CLiDE 5 の新しい機能
- CLiDE 5.0 リリースノート (Professional 版) は こちら をご確認ください
インポート
- 次の文書フォーマットを新たにサポートしました。
1. MS Word 1997 – 2003 (doc 形式)
2. MS Word 2007 – 2010 (docx 形式)
3. HTML (電子メール用)
これらのファイル形式にエンベッドされたデータへのアクセスには、CLiDE Professional は、ユーザーのマシンにインストールされている次の外部ソフトウェアに接続します。
1. Windows プラットフォーム：MicroSoft Word 2007 以降
2. Linux/Mac プラットフォーム：LibreOffice 3.4 以降 - MS Word 文書にエンベッドされたオブジェクトから分子の抽出をサポートします。次の形式のエンベッドされたオブジェクトを処理します。
1. ChemDraw オブジェクト
2. Accerlys Draw (以前は SymyxDraw や IsisDraw と呼ばれた) オブジェクト
複数の分子を含むエンベッドされたオブジェクトからの分子の抽出もサポートしました。
化学構造式の抽出
- 修正のステップの後に、相互に非常に近い場所にある原子を持つ分子の自動マージ機能を追加しました。これは互いに接触している接続された部分は、分子を部分に分割してしまうことで、分子の抽出におけるエラーを起こすためです。
抽出した分子
抽出した分子
- カギ括弧の自動認識を追加しました。これはカギ括弧から分子を作成しようとすることを避けるためです。
- 下線付きのテキストの自動認識を追加しました。これは下線付きのテキストから分子を作成しようとすることを避けるためです。
エラーレポート
- 抽出された分子内の次のエラーを特定し、レポートするようになりました。
1. 短いボンドでの原子の衝突
2. ボンドの小さい角度 (15 度以下)
3. 原子の分解
原子の分解とは、互いに近距離にある２つの分子の部分をマージすることによって、CLiDE が抽出された分子を自動的に修正しようとすることを示しています。これは互いに接触している接続された部分は、分子を部分に分割することで、分子の抽出におけるエラーを起こすためです (上記を参照) 。
分子の表示
- 次のカラースキームに基づいて分子の部分をハイライトするように拡張されました。暖色はエラーを示すために使われ、寒色は他の情報を示すために使われます。
 | 超原子 |
 | R-基 |
 | 原子価が誤っている原子 |
 | 解釈されていない原子 |
 | ボンドが短くクラッシュした原子 |
 | ボンド角が小さい原子 |
 | CLiDE の分子抽出が分子を部分に分割してしまった原子 |
エクスポート
- エンベッドされたオブジェクトから抽出された分子をエクスポートするとき、エンベッドされたオブジェクトのオブジェクト ID が保存されます。
- 解釈されていない原子、原子価が誤っている原子とは別に、ボンド角が小さい原子や分解された原子も、エクスポートファイル内に示されます。
CLiDE 4 で追加された機能
CLiDE Professional/Standard
1. 一部の一般構造式の読込が可能になりました (*1)。
2. 読込後の化学構造式の一部を色付けしてハイライトし、読込ミスなどの情報が発見しやすくなりました。さらにスーパーアトム、一般構造式などの読込情報もハイライトされます (*2)。
3. XML ファイルに出力可能になりました。CLiDE による化学構造式抽出作業の途中の状態を保存し、後で読み込むことにより、保存した状態から作業を再開することができます(*1)。
4. CLiDE から直接エクスポートできる保存形式として、ファイル保存形式として MDL Molfile, MDL SDfile, MDL RGfile, CDX が選べるようになりました。
5. スーパーアトム表示 (原子団表示) の展開、非展開が選択することが出来るようになりました。
6. 抽出された 2 つ以上化学構造式をグルーピングできます。1 分子構造式が誤って複数の分子として認識された場合に 1 分子としてグルーピングして化学構造式エディタで編集することが出来ます(*1)。
7. 分子構造式エディタを ChemDraw、ISIS Draw、SymyxDraw の 3 種から選ぶことが出来ます。CLiDE がどのソフトウエアを使うか自動的に選ぶほか、ユーザが GUI 上から構造式エディタを変更することが出来ます。
8. 分子構造式抽出のプロセスコードを一新し抽出ミスが少なくなると共に、図表内に埋め込まれた構造式の抽出が容易になりました。
9. 化学構造式エディタに転送された時のデフォルトの炭素－炭素ボンド長は 30 ポイント (ChemDraw のデフォルト値と同値) になりました。化学構造編集エディタ使用時の分子構造式の大きさがそろいます。
(*1) CLiDE Professional 版のみの機能です。
(*2)一般構造式のハイライトは CLiDE Professional 版のみの機能です。
CLiDE Batch
- 一部の一般構造式の読込が可能になりました。
- XML ファイルに出力可能になりました。CLiDE Batch での抽出結果を CLiDE Professional にて表示することが出来ます。
- CLiDE から直接エクスポートできる保存形式として、ファイル保存形式としてMDL Molfile, MDL SDfile, MDL RGfile, CDX が選べるようになりました。
- コマンドラインオプションが充実しました。