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StarDrop の SeeSAR モジュールは、BioSolveIT 社と共同で開発され、リガンドとタンパク質の構造を簡単に可視化し、これらの結合親和性を促進する重要な相互作用を確認できます。
SeeSAR モジュールは、シームレスに相互作用する 3 つのモジュールで構成されており、タンパク質とリガンドの相互作用を 3Dで 可視化し、予測するのに役立ちます。化合物の標的タンパク質への 3 次元 (3D) 結合を理解するための最先端かつ科学的に厳密な手法を提供します。
3D でタンパク質環境でリガンドを可視化し、結合親和性を促進する重要な相互作用を特定します。これらの構造は、X線結晶構造解析から導き出すことも、任意のドッキングソフトウェアで予測することもできます。さらに、表面情報や水素結合ネットワークを可視化して、各ポーズの性質の評価や最適化に有利な条件を特定します。
受賞歴のある HYDE スコアリングメソッドを使用し、リガンドの結合親和性を各原子の結合自由エネルギーへの寄与を可視化することにより分析したり、ねじれ角ヒートマップを表示してドッキングポーズを評価することが可能です。これらの機能はサードパーティーのソフトウェアで得られたドッキングポーズに適用することも可能であり、StarDrop の Pose Generation インターフェイス機能の利用により、シームレスに行うことが可能です。
FlexX docking を使用して、バーチャルスクリーニングのための複数ポーズの生成やインタラクティブな 3D デザインを行えます。高速テンプレートドッキングにより、確立された結合モードを維持しながら、リアルタイムなフィードバックによる化合物編集を行うことが可能です。また、SeeSAR Affinity モジュールと組み合わせることで、結合エネルギーに対する新しい最適化の影響を評価することが可能となります。