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更新日: 14/03/14

チュートリアル 18:データベース検索機能

  1. GCK のデータベース検索ツールを使えば、DNA 配列、タンパク質配列、キーワードといった同一の条件を入力するだけで複数のウェブサイトを簡単に検索することができます。データベース検索機能を利用するには、Tools メニューから Database Search… を選択します。


    GCK は、開発元の Textco BioSoftware 社が運営するデータベース・サーバーをチェックし、利用可能なデータベース・リストを一覧で表示します。


  2. ポップアップメニューから Keyword Search を選択してください。キーワード検索が利用できる最新のウェブサイトが一覧で表示されます。利用できるサイトは、新たに加わる場合もあれば、閉鎖されたりする場合もありますが、Textco BioSoftware のデータベース・サーバーはこうした変更にも対応するよう常に最新の情報に更新されます。検索に利用するデータベースはチェックボックスで選択できます。この事例では、チェックボックスがすべて選択されたままの状態で話を進めましょう。


  3. それでは、キーワードに「insulin」と入力して、Search ボタンを押してください。ウェブブラウザが立ち上がり、下図のような画面が表示されます。これは、全ての検索が進行中である状態をあらわしています。


    検索が完了すると、ステータスが Processing (実行中)から Completed (完了)に変わります。検索が完了したリンクをクリックすると、ウェブブラウザで検索結果を確認ことができます。
    Textco データベースの検索完了画面
    検索結果の表示例

  4. それでは次に、タンパク質の検索を実行してみましょう。まず、HSP70 タンパク質ファイル(hsp70.gcc)を開き、タンパク質配列を選択してください。コンストラクトの下にある矢印をクリックすると選択できます。


    これをシークエンスで表示させると(Construct > Display > Display Sequence または Ctrl+/ )、HSP70 タンパク質の1文字表記を確認することができます。


    では、選択範囲をコピーして Tools > Database Search を選択してください。「Use current selection for DNA/protein search」チェックボックスがチェックし、ウィンドウ最上部のテキストフィールドが空になっていることを確認してください。Search ボタンを押すと検索結果が表示されます。

GCK 内で選択した情報がどのような形であっても、それを検索に移すことができるというのは重要な点です。検査したい配列が何であっても、関連する情報をいとも容易に検索することができるのです。

 

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