5.2 閾値 (Threshold)

Gel > Set Threshold… を使って設定される閾値 (threshold value) は、ゲルに残す最小の断片サイズをあらわします。

図 5.2：閾値の設定例

閾値を変更することで、アガロースゲルの濃度を変えて実行するのと同じ電気泳動をシミュレーションできます。研究室で実験する分析ゲルのレンジをどのくらいのサイズにするかを決める場合の目安にするのに便利です。

ゲルパターンの決定には、DNA 分子の移動度 (mobility) が分子量と反比例することから計算する Schaeffer and Sederoff [Analytical Biochem. 115:113-122 (1981)] のアルゴリズムが使用されます。このアルゴリズムは、分子量の対数をとって移動度比を計算する一般的な手法よりも正確であることが証明されています。