Gaussian 結果の可視化

非調和振動解析
PCM 溶媒の空孔 (Cavity)
ORD
振電スペクトル
拡張した計算結果の概要表示 (Summary)
動画の保存
プロットの結合

非調和振動解析

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GaussView 6 では、赤外 (IR) 吸収スペクトルや、ラマン (Raman) 分光スペクトル、振動円二色性 (VCD) スペクトル、ラマン光学活性 (ROA) スペクトルのための、調和および非調和両方の振動解析の結果の表示が可能です。予測された非調和振動ピークとその強度は、調和振動のピークと強度と一緒に表示されます。倍音や結合音バンドもこれに含まれます。

複数のスペクトルを、グラフ上に別々または同時に描画することも可能です。例えば下図では、グラフの左側には調和振動による VCD スペクトル、中間には非調和振動による VCD スペクトル、そして右側に両方のスペクトルの結合したものをプロットしています。

PCM 溶媒の空孔 (Cavity)

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GaussView 6 では、SCRF 計算に用いた溶媒中の空孔 (cavity) の表示が可能です。ソリッド表面やメッシュ表面、点の集合として表示できます。空孔の表示はカスタマイズが可能です。例えば、下図の空孔表面は分子を構成する原子によって色付けされています。表面は、ソリッドの透明度 (Solid Opacity) を減少させることで透き通った表示にできます。溶媒中の空孔形状を確認しやすいように、裏側は間引きされています (Cull Backside オプション) 。

ORD

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GaussView 6 では、ORD (Optical Rotary Displacement) 計算結果を旋光分散としてプロットが可能です。分子グループ中のすべての分子の ORD の結果を、単一のプロット上に描画することができます。下図のプロットは、5 つの分子について特定の入射周波数に関するORD 結果をプロットしています。プロット点は特定の波長における予測された比旋光度 (specific rotation) を示します。

振電スペクトル

GaussView 6 では、振電スペクトルやDuschinky マトリックスといった、振電解析結果の表示が可能です。例えば、下図は 1 光子吸収スペクトルの結果です。報告された遷移 (青線) 、それに対応するスペクトル (赤曲線) 、そして、最終的なスペクトル (黒曲線) が示されています。

下図の Duschinsky マトリックスは各組の初期状態と最終状態の間の重なりを、白 (重なり0 %) からべた塗り (重なり100 %) のスケールのカラートーンによる影で示します。例えば、40 近傍に初期状態と最終状態の 40 ～ 60 % の重なりの領域が確認できます。

拡張した計算結果の概要表示 (Summary)

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GaussView 6 は、豊富な計算結果概要を提供します。

「Overview」タブは、計算結果から重要な情報を表示します。新たに溶媒モデルおよび分極率を表示する項目を含みます。
「Thermo」タブは振動数計算 (Frequency ジョブ) においてアクティブになり、計算によって予測されたさまざまな熱化学的物理量を一覧表示します。
「Opt」タブは、最適化計算 (Optimization ジョブ) においてアクティブになり、現在の最適化ステップにおける、力の定数の最大値 (Maximum Force) および RMS (RMS force) 、変位の最大値 (Maximum Displacement) および RMS (RMS Displacement) などの収束に至るまでの進捗情報を表示します。予測されたエネルギー変化も含まれています。

動画の保存

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GaussView 6 では、分子グループのマルチビューによるアニメーションや基準振動モードのアニメーションを MP4 動画ファイルとして保存できます。基準振動モードのアニメーションを保存する際、シーケンスを何回繰り返すか、前と後のどちら向きに再生するかを指定し、アニメーションのスピードや滑らかさを調整することが可能です。振動のアニメーションでは、変位ベクトルや双極子の微分単位べクトルの表示と同様に変位の大きさを変更するオプションも用意されています。

プロットの結合

GaussView 6 では、複数の情報源からのデータを結合したプロットを描画することが可能です。カスタマイズオプションにより次のことができます。

表示される線種を、曲線 (curve) や柱上の線 (stick) 、またはこれらの組み合わせへ変更します。
曲線 (curve) や柱上の線 (stick) の太さや色といった特性を指定します。
結合した線をプロットし、その外観形状を指定します。
データセットの要素に Boltzmann 平均などの重みを割り当てます。

例えば、下図の VCD プロットは Boltzmann 因子の重みづけにより結合されたスペクトル (緑点線) と一緒に、4 つの配座それぞれのスペクトルを示しています。結合されたスペクトルは、配座1 (conformation 1) に支配されていることが確認できます。