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StarDrop 6.3 で追加された機能

 

StarDrop 6.3 における新機能と強化された機能は次の通りです。

 

SeeSAR Module

新しい SeeSARモジュールは、ターゲットタンパク質に対する化合物の結合状態を 3次元で可視化して理解するために、最先端で科学的に正確なアプローチを提供します。

StarDrop における SeeSARモジュールは、X線結晶構造解析による結果やドッキングシミュレーションソフトにより予測された 3次元構造をシームレスに利用できます。SeeSAR による 3次元の情報と従来のStarDrop における 2次元構造に基づくケモインフォマティクス解析や描画を直感的に結びつけることにより、構造活性相関 (SAR) に新しい知見をもたらし、より最適な化合物設計を支援します。さらに、3次元モデルの結果が全てのディシジョンメーカーで共有可能となることにより、計算化学者と合成化学者の共同研究を促進します。

SeeSARモジュールは StarDrop のオプションモジュールとして提供されます。

 

部分構造検索ツール

部分構造が一致する化合物を検索するための機能が飛躍的に強化、改善されました。以下のように、リンカーに対して長さや環構造を含むかを指定できるといった、柔軟な条件で検索ができます。

「原子」に対する条件

  • 元素
  • 電荷
  • 結合手
  • 水素の数
  • 任意の SMARTS

「結合」に対する条件

  • 結合次数
  • 脂肪族 / 芳香族
  • 環状 / 非環状

「リンカー」に対する条件

  • 長さ
  • 環構造を含む / 含まない

 

 

Card View Version 2

従来よりも自由なデザインが可能になりました。縦横の寸法が自在に変化させられ、好きなテキストの追加ができます。また、ドラッグ&ドロップによって簡単にデータのレイアウトを変更できます。

さらに、新しいカードを既存のスタックに加える機能も追加されました。この機能により、クラスタリングのような解析を再度実行する必要がなくなるため、時間が節約され、Card View の配置も保つことができます。

 

その他の変更点

  • 40以上の異なるエンドポイントをもつナレッジベースの毒性予測を提供する Derek Nexusモジュールが Lhasa Limited による最新のナレッジデータベースにアップデートされました。また、クライアントマシンのメモリへの負荷を減らすため、Derek Nexus の計算はサーバーマシン上で実行されるようになりました。
  • Novaモジュールにおける構造変換ライブラリを拡張するための BIOSTERモジュールに、最新の論文から引用した約2,000の構造変換ルールが追加されました。