CrystalMaker 11.1 新しい機能

Release Date: 26 June 2024

1. 結晶の赤外線スペクトル

結晶の赤外線スペクトル (IR spectra) を CrystalMaker でシミュレートできるようになりました。得られた結果は、分子の場合と同じ Vibrations Explorer に表示されます。なお、赤外線スペクトルとフォノンのモードを区別するために、従来の Vibrations Explorer メニューコマンドの名称を Vibrational Spectra に変更しました。各コマンドには専用のツールバーボタンが用意されています (ツールバー領域を右クリックしてその内容をカスタマイズし、必要な場合は Phonons ボタンを追加してください)。

2. Model インスペクターの再設計

Model インスペクター (Atoms, Bonds, Planes, Volume) にフッターバーが追加されました。これには、項目を追加 (+) または削除 (-) するための標準コントロールと、右側のリスト並べ替えコントロールが含まれます。元の Actions ドロップダウンメニューボタン (丸で囲まれた … アイコン) は、インスペクターの各ペインの個別のポップアップに置き換わりました。

Atoms インスペクター：
- Colouring (色分け)
- Radii (半径)
- Labels (ラベル)
- Search (検索)
Bonds, Planes, Volume インスペクター：
- Actions (アクション)
- Indices shortcuts (Planes inspector) (インデックスのショートカット：Planes インスペクター)

3. メニューレイアウトの改善

ユーザーからのフィードバックに従って、メニューの配置と名称を変更しました。

Simulate メニューとの混同を避けるため、Calculate メニューの名称を Measure に変更しました。
回折コマンドは、Simulate メニューでホストされるようになりました。
Selection Info サブメニューを Calculate メニューから Selection メニューに移動し、名前を Get Info に変更しました。
別々だった Repair Molecules と Repair Bonding メニューを新しい Repair サブメニューに移動しました。これにより、Selection メニューの解析が容易になります。
さまざまな Isolate コマンドが新しい Isolate サブメニューに移動されましたが、サブメニューを選択するだけで Isolate Selection コマンドが実行されます (ショートカットとして)。項目が再グループ化され、メニューのナビゲートが容易になりました。
Range メニューを改善しました: Trim to Selection を最上位グループに移動し、新しい Reset Range 項目を追加しました。さまざまな Show 項目を小さいもの (Asymmetric Unit) から大きいもの Repaired Cell) に並べ替えました。

4. モデリングの高速化

よりスマートなアルゴリズムとマルチプロセス計算により、結晶と分子モデリングの操作が大幅に高速になりました。また、基本的なセットアップステップもバックグラウンドで実行されるようになったため、ユーザーインターフェイスを他のウィンドウでの作業に使用できるようになりました。

5. “Show Molecular Cell” アルゴリズムの改良

従来のコードでは、必要な分子が１つだけの場合でも、複数の分子が表示されることがありました。これは、非対称単位を表示してからフラグメントを修復していたためです。非対称単位の表示が１つの分子だけの場合、プログラムは必要以上の分子を生成することになります。新しいアルゴリズムでは、非対称単位を表示した後、一時停止して、表示されている分子の数をカウントします。分子が１つだけの場合は、それ以上の操作は必要ありません。分子が複数ある場合は、フラグメントが修復されます。次に、プログラムは結果の分子を循環的に処理し、「重複」しているもの (つまり、既存の分子の同じサイトに一致するもの) を非表示にして、最終的な表示では一意の分子しか表示されないようにします。このアルゴリズムは、１つの単位格子の完全な内容ではなく、単一の分子単位に焦点を当てているため、Show Molecular Cell コマンドよりも便利です。また、Show Asymmetric Unit コマンドよりも便利です。複数の分子に分割されたサイト (たとえば、分子が格子の境界をまたいでおり、そのサイトの分率座標がすべて正になるように調整されている場合) を処理するためです。ほとんどの場合、新しいアルゴリズムは結晶の非対称単位の完全な内容を提供しますが、１つ以上の完全な分子を表示するように最適化されています。分子内に対称性があるまれなケースでは、非対称単位よりも多くの原子が存在する場合があります (例: 原点を中心とした完全な 6 回対称性を持つベンゼン環)。ただし、単一の原子ではなく、完全な分子を示すという利点があります。

6. スマートな Auto Range

本バージョンでは、Auto Range、Show Repaired Cell、および Show Molecular Cell コマンドを１つの Auto Range コマンドに統合しました。このコマンドにより、Show Repaired Cell (フレームワーク構造の場合) または Show Molecular Cell (分子結晶の場合) のいずれかが選択されます。(以前の Auto Range コマンドは、本質的には “Show Repaired Cell” コマンドと同じでしたが、余分な原子が非表示になりませんでした。)

7. グラフィックス互換性の改善

グラフィックスの陰影処理とその他の 3D レンダリングコードが改訂され、macOS「Sonoma」の “moving goalposts” と「Apple Silicon」(M シリーズプロセッサ) の組み込みグラフィックス機能との互換性が確保されました。Apple グラフィックステクノロジーの最近の変更により、ボリュームデータのテクスチャがポスタリゼーション効果で表示されていました。さらに、単位格子面や格子面などの半透明の要素がまだらになって表示されていました。改訂されたコード/グラフィックスの回避策により、グラフィックスハードウェア/OS の変更に関係なく、描画が正しく表示されるようになりました。

8. キーワードのネスト

Info インスペクタを使用して、ネストされたキーワードを作成し、CrystalViewer でグループ/サブグループ項目として表示することができます。パスの区切り文字にはコロンを入力する必要があります (例: Mineral:Silicate:Feldspar)。

9. その他

このバージョンには、さまざまなバグ修正と機能強化が含まれています。

Atoms Inspector の事前設定された原子半径の選択を明確にし、無数の表形式のオプションを、イオン結合、共有結合、ファンデルワールス結合の 3 つのカテゴリそれぞれに最適なオプションに置き換えました。これにより、現在の構造の表示をすばやくリセットし、結合の自動生成を容易にすることが容易になります。
(新しく名前が変更された) 測定メニューに新しいペア分布コマンドを追加しました。これにより、新しい距離エクスプローラーウィンドウが「PDF」モードで表示されます。
Output Log を改善し、小さいウィンドウサイズでも表示できるようになりました。
距離と角度のメニュー出力を切り捨て、余分なセルパラメーター、座標など (他の出力コマンドによって処理される) なしで、これらのデータだけが表示されるようになりました。
ツールバーの Orient ボタンの名称を Direction に変更しました。
改善された “Surface Cell” 生成: チェックボックスにより、垂直な Z 軸を持つ (より大きな) セルのオプションが提供されます (適切な場合)。
Vibrations Explorer の Inspector ペインを合理化しました。disclosure グループのレイアウトが改善され、(冗長な)「Inspector」ヘッダーが削除されました。
3D Stereo Pair モードで回転ムービーをエクスポートする際のバグを修正しました。出力フレームは必要な幅の半分になり、水平方向に圧縮された画像になりました。
Info インスペクタでキーワードをダブルクリックすると、通常のテキストに戻り、編集できるようになりました。
Preferences/Settings ウィンドウの Elements ペインの外観が改良されました。Elements ポップアップは、プレーンテキストではなく、プッシュボタンとして表示されるようになりました。
スケールバーの表示設定が起動時に Preferences から正しく読み込まれるようになりました。
Atoms Inspector で分子ごとにグループ化された状態でプロット範囲が変更されたときに発生する (非常にまれな) クラッシュを修正しました。
プログラムの他の部分で使用される “Williams” ポテンシャルでは処理されないいくつかの特殊元素に対して、Universal Force Field (UFF) 非結合ポテンシャルを追加しました。これにより、分子結晶のモデリングが改善されるはずです。  プログラムのメモリ・フットプリントを改善し、ドキュメントやその他のウィンドウが閉じられたときのメモリリークを修正しました。
Apple Silicon で多面体の選択が表示されないバグを修正しました。
デフォルトで単一の単位格子のみを表示するようにしました (必要に応じて、Model インスペクタの Unit Cell グループを使用してこれを変更します)。
モード周波数が負の場合（緩和されていない結晶や電位データが不十分な結晶の場合に発生する可能性があります）でも、Density of States (状態密度) の表示がクラッシュしなくなりました。
Vibrations-, Phonons- and Symmetry Explorer ウィンドウでステレオが使用できるようになりました。
Vibrations Explorer の背景グリッド設定が失われるという軽微な不具合を修正しました。
Packing Explorer では、複数の単位格子が必要に応じて正しく表示されるようになりました。
Simulation Energy グラフで、非常に小さな y 軸の増分に対応できるようになりました。以前のバージョンでは、数値精度が限られていたために内部カウンターが正しく更新されず、非常にまれな状況でプログラムがハングすることがありました。