません。

7. Sequoia 起動ダイアログが毎回表示される回避策

macOS 15 “Sequoia” で CrystalMaker 11.0 または 11.1 を起動すると、システムによって警告が表示され、”CrystalMaker needs to access data from other apps” (CrystalMaker は他のアプリのデータにアクセスする必要があります) と表示されます。これは、Apple が共有アプリケーショングループの命名規則を一方的に変更したために発生したことが判明しました。そのため、マルチユーザーグループおよびサイトバンドルに使用される共有設定フォルダーが承認されなくなりました。

残念ながら、この問題を回避する唯一の方法は、Apple の新しい命名規則を採用することでした。つまり、グループまたはサイトバンドルを使用する Mac ユーザーは、CrystalMaker ソフトウェアスイートのプログラムのいずれか1つのライセンスを再度行うする必要があります。完了すると、システムから再び煩わされることはなくなり、他のすべてのアプリケーションも実行できるようになります。

8. 新しい Quick Look プラグイン

CrystalMaker ドキュメントは再びサムネイルを表示でき、選択した場合はプレビューも表示できます。

rystalMaker バージョン 10 から 11.1 で使用されていた古いメカニズムは、Apple ではサポートされなくなりました。そのため、最新の macOS Sequoia で動作する新しいプラグインアーキテクチャを開発する必要がありました。サムネイルは、「Sequoia」の正方形のドキュメントアイコンで動作するように再設計されました (以前はアイコンは長方形でした)。ソースイメージを宛先の長方形に切り取るようになったため、フレームが完全に埋め尽くされ、不格好な空白は表示されません。

プレビューは CrystalDiffract 7 と同様の方式を使用しますが、単一のイメージを表示する代わりに、個々のパターンプレビューに対応する一連のイメージを並べて表示します。この並べて表示されるレイアウトは、プログラム (および CrystalMaker) の以前のバージョンで使用されていた低解像度イメージの古い配列よりも優れています。

9. Gallery ウィンドウの改良

ギャラリーウィンドウの外観が新しくなり、サイドバーに各グループのアイコンが表示されます。新しいグループとして、Morphology (結晶形態学のライブラリ)、Volumetric (結晶構造のコンテキストで表示される体積データセットの例)、Red-Blue Stereo、および Stereo Pairs が追加されました。

ギャラリーには、次の 7 つの新しいビデオチュートリアルも含まれています。

Auto Range
Grow Tool
Angles Explorer
Phonons Explorer
Planes Inspector
Crystal Shapes – Basics
Crystal Shapes – Advanced

10. ユーザーガイドの改良

ガイドを再編成し、以前の第 12 章「シミュレーション」の内容を新しい付録 D「エネルギーモデリング」に移動しました。その代わりに、「シミュレーション」の章には、第 11 章「測定」にあった一般的なシミュレーション情報が含まれています。「測定」の章には、新しい角度エクスプローラーに関する情報が含まれています。

「トラブルシューティング」の付録は、トラブルシューティングのヒントを Mac 固有の問題と Windows 固有の問題に細分化することで改良されました。前者には、「Gatekeeper」に関する情報と、ダウンロードしたアプリケーションを移動する必要があることが含まれています。この情報は、第 2 章「はじめに」にも含まれています。

11. その他の変更

このバージョンには、さまざまな改善とバグ修正が含まれています。

Unit Cell Transformations ダイアログのプリセットポップアップに、Rhombohedral to Hexagonal (菱面体から六角形) オプションを追加しました。これにより、プリミティブセル、菱面体単位格子から六角形単位格子への変換が簡単になります。
格子面のエッジは、ユーザーが指定した不透明度を反映するようになりました。(従来の不透明度は色の塗りつぶしにのみ適用され、エッジには適用されず、エッジは常に不透明で表示されていました。)
Range メニューに Hide Visible Atoms コマンドを追加しました (選択すると Show Hidden Atoms コマンドになります)。これは結晶の形状を定義するときに特に便利です。
Distance Explorer では、設定キーとして最小および最大の検索距離が保存されるようになりました。最大検索距離は 10 Å から 5 Å に短縮されました。さらに、Angles Explorer では距離と角度に異なるサイズのビン（階級）を使用できます。これらもデフォルトとして記録されます。
Distance および Angle explorers では、検索フィールドが使用され、閉じるボックスが追加されました。これらは、リスト出力の上にあるヘッダーバーに表示されます。
Distance Explorer モードの選択を改善しました。カスタムセグメントコントロールを介して、セグメント化されたボタンの下にタイトルが表示されるようになりました。
Distance from plane コマンドでは、符号なしの値から計算される平均と標準偏差とは別に、符号付きの値が (再び) 表示されるようになりました。
Planar Packing Factors の改善。結果は、N = h2 + k2 + l2 の N の最小値で表示されるのではなく、パッキング密度の降順でリストされるようになりました。出力には Wulff Construction で使用するためのヘッダーと ratio 列 (実際には逆比率) も含まれます。
Auto Scale の新しいコマンドショートカット: cmd-0。これは他のグラフィックプログラムと同じで、以前のショートカット cmd-shift-L に代わるものです。
拡大ツールを選択している状態でスクロールホイール (およびトラックパッドの 2 本指ジェスチャ) でプロットを拡大縮小できるようになりました。移動ツールが選択されている場合は、水平および垂直スクロールホイールを使用してプロットを移動できます。
移動ツールの制約を改善しました。新しい Grow ツールの場合と同じアルゴリズムを使用して、動きを水平または垂直に制限します。これは、マウスをクリックしてから最初のマウスの動きを使用して水平または垂直を選択し、次に 2 つのブール値を設定し、マウスが放されるまでこれを使用します。
Distance ツールのキーボードショートカットを「R」(現在は Grow ツールで使用) から「Screen Distance」の「S」に変更しました。
ツールバーに (オプションの) Grid ボタンを追加しました。
同一ウィンドウに複数の構造を表示する新しいオプション。プログラムに構造の配列が渡された場合 (たとえば、CrystalDiffract 7.1 の Visualize Crystal Structure(s) コマンド経由、またはユーザーが選択したファイルをダブルクリックした場合)、ドキュメント以外のすべてのファイルを同じウィンドウに表示するオプションを選択できます。
同一ウィンドウで複数のファイルを開くための新しい設定。これは、Preferences ウィンドウの General ペインの File Import グループの一部です。
ファイルのインポート時に Show Repaired Cell の設定を、プロット範囲を自動設定する新しい設定に置き換えました。これは分子結晶を扱うユーザーに役立つはずです。
Export Graphics の形式、拡大率、透明度が設定に保存され、次回プログラムを起動したときに復元されるようになりました。
格子面の移動改善されました。平面の距離 (中心から) を定義する際、反対のインデックスを同じように扱っていたため、(111) と (-1 -1 -1) は同じ方向に移動します。現在では、距離は平面法線の方向に沿った中心からのオフセットを参照するようになっています。したがって、反対のものは反対方向に移動します。これは結晶の形状を定義するための必須の前提条件です。
Notes と Keywords ペインの新しい背景色。これらがユーザー編集可能なフィールドであることを強調するために、テキストの背景色を使用できるようになりました。Info ペインは以前と同じままです。  「非表示」原子が表示されたままになる場合がある、macOS Sequoia の奇妙なグラフィックの不具合に対する回避策を追加しました。
Recent Files セクションからテキストファイルを開いた場合に、結果のドキュメントに構造のコピーが 2 つ表示されるという Gallery ウィンドウのバグを修正しました。
硫酸塩の Auto Range に関するバグを修正しました。S と Se は自動的にアニオン (負イオン) として分類されていたため、Auto Range アルゴリズムの実行中に非表示になっていました。アルゴリズムはこれらをカチオン (正イオン) として扱うようになりました。さらに、以前は表示されていたアニオンは引き続き表示されるようになります。
同じ分率座標を持ちながらサイト占有者が異なるサイトをマージする際の問題を修正しました。通常、これは機能しますが、結果の占有者の合計が 1.0 を超えると (数値精度の制限により発生する可能性があります)、マージは失敗します。
結晶の Info 表示のバグを修正しました。単原子構造の場合、セルあたりの式単位の数 (Z) が間違っていました。
CMTXの「BRNG」カードが動作するようになりました。これらのカードはバージョン 10 の後半に導入され、バージョン 11 のリリースには間に合いませんでした。現在は完全にサポートされています。
Bond Inspector のヒストグラムは「ダークモード」に適応し、ヒストグラムの列には白を使用するようになりました (「ライトモード」では黒)。
ウィンドウのタブバーが切り替わるバグを修正しました。これにより、コンテンツビューの上に描画されます。ウィンドウのサイズを変更すると、表示は正しく更新されますが、タブバーを非表示にすると、隙間ができてしまいます。
Phonons Explorer のバグを修正しました。分散曲線の終点が「ガンマポイント」{0, 0, 0} の場合、曲線が正しくプロットされませんでした。
Planar Packing Factors の計算を使用する際、六方晶系の結晶で発生する可能性のあるメモリ破損を修正しました。
Packing Explorer で分子を回転する際のバグを修正しました。
原子が表示されていない場合の自動スケーリング/センタリングに関するバグを修正しました。結晶構造は、フォールバックとして現在のプロット範囲の最大次元を使用するようになりました。つまり、結晶形状 (格子面によって定義) を、デフォルトで 1 Å の距離に設定することなくスケーリングできるようになりました。