HOME > ソフトウェアパッケージ > 化学/計算化学 > CodonCode Aligner > 製品概要
新規購入お見積
アップグレードお見積
CodonCode Aligner
製品概要
製品概要 新しい機能

CodonCode Aligner 機能一覧

インポート/エクスポート

  • ABI、AB1、SCFフォーマットのシーケンス・クロマトグラフのインポートや、FASTA、FASTQ、Sam、GenBank、EMBLフォーマットのテキストファイルのインポートが可能です
  • サンプルのサブセットのインポートが可能です(例:n番目ごとのサンプル、プロジェクト内の選択したシーケンスに一致するサンプルのみ、等)
  • 新しいテキスト・シーケンスを作成し、アクセッション番号によってGenBankからインポートが可能です
  • シーケンス、コンセンサスシーケンス、アラインメント、プロテイントランスレーションを、SCF、FASTA、FASTQ、NEXUS/PAUP、Phylip にエクスポートできます

 

シーケンス編集とトリミング

  • シーケンスとコンティグのマニュアルでの編集が可能です。サンプルやコンティグエンドの削除、コンティグ分割を含みます
  • 自動化された編集ツール: 曖昧さの呼び出しと削除、コンセンサスの一致、低品質の塩基をNに変換、自動編集のアンドゥが可能です
  • ツールバーボタンやキーボードショートカットを使った素早い操作。ユーザーが興味のある領域を定義可能です
  • 低品質のシーケンスを削除するためのエンドクリップが可能で、ベクトルコンタミネーションを削除できます

 

シーケンスアセンブリ

  • ローカル、エンド・トゥ・エンド、ラージギャップ(cDNA to Genomic)アルゴリズムを使ったフラグメントのアセンブルが可能です
  • 性格で、品質ベースのコンセンサスシーケンスはマニュアルでの編集の必要性を最小限にします
  • 多数のクローンや標本に対して、別々のコンティグを作るために名前でアセンブル可能です
  • Phrapでアセンブル可能です

 

シーケンスアラインメント

  • リファレンスシーケンスにアラインメントします。cDNAをGenomic DNAにアラインメントします
  • 「コンティグのコンティグ」を構築します。コンティグをMUSCLEやClustalで互いにアラインメントします
  • ダブルクリックでコンティグのアラインメントからオリジナルのトレースに移動できます
  • データの一貫性を維持しながら、シーケンストレース、コンティグ表示、コンティグのアラインメントを編集できます

 

シーケンストランスレーション

  • すべてのシーケンスに対するプロテイントランスレーションを表示します
  • アミノ酸と塩基の表示を行き来することができます
  • トランスレーションベースの背景色を表示することができます
  • 注釈つきのコーディング領域に、コンセンサスシーケンスのプロテイントランスレーションを表示できます

 

制限マッピング

  • 制限酵素の任意の組み合わせを使った制限マッピングを構築できます
  • 生成者の認識サイトの大きさ、オーバーハング、カットフリクエンシーによって選択できます
  • シングルラインマップ、マルチラインマップとして、またはテキストとして表示できます
  • コピー時に制限マップ上をクリックすることで制限フラグメントを選択できます

 

系統樹

  • コンティグに対して近接結合(Neighbor-Joining)樹を作成できます
  • 特定の領域の差によってサンプルをソートするためだけに、選択した塩基に対してツリー(樹)を作成できます
  • ツリーによってコンティグを分割できます

 

突然変異の検出と分析

  • シーケンストレースにおいて二次ピークを呼び出します
  • アセンブルされた、またはアラインメントされたコンティグ内のヘテロ接合SNPの高感度検出が可能です
  • 突然変異のアミノ酸レベルの影響を表示、エクスポートできます
  • ヘテロ結合の挿入と削除の正確で高角度の検出が可能です
  • ヘテロ結合インデルを、より短い/より長い疑似対立遺伝子(pseudoallele)に分割できます
  • 突然変異した対立遺伝子を明らかにするためにワイルドタイプトレースを除きます

 

差分表

  • 差分表を使うことでコンティグ内の差を特定できます
  • コンティグ内の差分を探すために、差分表内のセルをクリックすることで差を確認することができます
  • 差分表の簡略版を見ることで、すべての差分の概要を把握できます
  • フィルタを使って興味のある部分の差分だけを見ることができます
  • 差分をエクスポートすることができます

 

カスタマイズ

  • ヌクレオチド、シーケンス品質、アミノ酸によって塩基を色付けすることができます
  • コンセンサスシーケンスに一致する塩基を隠すことができます
  • ツールバーのボタンとボタンのスタイルを選択することができます
  • 詳細なプリファレンス画面で細かな設定をすることができます
  • プリファレンスファイルをロック、保存、読み込みすることができます
  • 繰り返しの作業を自動化するスクリプトを使うことができます

上記は機能の一部です。何ができるかはデモ版をダウンロードして、お持ちのデータを使ってお試しください。