HOME > ソフトウェアパッケージ > 化学/計算化学 > GaussView (ガウスビュー) > 製品概要
新規購入お見積
アップグレードお見積
GaussView (ガウスビュー)
製品概要

GaussView 6 製品概要

 

GaussView インターフェース

GaussView インターフェースはいくつかのウィンドウと作業の過程で現れる付加的なダイアログから構成されます。下図はユーザーが分子の構築をちょうど開始したときの基本的なセッションを示します。

デスクトップ上のGaussView

ここで、GaussView の特徴を確認できます。一番上の画像は、メニューバーや様々なツールバー、そして、ビルダーフラグメントを表示したエリアを備えた GaussView のメインコントロールパネルです。右下の画像は、分子に追加する官能基や個別の原子を選択するために用いられるパレットです (これらは、Window Stays Up ボタンにより、表示固定モード ( ) 、表示切替えモード ( ) として利用可能です) 。左下の画像は、構築している分子が存在しているアクティブなビューウィンドウです。

GaussView のインターフェースはこれらの要素から構成されています。

  • メニューバーやビルダーフラグメント表示エリアを備えたコントロールパネル
  • さまざまなツールバー。ツールバーは、デフォルトでコントロールパネルの中のメニューバーの下に位置し、ユーザーが望めば取り外しもできます。コントロールパネル内であれば好きなように再配置ができます。あなたの手元の GaussView のツールバーが上図と異なるのはこのためです。
  • ひとつまたは複数のビューウィンドウ (デフォルトで背景色がブルー)
  • 様々な GaussView の特徴的な機能に対応したダイアログ
  • GaussView に含まれる機能の様々な外観を操作するプリファレンス

分子はビューウィンドウの中に表示され、変更ができます。メインツールバーの下のビルダーフラグメント表示エリアとビューウィンドウを混同しないようにご注意ください。ビルダーフラグメント表示エリアは、次にクリックしたときに現在の分子になにが追加されるかを示しています。

 

GaussView ツールバー

下図に、デフォルトで GaussView のコントロールパネルの中のメニューバーの下に現れるツールバーを、個別に示しました。

スタンドアローンモード (左) とビルダーパレット (右) における GaussView ツールバー
右側のビルダーパレットは View メニュー > Builder により表示されます。

縁をつかんでツールバーのエリアの外へドラッグすることによりスタンドアローンなツールバーとして切り離すことができます。スタンドアローンなツールバーを再度配置するためには、ドラッグしてメインツールバーの中へ戻すか、ダブルクリックします。ビルダーパレット (上図の右側) は、スタンドアローンパレットのように現れます。ビルダーパレットは、View メニュー > Builder によって表示できます。

 

分子 (Molecules) と分子グループ (Molecule Groups) とビュー (Views)

GaussView は、いつでも利用できる多数の分子を体系化するための構成要素を使用します。

  • 分子 (molecule) は多くの場合、同時に開いているほかの分子から孤立して作業する単一の分子です。分子は、一般的に単一のファイルとしてディスク上に格納されます。これらは、モデルと呼ばれることもあります。この意味で分子は 2 つ以上の化学種が含まれるかもしれない点にご留意ください。以下、通常の化学的な意味での分子のときには molecules と表記します。
  • 2 つ以上のウィンドウで同じ分子 (molecule) を開いている場合 (View メニュー > Add View で追加できます) 、それぞれをビュー (view) と呼びます。その結果、ビューウィンドウは分子 (molecule) を表示するだけではなく、異なる見え方をしたビューウィンドウとして同じ分子 (molecule) の異なる配座やプロパティを表示できます。
  • 分子グループ (molecule group) はひとつの単位として作業したいひとつかそれ以上の分子を集めたものです。2 つ以上の分子 (molecule) を含んでいる分子グループは、ビューウィンドウを組み合わせた別々のサブウィンドウに各分子 (molecule) を表示します。分子グループはモデルグループ (model group) とも呼ばれます。

ビューウィンドウのタイトルバーは現在の分子グループ (molecule group) 、分子 (molecule) 、ビュー (view) についての情報を表示します。すなわち、異なる分子グループは、それに対応してそれぞれ異なる色のアイコンで区別できます。下図は、2 つの異なるビューウィンドウのアイコンの色を示します (それぞれが異なる分子 グループに対応します) 。その分子グループに関連するすべてのダイアログは、その親となる分子グループと視覚的に関連付けるために、同じ色のアイコンを使用します (View メニュー > Add View を用いて作成された新しいビューも含まれます) 。このアイコンの色は、Windows メニューの中の分子グループを特定するためにも用いられています。

2 つの異なるビューのアイコンの色

 

左のアイコンは、1 番目の分子グループ (赤) の中の4 番目の分子 (molecule) の 1 番目のビューに、右のアイコンは 2 番目の分子グループ (緑) の中の1 番目の分子 (molecule) の 2 番目のビューに対応します。これと同じ色のアイコンはその分子と関連するすべてのダイアログ上に現れます。OS によっては、アイコンの色はステータスバーに表示される場合があります。

アイコンの色に加えて、各ビューウィンドウはそれぞれのグループ・分子 (molecule) ・ビューの識別子によって特定されます。この識別子は分子グループ (G) 、分子の番号 (M) 、ビューの番号 (V) で構成されます、分子グループ中のそれぞれの分子は、1 から始めた連続した数字により番号付けされます。グループ中のひとつの分子 (molecule) が削除された場合、引き続き連続した数字が維持されるように、再度番号付けされます。

分子 (molecule) の編集機能に関連するダイアログは分子に固有のものであることに留意してください。例えば、あるビューウィンドウと、その Atom List Editor がアクティブな状態から、異なるビューウィンドウをアクティブな状態にしても、Atom List Editor の内容は変更されません。対応するビューウィンドウを確認するためにはダイアログのヘッダーラベルを確認してください。

ビューウィンドウの中のどこでも、右クリックするとコンテキストメニューが表示されます。コンテキストメニューは、Builder、メニューバー、ツールバーと同じものです。これは、ユーザーが使いやすいように提供されています。

ビューウィンドウのコンテキストメニュー
コンテキストメニューの各オプションは関連する項目を含むサブメニューを表示します。

 

マルチビューウィンドウ

2 つ以上の分子を含む分子グループには、2 つの表示モードがあります。シングルビューモードは、下図の左側のように、一度に単一の分子のみを表示します。現在の分子の番号はツールバーに示されます。

シングルビューウィンドウにおいて、マルチビューアイコン ( ) をクリックすると、一度にいくつかの分子が表示されるマルチビューウィンドウが表示されます。ツールバーにマルチビューのフィールドやコントロールが現れるのは、分子グループに 2 つ以上 (>1) の分子が含まれるときだけである点に注意してください。アイコンはシングルビューとマルチビューの 2 つの形式があり、現在の表示モードによって切り替わります。

12 分子を含む分子グループ

 

独立な分子のビューが大きなマルチビューウィンドウの中に収容されています。分子の番号は、各フレームのタイトルバーに示されています。現在アクティブな分子は、ほかの分子と区別するために若干背景が明るく、原子の選択やその他ダイアログと関連します。アクティブでない分子ウィンドウのうちのひとつをクリックすると、それはアクティブなウィンドウになります。すべての個別の分子がマルチビューウィンドウに収まっていないときは、スクロールバーで移動して表示します。

シングルビューアイコンの右側の小さい三角をクリックすると Multiview Display Mode コンテキストメニューが表示されます。

マルチビューモードのコンテキストメニュー

 

マルチビュー表示エリアの中で右クリックしても同じメニューが表示されます。このメニューはレイアウトとマルチビュー表示モードの振る舞いを操作します。

  • Workspace Background Color:現在のウィンドウの背景色を変更します。
  • OptionsMultiView Options ダイアログ (詳細は下記で説明します) を開きます。
  • Fit:すべての分子フレームをリサイズして、ウィンドウの中に見えるようにします。
  • Synchronize:すべてのフレームをリンクして、ひとつのビュー上のマウス操作 (例えば、回転操作) がすべてのビューに影響します。デフォルトでは、各ビューは独立しています。
  • Manually Resizable SubWindows:サブウィンドウの右下角をドラッグすることで手動でのサブウィンドウのサイズ調整を許可します。
  • Manually Movable SubWindows:サブウィンドウの縁をドラッグすること手動でのサブウィンドウの移動を許可します。

 

マルチビューウィンドウのカスタマイズ

マルチビューオプションダイアログ
「Less」ボタンは、ダイアログのそのボタンより下の部分を隠し、
下の部分が隠れているときは「More」ボタンが表示されます。

 

Multi View Options ダイアログにおける様々な操作は次のように使用します。

  • Visible Rows および Visible Columns:マルチビューウィンドウにおいて行と列に最初に現れるフレームの数を指定します。
  • Scrolling:スクロールバーの位置を設定します。
  • Auto Fit SubWindows:無効のときは、マルチビューウィンドウのサイズを変更しても個々のフレームのサイズには影響せず、通常はウィンドウを大きくして、より多くのビューを見えるようにします。 有効なときは、マルチビューウィンドウの中には (指定した行と列の数に基づいて) 常に同じ数のフレームが見えるようにフレームのサイズが調整されます。

 

次の操作は「More」ボタンが押されているときにのみ表示されます。

  • Workspace MarginHorizontal Spacing および Vertical Spacing:サブウィンドウの行と列の間の空間を、縁全体、縦、横、それぞれに指定します。
  • BordersTitlesCaptionsNumbersBorders が有効な場合、個々のフレームの境界上に境界線が表示されます。Titles および Numbers はジョブタイトルや構造の番号付けを各フレームのタイトルバーに表示するかどうかを指定します。Captions はタイトルバー全体をコントロールしており、無効の時は、Titles や Numbers が有効であっても、タイトルバーに何も表示しません。

 

マルチグループからビューの削除

分子グループの中のビューが不要になったときは、Edit メニュー > Delete にて現在の分子とそのビューを削除します。ツールバーの Delete ボタンも同じ処理を行います。現在のビューの中に選択している原子がある場合は、選択している原子のみを削除して、そのほかの原子やビュー自体は残ります。

もし全ての原子を削除して、分子グループの中に空のビューを残したい場合には、ツールバーの Select All Atom ボタンをクリックしてから、上述の削除する 2 つ操作のどちらかを実行します。これにより、ビューウィンドウにはなにもない状態になります。

Cut ボタンおよび Edit メニュー > Cut は、Delete の操作と同じ処理を提供し、かつ、削除した分子や原子を、その後の処理のためにクリップボードに置いておきます。

 

複数の構造のアニメーション

マルチビューの分子グループのツールバーにおける緑の実行ボタンをクリックすると、ビューウィンドウは、止めるまで、全てのビューのリストを順番に、繰り返して表示します (Repeats: Endless 設定時) 。連続したひとつづきの分子を、動画のように視覚的に動いているように表示させる効果があります。特に、反応経路プロットのように、一連の関連した構造を連続して表示したい場合に、役に立ちます。緑の実行ボタンを押した後は、アニメーションを止めるための赤の停止ボタンに変わります。

アニメーションのプレイバックコントロール

 

アニメーションボタンの横の小さな三角ボタンは小さなメニューを表示します。Repeats ボタンはアニメーションを何度繰り返すかを指定します。Sequences ボタンはどのような順番で再生するかを指定します。Frame Delay (msec) ボタンはミリ秒単位で、各フレーム間の時間を指定します。Endpoint Delay (msec) ボタン は最後のフレームから次の繰り返しへ入るまでの時間を指定します。

 

 

マウスを使った操作

分子の操作は 3 ボタン式マウスの動きを想定してデザインされています。マウス操作は次の通りです。

マウスボタン      
3ボタン 1,2ボタン 操作 機能、処理
クリック 原子・フラグメントの挿入、編集する原子の選択、など
    クリック (Cキー) 原子を選択または選択解除
    ドラッグ (Rキー) マーカーを通して選択または選択解除
    左右にドラッグ Y軸について回転
    上下にドラッグ X軸について回転
中央 Shift-左 ドラッグ 分子の並行移動
Ctrl-左 左右にドラッグ Z軸について回転
    上下にドラッグ 拡大・縮小
    なにもないところをクリック コンテキストメニューの表示
    Shiftキーを押しながら原子上でクリック Atom List Editor でその原子をハイライトする

これらのマウス操作は GaussView のダイアログ中のどんな分子表示においても有効です。

 

ひとつのフラグメントに限定したマウス操作

2 つの要素が互いに結合していない (画面上の視覚的な化学結合によって連結していない) ならば、Alt キーを押しながらカーソルを動かすことで、それぞれを別々に操作できます。Alt キーを使うときは、カーソルに近いフラグメントが影響を受けます。そのため、AltShiftAlt とマウスの中央ボタンを押しながらのドラッグ操作はフラグメントの近くで行ってください。

 

 

調査 (Inquire) モード

Inquire ボタン ( ) は、興味のある原子をクリックすることで、ビューウィンドウから直接的に構造情報を取り出すことができます。選択した原子は結合している必要はありません。構造の情報は、下図のように、ビューウィンドウのステータスバーに現れます。選択した原子の番号は、その表示に反映されます。

  • 原子上にカーソルを合わせる:原子タイプとその番号:Atom 22(N)

  • 1 原子を選択:原子タイプとその番号:N22

  • 2 原子を選択:結合長 (距離) :B=1.45768 (N22 C20)

  • 3 原子を選択:3 原子がなす角度:A = 111.22910 (N22 C20 C19)

  • 4 原子を選択:4-3-2-1 二面角:D= -58.36021 (N22 C20 C19 N21)

 

調査 (Inquire) モードの表示

 

GaussView メニュー

GaussView は、以下のメニューを備えています。

  • File:構造や動画を作成する、開く、印刷する、保存する操作や、GaussView のプリファレンス
  • Edit:全体的な構造に対するタスクの設定の実行
  • Tools:特別な分子の構築タスクや計算タイプを指定する特殊な機能
  • Builder:分子構造や構造パラメータの生成や編集
  • View:分子の表示の管理や操作
  • Calculate:Gaussian 計算の設定と実行、GaussView から実行したジョブの確認
  • Results:サーフェス、スペクトル、プロット、アニメーションを含む、計算結果の確認
  • Windows:さまざまな GaussView ウィンドウの管理
  • Help:Gaussian および GaussView のヘルプファイルや GaussView のヒントの確認

 

GaussView プリファレンス

多くの GaussView の機能のデフォルト設定は、File メニュー > Preferences から開く、プリファレンスを通してカスタマイズが可能です。以下のプリファレンスが有効です。

  • Building:高度なフラグメントの配置オプションについてのデフォルト設定を指定します。
  • Charge Distribution:原子の電荷や双極子モーメントの表示についての設定を指定します。
  • Clean Controls:構造を整えるクリーン関数について調節可能なパラメータや操作を設定します。
  • Colors:GaussView の様々な表示色をカスタマイズします。
  • Desktop:Gaussian およびGaussView ファイルに関連するファイル拡張子についてファイルの関連付けを指定します (Windows 版のみ)
  • Display Format:この項目は、GeneralQualityMoleculeSurfaceText という 4 つの別々のカテゴリ分かれています。
  • File/Directory:様々な GausView コンテキストについてのディレクトリ (フォルダ) の場所を設定します。
  • Gaussian Setup:Gaussian Calculation Setup のデフォルト設定を指定します。
  • Icons:ユーザーインターフェースのデフォルトのアイコンサイズを設定します。
  • Image:キャプチャ画像の値を設定します。
  • Job Setup:Gaussian と関連するジョブの実行手続きを設定します。
  • Movie:GaussView で作成するアニメ―ションについての設定を指定します。
  • Print:印刷画像についての値を設定します。
  • Vibrations:Display Vibrations ダイアログの設定を指定します。
  • Window Behavior:ダイアログの振る舞いについて設定します。

すべてのプリファレンスダイアログには次のボタンが含まれます。OK (現在の設定を保存して閉じる) 、Cancel (変更を保存せずに閉じる) 、Default (GaussView イントール時の設定に戻します) 、Help (オンラインヘルプを表示します) 。Default ボタンを使うと、下図のようなダイアログが表示されます。

デフォルト設定に戻す
プリファレンスのDefault ボタンをクリックすると、全ての設定をデフォルト値に戻すのか、
または、 現在のダイアログ (ここではVibrations についてのデフォルト設定) のみを
デフォルトに戻すのかの 選択を求められます。

 

GaussView ヒント (Tips) の表示

Help メニュー > GaussView Tips により、GaussView を効果的に使用するための様々なヒントを表示す る、GaussView Tips ウィンドウが開きます。ウィンドウ下部の Show tips at startup のチェックボックス を使うことで、GaussView の起動時にヒントを表示するか否かを選択できます。

GaussView Tips (ヒント)
GaussView 起動時にいつもヒントを表示するためには
Show tips at startup を有効にします。

 


履歴情報