GaussView 6 主な機能

GaussView 6 の 新機能は赤色 で、拡張された機能は青色 で示します。

 

分子構造の操作・調査

• マウス操作、もしくは、的確な位置指定のためのポジショニングツールバーによる、3次元構造の回転・移動・拡大
• 構造パラメータの各種数値情報の表示
• 複数の分子を同期させたビュー (Synchronize) や同一構造の独立したビューの利用
• 複数分子を個別の操作や、集合体としての操作
• ワイヤフレーム、チューブ、ボール＆スティック、空間充填 (CPK) といった分子の表示形式
• 元素記号、シリアル番号、NMR 遮蔽定数 (可能な場合) の各原子へのラベル表示
• フォグ効果による奥行き表示
• 立体化学情報の表示
• 豊富な選択機能による原子のハイライト表示や表示・非表示の切り替え (オプションにより、ハイライト表示保持も可能)

 

分子構造の構築 / 修正

• 各種原子 (混成情報含む) 、官能基、リング構造、各種アミノ酸 (中心フラグメント、アミノ末端 (N末端) 、カルボニル末端 (C 末端) ) 、各種ヌクレオシド (中心フラグメント、 C3’末端、 C5’末端、 遊離型 (free form) ) のための便利なパレット
• カスタムフラグメントライブラリー
• 標準的な分子ファイルフォーマットの読み込み
  • PDB形式 (AMBERで構築したPDB形式も含む) 。PDB ファイル読み込み時に、水分子の削除の選択や、標準的な残基の結合様式の適用のオプション。
  • Gaussianインプットファイル (.gjfおよび.com) 、Gaussianアウトプットファイル (.log) 、チェックポイントファイル (.chk および .fchk) 、cube ファイル (.cub) 、frequency ファイル (.gfrq)
  • Sybyl ファイル形式 (.mol2および .ml2) 。mol2ファイル読込み時に、ローンペア電子を含めるか変換するかのオプション。
  • MDL ファイル形式 (.mol、.rxn および.sdf)
  • Crystallographic Information ファイル形式 (.cif)
• 分子全体や選択残基または二次構造への、自動的もしくは手動による正確な水素付加
• 各種オプションの修正および保持を可能とする高度なオープン (Open) ダイアログ
  • 中間構造の読込み
  • chekcpointファイル読込み時に、formatted checkpointファイルの自動保存、Bond Table情報の利用、弱い結合の表示をするか否かの選択
  • 複数ジョブを含むログファイルにおいて、読込む結果をコントロール
  • 複数ジョブを含むインプットファイルにおいて、読込む結果をコントロール
  • PDBファイル設定
  • Sybyl Mol2 ファイル設定
• 結合タイプや距離、結合角、二面角の変更
• 高度なクリーン機能による合理的な構造
• 要求に応じた結合様式の再計算
• 特定の点群対称性の保持、指定したサブグループの対称性を落とすことが可能
• 構造の鏡像反転
• 選択した原子ついて構造の反転
• 選択した原子群の重心点への原子やフラグメントの追加
• 原子群のグループ名称の定義方法
  • クリック選択、長方形選択、ブラシ選択モード (カスタマイズ可能)
  • 原子タイプ、原子番号、MM設定、ONION レイヤーを組み合わせた複雑な選択
  • PDB ファイルの残基や二次構造 (例えば、ヘリックス構造や鎖構造) による選択
  • 結合または近接条件による選択拡張
  • 表示する目的や Gaussian インプットファイルへのグループの利用
• 非標準的な同位体の指定
• フラグメント配置動作のカスタマイズ
• 表示される結合タイプを決定する各種原子間の結合距離を指定

 

特定ジョブタイプの設定機能

マウスやスプレッドシートによる簡単な操作による複雑な計算のインプットを設定

• ポリマー、2次元表面、結晶構造のユニットセル構築 (周期境界座標)
  • 指定した空間対称性の保持
• ONIOM レイヤー原子の割り当て方法
  • 直接選択
  • 指定原子に近接した結合
  • 指定原子からの絶対距離
  • PDB ファイルの残基、二次構造
  • 複雑な選択基準
• MM 計算用の原子タイプおよび電荷の表示および定義
• redundant 内部座標の追加および再定義
• 構造最適化計算時の固定原子および固定座標の指定
• QST2 および QST3 遷移状態構造最適化計算時における等価な原子の特定
• CASSCF などに利用する軌道の選択、再配置や再占有といった MO の操作
• Guess=Fragment 計算や Counterpoise 計算に利用するフラグメント定義
  • フラグメント単位での電荷やスピン多重度の割り当て
• インプットファイルの分子指定セクションへの PDB データの取り込み
• 振動計算に利用する基準振動モードの選択
• NMR スピン-スピンカップリングの原子を指定
• GMMXアドオンを用いた配座の探索
• 別売の AMPAC とのインターフェイスを介した統合
• 既存のチェックポイントファイルからデータを回収するジョブの設定
• 最新のGaussian 16 機能のサポート

 

Gaussian計算の準備と実行

• 簡単なメニュー形式のインターフェイスを利用したインプットファイルの作成
  • 関連オプションの自動表示機能を含むポップアップメニューからのジョブタイプ、計算手法、基底関数の選択
  • 全ての Gaussian 16 機能のサポート
  • 頻繁に利用される一般的なオプション (例えば、SCF＝QC) への便利な設定
  • 読み込んだファイルへの追加インプットセクションの保持
  • Gaussian へのジョブ投入前にインプットファイルをプレビュー
• Ampacインプットファイル、Gaussianインプットファイル、MDL Molファイル、MDL SDFファイル、GMMXインプットファイル、Sybyl Mol2ファイルといった異なるファイル形式へ変換
• 溶媒中の計算のための溶媒分子やその他のパラメータの選択
• Link 0 コマンドの設定
  • マルチプロセッサおよびクラスターやネットワーク並列計算の設定
  • Link0ファイルに対する拡張されたコントロール
• テンプレートからジョブ設定をするための計算スキーム (Calculation scheme) の利用
• シングルクリックによる Gaussian ジョブの実行 (Quick launch)
• インプットファイルの分子指定セクションの自動生成
  • 任意で結合情報を付加情報セクションへ自動生成
• ローカルマシンでの Gaussian やユーティリティのプロセスのモニタリングおよび制御
• 検索可能なテキストウィンドウ上でのログファイルの逐次表示
• カスタマイズ可能なスクリプトによるリモート計算の起動
• ジョブの生成 (特別な入力の自動化)
  • ポリマーや結晶構造などの周期境界構造のための PBC 並進ベクトル
  • 軌道の交換
  • QST2 や QST3 による遷移状態探索のための複数の分子指定セクション
  • Guess=Fragment や Counterpoise におけるフラグメントごとの電荷およびスピン多重度
• ワンステップで複数のジョブファイルを設定
• 追加の操作なしに、ジョブのリストを実行するための統合されたキューイングツール

 

Gaussian 計算結果の表示

• 計算結果概要の表示。予測された熱力学的物理量を表示する Thermo タブ、最適化ステップ情報を表示する Optタブの追加。
• 開いている分子の情報を表形式で表示 (編集可能) 。計算結果の表を作成するために利用可能。
• 原子電荷の確認 (数値表示、色分けによる原子電荷表示) 、双極子モーメントのベクトル表示
• Gaussian計算による原子プロパティ、結合長、結合次数の可視化
• 複数ジョブのGaussianインプットやアウトプットファイルから一部またはすべての結果を開く
• 分子軌道、電子密度、静電ポテンシャル、スピン電子密度、NMR遮蔽電子密度などの表面および等高線図の作成
  • ソリッド、半透明、ワイヤーメッシュの3次元表示形式と、2次元の等高線
  • 各物性による表面の色付け
  • 目的の等高面の指定
  • Gaussian により生成された cubeファイルの読み込み
  • 再利用のための計算済み cube ファイルの保存
  • cubeファイルの操作 (例えば、差電子密度を求めるための引き算)
• SCRF計算で用いた溶媒中の空孔 (cavity) を表示
• 分子数によらずあるグループにおける ORD (Optical Rotary Displacement) 計算の結果をプロット
• 振動数と関連する基準振動モードのアニメーション
  • 変位ベクトル、双極子導関数の単位ベクトルの表示
  • 基準振動モードに沿って特定の距離に構造を移動
  • 一部の振動モードを選択して表示
  • 作成した基準振動モードのチェックポイントファイルへの保存
  • 振動解析や基準振動モード における同位体置換
  • 振動数を任意の値でスケール
  • 繰り返し、フレーム切り替えの時間、繰り返しにつき表示されるフレーム指定のオプション
• 赤外 (IR) 吸収スペクトル、 ラマン (Raman) 分光スペクトル、 NMRスペクトル、振動円二色性 (VCD) スペクトル、ラマン光学活性 (ROA) スペクトル、紫外可視 (UV-Visible) 吸収スペクトル、 調和および非調和振動スペクトル などのスペクトル表示
• 振動数に依存する計算における入射光の周波数の指定
• NMR 計算結果
  • NMR 化学シフトの絶対値表示、もしくは、参照化合物に対する相対値表示
  • NMR 計算結果をテキストとして出力
• 構造最適化、IRC 反応経路、ポテンシャルエネルギー表面の探索、BOMD および ADMP 計算のトラジェクトリー について一連の構造をアニメーション表示
  • 一度の再生もしくはループ再生
  • 逆再生
  • 関連データのプロットの作成
• 2変数のスキャン計算結果の 3次元表面プロット表示
• プロットやスペクトルのカスタマイズ
  • ズーミング、スケーリング、反転など
  • プロットへの分子物性の追加
  • 線や棒の特性の指定、線形結合した線のプロットやその形状の指定、データの構成成分に重みの割り当て (Boltzmann分布による平均化) を行うためのミクスチャーエディタ (Mixture Editor)
  • 線の色、キャンバスや背景の色、タイトル、xおよびy軸設定などといった高度なプロット可視化のカスタマイズ
• カスタマイズしたものも含む、全てのイメージ画像のファイルへの保存
  • JPEG や PNG形式などの Web グラフィックスの作成
  • TIFF、JPEG、ベクトル画像である EPS形式などの出版物品質のグラフィックファイルやプリントアウトの作成
  • 任意の大きさや解像度での画像生成
  • フルカラー、もしくは高品質なグレースケール形式の選択
  • カスタムカラーや背景の指定
• プロットをイメージやテキストデータとして保存
• GIF、MNG、MPEG4 形式でのアニメーションの保存や各フレームでの保存
• 動画のフレームの配列や時間のコントロール機能の拡張

 

GaussView のカスタマイズ

GaussView 機能の大部分のプレファレンス設定/保存

• 個別にツールバーの構成をコントロール
• 元素別の色や分子ウィンドウの背景色 、表面や透過性の色
• 原子やフラグメントの結合、必要に応じて水素の付加、自動的にすべてまたは一部にクリーン機能の実行、などの分子構築操作
• Gaussian 16 計算の設定
• Gaussian ジョブの実行方法
• 表示モード
• ウィンドウの配置や表示・非表示の切り替え
• アイコンの大きさ
• ファイルやディレクトリ (フォルダ) の場所
• 画像のキャプチャや印刷のデフォルト
• アニメーションの設定や動画のデフォルト
• クリーン機能の変数
• 電荷分布の表示のデフォルト
• 任意の結合パラメータのデフォルト
• GaussView のヒント
• Windows OS でファイル拡張子の関連付け
• 独立のダイアログに統合されたヘルプファイル

 

関連情報

• GussView 6 Features at a Glance