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ゲル電気泳動は、コンストラクト作成プロジェクトの進み具合を確認する標準的な分析ツールです。コンストラト作成に適った経路を円滑に選択するために、断片のサイズをダイジェストを使って検討するのが望ましいことがしばしばあります。図 5.1 に示すゲルウィンドウを使えば、単一のゲル上に任意のコンストラクト (複数可) のゲル電気泳動パターンの予測を表示させることができます。
ゲル上にマウスを置くと、カーソルが水平の I ビームに変わり、サイズインジケーターとして機能します。ウィンドウの左下にはカーソルの現在位置に存在する断片のサイズ (単位：ヌクレオチド) の読み出し情報が常に表示されます。これはゲル内の任意のバンドのおおよそのサイズを確認する便利となります。
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