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CodonCode Aligner 活用事例

新型コロナウイルスの分析プロセスで CodonCode Aligner を使った論文の例

  • Emergence of two distinct variants of SARS-CoV-2 and an explosive second wave of COVID-19: the experience of a tertiary care hospital in Pune, India / 9 Jan, 2022, / By Shubham Shrivastava et al. / Archives of Virology
    (SARS-CoV-2 の 2 つの異なる亜種の出現と COVID-19 の爆発的な第 2 波:インド、プネの 3 次医療病院での経験から)
    詳細は こちら(SpringerLink のサイトへ) をご覧ください。

  • A Sanger-based approach for scaling up screening of SARS-CoV-2 variants of interest and concern / 25 Mar, 2021, / By Matheus Filgueira Bezerra et al. / The Oswaldo Cruz Foundation (Fiocruz)
    (懸念される SARS-CoV-2 変異体のスクリーニングを拡大するための Sanger ベースのアプローチ)
    詳細は こちら(Fiocruz のサイトへ) をご覧ください。

  • A Half-Day Genome Sequencing Protocol for Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus / 19 Feb, 2021, / By Kwan Woo Kim et al. / Frontiers in Microbiology (Frontiers Media S.A.)
    (中東呼吸器症候群コロナウイルスの半日ゲノム・シーケンシング・プロトコル)
    詳細は こちら(Frontiers in Microbiology のサイトへ) をご覧ください。

  • Maturation and persistence of the anti-SARS-CoV-2 memory B cell response / 2 Feb, 2021, / By Aurélien Sokal et al. / National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine
    (抗 SARS-CoV-2 メモリー B 細胞反応の成熟と持続性)
    詳細は こちら(NCBI のサイトへ) をご覧ください。

 

  • 微生物のシークエンシングでロックアートの年代を特定
    Jack Pettigrew 教授と彼の研究グループは、オーストラリアの古代のロックアートの年代特定のために CodonCode Aligner を使用しています。最近の発見では Bradshaw ロックアートは、岩絵と密接に結合するさまざまな微生物を含むバイオフィルムで覆われていることがわかりました。彼らは、これらの微生物が持つ進化情報を使って、岩絵の年代を特定したいと考えています。

  • パキスタンで昆虫種をバーコード化
    パキスタンの国立バイオテクノロジー遺伝子工学研究所(the National Institute for Biotechnology and Genetic Engineering)と、カナダ・オンタリオ州生物多様性研究所(the Biodiversity Institute of Ontario)の共同プロジェクトである、パキスタンの経済的に重要な昆虫種のバーコードシーケンス・データの分析における CodonCode Aligner の使用例です。

  • オオミチバシリの保全遺伝学研究
    このユーザー事例では、オオミチバシリ(学名 Geococcyx californianus)の個体数と保全遺伝学に関して、オオミチバシリの遺伝的変異と遺伝子流動の評価に、ミトコンドリアと核マーカーをどのように使用しているかをご紹介します。

  • アルダブラ環礁の landbirds の分類と保護
    ユネスコ世界遺産であるアルダブラ環礁では、固有の landbird 2種 (アルダブラベニノジコ と アルダブラクイナ) の分類学的地位と、外来種のベニノジコと固有種のアルダブラベニノジコの交配による影響を研究するために、CodonCode Aligner が使用されています。

  • ヨーロッパアワノメイガ(ECB)の進化と種分化
    ヨーロッパアワノメイガ (ECB) の進化、種分化と突然変異のさまざまな側面における研究事例です。ECB の休眠後の発育と個体群間の遺伝子流動との関係や、時間的隔離と遺伝子座との関連性にも注目した研究です。

  • 電気ナイフフィッシュの反復要素
    このユーザー事例では、CodonCode Aligner を使って、電気ナイフフィッシュ Eigenmannia の反復 DNA 要素の動態、保全、分散と進化について考察しています。