CodonCode Aligner 機能一覧

インポート／エクスポート

• ABI、AB1、SCF フォーマットのシーケンスクロマトグラフのインポート。FASTA、FASTQ、Sam、GenBank、EMBL フォーマットのテキストファイルのインポート
• サンプルのサブセットのインポート (例：n 番目ごとのサンプル、プロジェクト内の選択したシーケンスに一致するサンプルのみ等)
• 新しいテキストシーケンスを作成し、アクセッション番号によって GenBank からインポート
• シーケンス、コンセンサスシーケンス、アラインメント、プロテイントランスレーションを SCF、FASTA、FASTQ、NEXUS/PAUP、Phylip にエクスポート

シーケンス編集とトリミング

• シーケンスとコンティグのマニュアル編集：サンプルやコンティグエンドの削除、コンティグ分割など
• 自動化された編集ツール： 曖昧さの呼び出しと削除、コンセンサスの一致、低品質の塩基を N に変換、自動編集のアンドゥ
• ツールバーボタンやキーボードショートカットを使った素早い操作：ユーザーが興味のある領域を定義可能
• 低品質のシーケンスを削除するためのエンドクリップ：ベクトルコンタミネーションを削除

シーケンスアセンブリ

• ローカル、エンド・トゥ・エンド、ラージギャップ (cDNA to Genomic) アルゴリズムを使ったフラグメントのアセンブル
• 正確で、品質ベースのコンセンサスシーケンスがマニュアル編集の必要性を最小化
• 名前でアセンブルし、多数のクローンや標本に対して別々のコンティグを作成
• Phrap でアセンブル

シーケンスアラインメント

• リファレンスシーケンスへのアラインメント：cDNA を Genomic DNA にアラインメント
• Bowtie2 アライメントを作成し、ペアエンド読み取りを表示
• 「コンティグのコンティグ」を構築：コンティグを MUSCLE や Clustal で相互にアラインメント
• ダブルクリックでコンティグのアラインメントからオリジナルのトレースに移動
• データの一貫性を維持しながら、シーケンストレース、コンティグ表示、コンティグのアラインメントを編集可能

シーケンストランスレーション

• すべてのシーケンスに対するプロテイントランスレーションを表示
• アミノ酸と塩基の表示を切り替え可能
• トランスレーションベースの背景色を表示
• 注釈つきのコーディング領域に、コンセンサスシーケンスのプロテイントランスレーションを表示

バーチャルクローニング

• 制限クローニング操作のシミュレーション、ベクターとインサートにマッチするオーバーハングを簡単に検出可能
• 最大 15 フラグメントのバーチャルギブソンアセンブリ
• 平滑末端 PCR および TOPO クローニング
• 指向性 TOPO クローニング
• TA クローニング
• クローニングプライマーを自動的に選択
• 手動でプライマーを編集して、スペーサー等を挿入またはリーディングフレームを調整
• 実験中にプライマーを直接エクスポート
• リーディングフレームによるクローンの検証

制限マッピング

• 制限酵素の任意の組み合わせを使った制限マッピングを構築
• 生成者の認識サイトの大きさ、オーバーハング、カットフリクエンシーによって選択
• シングルラインマップ、マルチラインマップ、テキスト、または仮想ゲルとして表示
• コピー時に制限マップ上をクリックして制限フラグメントを選択

RFLP 分析

• 異なるゲルレーンを生成する制限酵素を自動的に識別
• コンティグ内のサンプルのカットサイトを比較
• 予想される仮想ゲル、各酵素のフラグメントの長さ、または切断されたサイトの位置合わせされたサンプルを表示/印刷

プライマー設計

• PCR およびシーケンシングプライマーの設計
• クローニングのため固定位置に PCR プライマーを作成
• 認識しやすいように、テンプレートシーケンスでプライマーを強調表示
• プライマーごとに、詳細なプライマー情報とともにプロジェクトにインポート可能
• プライマーを順番どおりにエクスポート

系統樹

• コンティグに対して近接結合 (Neighbor-Joining) 樹を作成
• 選択した塩基に対してツリー (樹) を作成し、特定の領域の差によってのみサンプルをソート
• ツリーによってコンティグを分割

突然変異の検出と分析

• シーケンストレースにおいて二次ピークを呼び出し
• アセンブルまたはアラインメントされたコンティグ内のヘテロ接合 SNP の高感度検出
• 突然変異のアミノ酸レベルの影響を表示／エクスポート
• ヘテロ結合の挿入と削除を正確かつ高角度で検出
• ヘテロ結合インデルを、より短い／より長い疑似対立遺伝子 (pseudoallele) に分割
• ワイルドタイプトレースを除去して、突然変異した対立遺伝子を明示

差分表

• 差分表を使ってコンティグ内の差を特定
• 差分表内のセルをクリックして差を確認し、コンティグ内の差分をナビゲート
• 差分表の簡略版で、すべての差分の概要を把握
• フィルタを使って興味のある部分の差分だけを参照可能
• 差分をエクスポート

カスタマイズ

• ヌクレオチド、シーケンス品質、アミノ酸によって塩基を色付け
• コンセンサスシーケンスに一致する塩基を非表示化
• ツールバーのボタンとボタンのスタイルを選択可能
• プリファレンス画面で詳細設定が可能
• プリファレンスファイルをロック、保存、読み込み
• スクリプトを使って、繰り返しの作業を自動化

メチル化分析

• 亜硫酸水素塩修飾後のシトシン、PCR、ABI データからのキャピラリーシーケンスのメチル化の分析
• 「生の」ABI トレースデータの表示
• メチル化分析では生のトレースデータを使用するため、トレースの「正規化」によるアーティファクトを回避
• 個々のシーケンスのメチル化結果と、コンティグ塩基の観測範囲を取得