CodonCode Aligner チュートリアル

CodonCode Aligner の紹介

CodonCode Aligner 入門（日本語訳）
簡単にご紹介します。配列のアセンブリーやアライメントなどの基本的な機能を紹介します。

クイックツアー

クイックツアー（日本語訳）
基本的な機能をご紹介します。新規プロジェクトの作成、サンプルのインポート、クリップの終了、アセンブル、いくつかの編集機能を見てみましょう。

グループで集合（名前順）

サンプルの名前に基づいてサンプルを組み立て、グループごとに 1 つのコンティグを作成する方法を説明します。

コンティグを比較

コンティグを互いに比較し、基礎となるトレースに戻って違いを確認する方法を説明します。

BLAST 検索の実行

CodonCode Aligner 内から直接シーケンスの BLAST 検索を開始する方法を説明します。

制限クローニング

制限クローニング実験のシミュレーション方法と、クローンリーディングフレームの検証方法について説明します。

ギブソンアセンブリ

CodonCode Aligner の ギブソン アセンブリ クローニング機能の使用方法を説明します。

プライマーの設計

シーケンスおよび PCR プライマーを設計する方法と、Aligner プロジェクトでそれらを使用する方法を説明します。

突然変異検出

CodonCode Alignerを使用して変異を検出し、解析する方法を説明します。

ヘテロ接合性インデル解析

サンガー配列のヘテロ接合挿入と欠失を解析する方法を説明します。

一致するシーケンスのみをインポート

選択した参照シーケンスと一致するシーケンスのみをインポートする方法を説明します。

制限マッピング

制限マップを使用する方法とバーチャルゲルを作成する方法について説明します。

RFLP 分析

Aligner の制限断片長多型解析機能の使用方法を説明します。

参照配列の使用

参照配列を使用してギャップを埋め、アライメント中にサンプルの方向を設定する方法について説明します。

参照配列を短くする

アラインメントを作成する際に、必要に応じて参照配列を自動的に短くする方法を説明します。

品質ベースのコンセンサス配列

品質に基づく合意によって、必要な編集作業の量を大幅に削減できる方法を説明します。

進化研究における活用

アライメントやコンティグ同士の比較など、進化研究に役立つ機能を説明します。

ツールバーのカスタマイズ

ツールバーの表示を変更したり、ツールバーから項目を追加したり削除したりする方法を説明します。

自動編集: 合意に一致

“Match Consensus “機能を使って、低品質なシーケンスの領域を素早く自動的に編集する方法を説明します。

ラウンドトリップ編集

コンティグをエクスポートし、別のコンティグ・エディターで編集した後、CodonCode Aligner でコンティグを再インポートして更新する方法を説明します。

CodonCode Aligner の使用に関するヒント

ベースのマスク、不一致の強調表示、逆補完、ギャップの移動、コピー、編集の最小化、非整列末端など、Aligner の使用に関するヒントを説明します。

Aligner License Server (ライセンスサーバー) の設定

このビデオでは、ライセンスサーバーの使用開始方法について説明します。サーバーのセットアップと設定方法を説明します。

Aligner License Server (ライセンスサーバー) の使用

CodonCode Aligner の Aligner License Server を使用してライセンス キーを取得 (および返却) する方法を学びます。