Gaussian ジョブ設定機能

ワンステップで複数ジョブの設定
GMMX 配座探索
SC ジョブマネージャー
対称性の操作
ブラシ選択ツール
新しいジョブ設定の機能

ワンステップで複数ジョブの設定

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GaussView 6 では、複数の分子からなるひとつの分子グループに対して、たった数ステップで Gaussian ジョブを設定することが可能です。操作の手続きは次の通りです。

すべての分子を単一の分子グループとして取り込みます。
通常通り Gaussian Calculation Setup でジョブタイプ、モデル化学、タイトルおよびその他キーワードを指定します。
分子グループのすべての分子に設定を適用させるために「Assign to Molecule Group」ボタンをクリックします。
保存するときに、各分子を別のファイルとして作成するためには「Save Molecule Group」を設定します。接頭語や分子番号をそれぞれのファイル名に追加できます。

下図の例では、配座探索から得られた 84 分子を含む分子グループを用いています。Opt+Freq 計算を 1 回設定し、それをグループ中のすべての分子に適用します。分子グループ全体を保存する際に、分子ごとに別々の Gaussian ジョブファイルを作成しています。

GMMX 配座探索

※ 別途GMMX モジュールが必要です。ご使用中のGaussian、GaussViewのアップグレードが必要になる場合があります。価格は弊社営業部までお問い合わせください。

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GaussView 6 では、GMMX アドオンモジュールを用いたチャレンジングな配座探索が可能です。以下に示す探索手法のうち、どちらかひとつまたは両方を用いた探索の設定ができます。

カーテシアン探索手法 (Cartesian Search Method) では、3 次元の X、Y、Z の各次元においてランダムな距離で重原子それぞれが移動します。これは、局所最小点に関して配座空間を探索する目的に適しています。
結合探索手法 (Bonds Search Method) では、選択した結合をランダムに回転させます。この方法は、通常、分子の配座に大きな変化を与え、局所最小点の間を飛び越えて配座探索する場合に効果的です。
環状の分子系に対しては、結合探索手法 (Bonds Search Method) の中の Still による Ringmaker ストラテジーがあります。これは、環状構造のひとつの結合を切断し、残っている結合を回転、そして、再度環状に閉じようと試みます。再環状化された環構造の結合長や結合角が合理的でない場合、その配座は破棄され、新しい試みへと進みます。この方法は、8 またはそれ以上のサイズのフレキシブルな環状構造において非常に有効です。

GMMX が完了すると、すべての配座が一覧表示され、それらが単一の分子グループとして開きます。さらに、一連のコンフォメーションについてエネルギーのプロットも表示します。

SC ジョブマネージャー

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SC ジョブマネージャーは、GaussView 6 の中にビルドされたローカルコンピューターに対するキューイングシステムです。追加の操作なしに、ジョブが設定され、キューに追加され、そして自動的に実行されます。

ここでは 3 つの独立なキューがあり、3 つのキューはそれぞれ同時実行するジョブの数を指定するためにカスタマイズできます。ジョブのステータスは SC ジョブマネージャーの「実行中ジョブ (Running Jobs) 」「計算終了ジョブ (Finished Jobs) 」のタブを通して見ることができます。SC ジョブマネージャーでは、その他の詳細な設定と共に、ジョブのタイプや特定のデフォルトキューの編集も可能です。

対称性の操作

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GaussView の point-group symmetry (点群対称性) の機能は、現在の分子の対称性をより高い対称性へと上げることができます。分子は特定の点群に拘束が可能で、その後の構造に対するすべての変更でその対称性が保持されます。

GaussView 6 では、作業中の分子の対称性をより低い対称性へと下げることも可能です。分子の対称性の保存は Jahn-Teller 歪みを含むような計算の設定について役立ちます。下図は、現在の点群 (Current point group) を D3h からD3 へ変更しています。

ブラシ選択ツール

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GaussView 6 には、分子中の原子を選択するために、3 つの異なるツールが備わっています。最新の GaussView 6 では新たにブラシツール (brush tool) が追加されました。このツールは、ひとつずつ原子を選択していては効率が悪く、かといってもうひとつの大雑把なバルク選択ツールでは選択できないような、非常に多数の原子からなる複雑なクラスター分子などで原子を選択するときに、素早く原子を選択するのに役立ちます。

新しいジョブ設定の機能

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GaussView 6 の Gaussian Calculation Setup ダイアログには、多数の新しい機能があります。下記にいくつかを示します。

Gaussian Calculation Setup ダイアログの「Job Preview」パネルでは、作成したインプットファイルの内容を確認することが可能です。
チェックポイントファイルからのデータの回収や %Oldchk の指定が可能です。
ジョブの最大ディスク使用容量を指定できます。
分極率や ORD の予測を含む新しいジョブタイプが追加されました。
Population 解析を指定するためのパネルが拡張されました。
新しい Gaussian 16 の機能がサポートされています。例えば、非調和の赤外 (IR) 吸収スペクトル、振動円二色性 (VCD）スペクトル、ラマン光学活性 (ROA) スペクトルの計算です。
Default.Route ファイルの内容を表示します。