StarDrop

SeeSAR

3D Structure-Based Design

StarDrop の SeeSAR モジュールは、化合物の標的タンパク質への 3 次元 ( 3D ) 結合を理解するための最先端かつ科学的に厳密な手法を提供します。BioSolveIT 社と共同で開発された SeeSAR モジュールはリガンドとタンパク質の構造を簡単に可視化し、これらの結合親和性を促進する重要な相互作用を確認できます。SeeSARは3つのモジュールで構成されており、シームレスな利用が可能です。SeeSAR モジュールは、3 次元構造でのタンパク質-リガンド相互作用の可視化や予測を支援します。

Pose

FlexX docking を使用して、バーチャルスクリーニングのための複数ポーズの生成やインタラクティブな 3D デザインを行えます。高速テンプレートドッキングにより、確立された結合モードを維持しながら、リアルタイムなフィードバックによる化合物編集を行うことが可能です。また、SeeSAR Affinity モジュールと組み合わせることで、結合エネルギーに対する新しい最適化の影響を評価することが可能となります。

View

結合親和性を促進するキーとなる相互作用を特定する為のたんぱく質とリガンドを3Dで可視化します。X線結晶構造やご使用のドッキングソフトウェアでの予測結果の構造取り込みが可能です。さらに、各ポーズの性質の評価や最適化に有利な条件を認識するために、タンパク質およびリガンドの表面情報や水素結合ネットワークを可視化することも可能です。

Affinity

受賞歴のある HYDE スコアリングメソッドを使用し、リガンドの結合親和性を各原子の結合自由エネルギーへの寄与を可視化することにより分析したり、ねじれ角ヒートマップを表示してドッキングポーズを評価することが可能です。これらの機能はサードパーティーのソフトウェアで得られたドッキングポーズに適用することも可能であり、StarDrop の Pose Generation インターフェイス機能の利用により、シームレスに行うことが可能です。

参考資料：“Bridging the dimensions: Seamless integration of 3D structure-based design and 2D structure-activity relationships to guide medicinal chemistry”