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GaussView (ガウスビュー)
新しい機能

GaussView 6 新しい機能

過去のバージョンの履歴

GaussView6の 新機能は赤色で、拡張された機能は青色で示します。


分子構造の構築 / 修正

  • 標準的な分子ファイルフォーマットの読み込み
    • PDB形式 (AMBERで構築したPDB形式も含む) 。PDBファイル読み込み時に、水分子の削除の選択や、標準的な残基の結合様式の適用のオプション。
    • Gaussianインプットファイル (.gjf および .com) 、Gaussianアウトプットファイル (.log) 、チェックポイントファイル (.chk および .fchk) 、cube ファイル (.cub) 、frequency ファイル (.gfrq)
  • 各種オプションの修正および保持を可能とする高度なオープン (Open) ダイアログ
    • 中間構造の読込み
    • chekcpointファイル読込み時に、formatted checkpointファイルの自動保存、Bond Table情報の利用、弱い結合の表示をするか否かの選択
    • 複数ジョブを含むログファイルにおいて、読込む結果をコントロール
    • 複数ジョブを含むインプットファイルにおいて、読込む結果をコントロール
    • PDBファイル設定
    • Sybyl Mol2ファイル設定
  • 特定の点群対称性の保持、指定したサブグループの対称性を落とすことが可能
  • 原子群のグループ名称の定義方法
    • クリック選択、長方形選択、ブラシ選択モード (カスタマイズ可能)
  • 表示される結合タイプを決定する各種原子間の結合距離を指定

 

特定ジョブタイプの設定機能

マウスやスプレッドシートによる簡単な操作による複雑な計算のインプットを設定

  • GMMXアドオンを用いた配座の探索
  • 別売の AMPAC とのインターフェイスを介した統合
  • 既存のチェックポイントファイルからデータを回収するジョブの設定
  • 最新の Gaussian 16 機能のサポート

 

Gaussian計算の準備と実行

  • 簡単なメニュー形式のインターフェイスを利用したインプットファイルの作成
    • 全ての Gaussian 16 機能のサポート
    • 頻繁に利用される一般的なオプション (例えば、SCF=QC) への便利な設定
    • Gaussian へのジョブ投入前にインプットファイルをプレビュー
  • Ampac インプットファイル、Gaussianインプットファイル、MDL Mol ファイル、MDL SDFファイル、GMMXインプットファイル、Sybyl Mol2ファイルといった異なるファイル形式へ変換
  • Link 0 コマンドの設定
    • Link0ファイルに対する拡張されたコントロール
  • ワンステップで複数のジョブファイルを設定
  • 追加の操作なしに、ジョブのリストを実行するための統合されたキューイングツール

 

Gaussian 計算結果の表示

  • 計算結果概要の表示。予測された熱力学的物理量を表示する Thermoタブ、最適化ステップ情報を表示する Optタブの追加。
  • 開いている分子の情報を表形式で表示 (編集可能) 。計算結果の表を作成するために利用可能。
  • Gaussian計算による原子プロパティ、結合長、結合次数の可視化
  • 複数ジョブの Gaussian インプットやアウトプットファイルから一部またはすべての結果を開く
  • SCRF計算で用いた溶媒中の空孔 (cavity) を表示
  • 分子数によらずあるグループにおける ORD (Optical Rotary Displacement) 計算の結果をプロット
  • 振動数と関連する基準振動モードのアニメーション
    • 振動数を任意の値でスケール
    • 繰り返し、フレーム切り替えの時間、繰り返しにつき表示されるフレーム指定のオプション
  • 赤外 (IR) 吸収スペクトル、 ラマン (Raman) 分光スペクトル、 NMRスペクトル、振動円二色性 (VCD) スペクトル、ラマン光学活性 (ROA) スペクトル、紫外可視 (UV-Visible) 吸収スペクトル、 調和および非調和振動スペクトル などのスペクトル表示
  • プロットやスペクトルのカスタマイズ 
    • 線や棒の特性の指定、線形結合した線のプロットやその形状の指定、データの構成成分に重みの割り当て (Boltzmann分布による平均化) を行うためのミクスチャーエディタ (Mixture Editor)
    • 線の色、キャンバスや背景の色、タイトル、x および y軸設定などといった高度なプロット可視化のカスタマイズ
  • GIF、MNG、MPEG4 形式でのアニメーションの保存や各フレームでの保存
  • 動画のフレームの配列や時間のコントロール機能の拡張
  •  

GaussView のカスタマイズ

GaussView 機能の大部分のプレファレンス設定/保存

  • 画像のキャプチャや印刷のデフォルト
  • アニメーションの設定や動画のデフォルト
  • 任意の結合パラメータのデフォルト
  • 独立のダイアログに統合されたヘルプファイル

 

関連情報