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Gene Construction Kit® に装備された Search Files モジュールは、高度なファイル検索機能を実現します。このパワフルなツールを使えば、Gene Construction Kit で作成されたコンストラクトファイルをそこに記入されたキーワードや DNA 配列で検索することができます。ファイル検索機能によって、膨大な数のコンストラクトを容易に管理することができます。コンストラクトのコメント欄に保存場所を記入しておくだけで、在庫管理を維持できます。たとえば、318 号室の冷蔵庫に保管されたコンストラクトの全リストをファイル検索機能を使って調べるという使い方がそうです。また、プロモーター、エンハンサー、またはウサギの DNA 配列すべてを含むコンストラクトを検索するという使い方もできます。DNA 配列の検索機能を使えば、特定の DNA 配列を含むすべてのコンストラクトを探し出すことができます（例：TATAAA を含むすべてのコンストラクト）。検索の実行は実に簡単です。検索するディレクトリ（フォルダやディスク）を選択します。選択したディレクトリ内のフォルダ（サブディレクトリ）も検索対象になります。以下に示すダイアログボックスを利用して検索条件を入力します。
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この検索は、Program Files\Textco BioSoftware, Inc\Gene Construction Kit 3.0 ディレクトリ（フォルダ）内にあるすべてのコンストラクトで、かつ、このフォルダ内にあるすべてのフォルダを含むコンストラクトを検索対象とし、コンストラクトのコメント欄には、ampicillin と tetracycline が含まれ、かつ、kanamycin が含まれないものを探す例です。最大 40 までの検索条件を入力可能で、それぞれは、ブール演算子（and、or、not）でつなげることができます。検索はバックグラウンドで実行されます。検索が完了すると、検索条件にマッチするすべてのファイルがスクロール・リストに表示されます。検索結果は後で印刷するために保存しておくこともできます。後は、検索条件に合ったファイルを開き内容を確認します。
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