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Gene Construction Kit (ジーンコンストラクションキット)
新しい機能

Gene Construction Kit 4.0 の新しい機能

バージョン 4.0 では、新たに AutoFeature File が導入されました。これは通常の DNA シーケンス (遺伝子、プロモーター、エンハンサーなど) を、ユーザーが定義した好みのグラフィック書式 (フォント、色、サイズ、ラインの種類) とともに保存することができるファイルです。AutoFeature File をリファレンスとして使えば、ユーザーは、の新規コンストラクトから条件に一致するシーケンスを自動的に探し出し定義された書式でそれらを表示させることができるようになります。AutoFeature File を複数保存しておき、必要に応じて呼び出して使用すれば、多岐にわたるプロジェクトや生物において重要となりうる様々なシーケンスの Feature (特徴) を表示させることもできます。

Textco BioSoftware 社長兼共同設立者である Dr. Robert H. Gross は、この新機能のメリットを次のように語ります

「様々なコンストラクト・ファイルに共通する Feature (特徴) を探し出し、それらを一定の書式で表示させることができれば、プロジェクトの計画やドキュメント作成に掛かる時間を大幅に削減できるはずです。研究室の複数のユーザーどうしで作業しても、共通のグラフィック書式があればその一貫性を保てます。つまり、元のレイアウトと同じになるようファイルを一つ一つ編集し直す時間はこれで削減できるのです。」

Dr. Gross は、この新しいファイル形式の共同作業ツールとしての側面も考慮し、いろんなユーザーがプロジェクトごとに自分自身の AutoFeature ファイルを作成し、そのファイルを GCK コミュニティで他のユーザーと共有できるようにしたいとも考えています。

「使用するプロジェクトや生物に基づいてユーザーが独自に AutoFeature File をカスタマイズし、保存できるようにすることで、あらかじめ設定されたプログラムの枠組みの中で操作を押し付けるのではなく、ユーザーの求めるニーズに合わせてアプリケーションを自由に調整できるようにするのです。ユーザーに生物や機能毎のファイルを作成いただき、コレクションがどんどん増えてゆけば、ユーザーグループ全体のメリットにもつながるでしょう。」

バージョン 4.0 ではこれまでの GCK のお客様の要望に基づいて、Find Sequence 検索エンジンの設計を見直し、より長い文字列 (最大32,000文字) でも検索できるようになり、また、DNA 検索にミスマッチ条件を含めることができるようになりました。ユーザーは、大文字小文字を区別するユニークな検索ルーチンを持つ検索機能を利用することでミスマッチを許容する位置を厳密に定義することができます(例えば、大文字は一致のみ、小文字はミスマッチを許可など)。また、より柔軟にコントロールできるように、あいまいな DNA 文字列もサポートします。

その他の機能には、特定の位置 (単一の塩基またはその範囲) にジャンプする Go to Positions や、個々のマップ内や複数の GCK コンストラクト文書間でグラフィックスタイルをコピー&ペーストする機能 Copy and Paste Graphic Styles があります。ユーザーは特徴やセグメントのフォント、サイズ、塗りつぶしパターン、線の種類を覚えておく必要はなく、どこでも同じスタイルを再現することができます。Mac OS 標準 (TextEdit や Pages にあるとの同じ) と同様の Copy / Paste Style 機能 (Windows では MS Word の「書式のコピー/貼り付け」と同じ) を使うことで、ユーザーはグラフィックスタイルを素早く複製することができます。また、共同作業を支援するために、 GCK コンストラクト文書を GenBank 型式のテキストファイルでエクスポートする機能が追加され、他のアプリケーションを使う同僚と簡単にやり取りすることができるようになりました。

DNA、タンパク質、キーワードを検索する Database Search ツールにアクセスし、複数のオンラインデータベースの恩恵を受けることができます。GCK 内から、クエリ条件を入力し、検索するデータベースを指定し、マウスクリック1つですべて (KEGG、EntrezGene、PDB、PFAM など) に検索を送信することができます。GCK は各データベース用にクエリを正しく成形し、ユーザーの Web ブラウザにすべての結果が一括して表示されます。

GCK 4.0 の変更点

GCK 3.5 の変更点

  • Mac 版がユニバーサルバイナリになり、Intel Mac 上でもネイティブで実行できます。これにより、最新の Mac に搭載されているプロセッサの性能をより生かすことが可能になりました。また、Mac OS 10.4 以降の Power PC マシンでも引き続き使用することができます。
  • フォントパネルが更新され、Mac 版 / Windows 版の両方で利用できるようになりました。これにより、OS 基準との一貫性がより高まりました。
  • Mac 版、Win 版両方で、マウスの右クリックから “Edit” メニュー操作が利用できるようになりました。
  • GenBank の NCBI で定義されている最新のガイドライン / 基準に準拠するために、”Deluxe Importer” 構文解析コードが更新されました。
  • Mac 版の位置インジケーターがリアルタイムで更新されるようになりました。
  • ネットワークドライブ経由でアクセスした GCK ファイルの処理コードを更新することにより、Windows システム上での処理スピードが向上しました。
  • Mac / Win 版両方において、アクティベーションコードの変更によるライセンスファイルの更新をより容易にするため、新しい License Info パネルが追加されました。

製品は、英語版(英語マニュアル付き)です。
日本語(2バイトコード)には未対応です。