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Gene Construction Kit® で作成された DNA 配列は、GCG、JPEG、PICT ファイル形式で保存できます。また、フォーマット済みまたは未フォーマットの TEXT ファイルとしても保存できます。Gene Construction Kit では、すべての画像を PICT または JPEG ファイルで保存できるため、それらを他のドロープログラムを使ってさらに編集することができます。たいていの画像編集プログラムには PICT や JPEG ファイルを読み込む機能が装備されています。他のプログラムで作成した画像を Gene Construction Kit のイラストレーションウィンドウ内に貼り付けることもできます。Gene Inspector ファイルのほか、GCG、EMBL、PIR、GenBank およびその他５つのファイル形式を関連するコメントと共に直接読み込むこともできます。つまり、Gene Construction Kit と他のプログラムの間では DNA 配列情報を直接交換することができるのです。
DNA セグメント、マークされたサイト、領域、あるいは、コンストラクト全体など、コンストラクトを構成するすべてのオブジェクトにコメントを添付することができます。各コメントフィールドにつき、最大で 32,000 文字まで保存できます。コメント（Gene Construction Kit 内でキーワードやファイル検索モジュールで検索可能）には参考文献、増殖条件、保存場所、その他コンストラクトに関連する様々な情報をを記録しておき、電子ノートブックとして利用することができます。
