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ゲルウィンドウの詳細については、Chapter 5: “ゲルウィンドウ” で既に説明してあります。図 5.1 に示すのは典型的なゲルウィンドウです。
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ゲルウィンドウの各レーンの下には、ゲルの最下部より下にはみ出した断片の数をあらわすインジケーションが表示されます。ゲルに指定した閾値 (threshold) よりも小さな断片がなければ、レーンの下には何も数字は配置されません。ゲルからはみ出る断片があまりにも多い場合は、そのゲルの閾値を上げてください (“Set Threshold…” 参照)。ここに表示される数字は、ランオフ・カウント (runoff count) と呼ばれ、Gel > Show/Hide Runoff Count を使用して表示と非表示を切り替えることができます。
ゲル凡例 (Gel legend) については、“凡例” で既に説明してあります。凡例にはバンドパターンの生成に使用された DNA と制限酵素の内容がゲルの右側に表されます。不完全消化 (partial digest) の場合は消化の程度も表示されます。凡例は、ゲルに隣接するレーン番号と実際の凡例で構成されます。Gel > Show/Hide Gel Legend (command-L/ctrl-L) を使って凡例の表示と非表示を切り替えることができます。
ゲルの左側には、標準サイズインジケータのセットが縦に並んでいます。標準の数値は、Gel > Show/Hide Standard Sizes を使って表示または非表示にすることができます。実線で表示された標準のバンドは、ゲルの閾値の倍数をあらわします ("閾値" 参照)。点線は閾値の 1.5 倍と 15 倍をあらわします。
ゲルレーンのいずれかを選択し、Gel > Show Full Digest を選択すると、完全消化 (complete digestion) の結果表示されるバンドが表示されます (次のセクションを参照)。
不完全消化 (Partial digest) については、“不完全消化 (Partial Digests)” で既に説明してあります。Gel > Show Partial Digest… を選択すると、選択した制限酵素による消化の割合を定義するダイアログが表示されます (図 5.4 参照)。不完全消化によって作成されるゲルのバンドは、黒の実線の代わりに青の点線であらわされます。
Gel > Set Threshold… (command-T/ctrl-T) では、ゲル上に残す断片の最小サイズを定義します。図 5.2 に示すのがそのダイアログボックスです。閾値については、"閾値" を参照してください。
Gel > Display Table/Display Graphics (command-/ | ctrl-/) を選択すると、画面表示がテーブル形式で表示される各レーンの断片のリスト (図 5.3 参照) と、グラフィカルに表示されるゲル予測パターン (図 5.1 参照) のいずれかに切り替わります。いずれの表示法も同じデータをあらわしたものですが、一方の内容はグラフィックであるのに対して、他方はテキストデータである点が異なります。
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