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CodonCode Aligner
DNA 配列のアセンブリとアラインメント

DNA 配列のアセンブリとアラインメント

★ バージョン 8.0 リリースしました。新しい機能はこちらをご覧下さい。(18/03/13 )

CodonCode Aligner は、DNA バーコーディング、シーケンスのアセンブリやコンティグの編集、突然変異の検出に役立つ Windows および Mac OS X 用プログラムです。Aligner は、以下のスクリーンショットに示すような親しみやすく、分かり易いユーザーインターフェースを備えていながら、Phred-Phrap と互換性のあるシーケンスのクオリティスコアをフルサポートする能力を備えています。

トレースビューと制限マップ
コンティグのオーバービュー
ツリーを使ったアラインメント例

 

CodonCode Aligner を使ってできること

  • テキストファイルからのシーケンスの読み込み。
  • End Clip 機能 (低品質のシーケンス末端を切り取る機能)。
  • コンティグのアセンブル。
  • 各コンティグのトレースへのリンクは維持しながら整列。
  • ヘテロ接合型突然変異の検索。
  • 関心領域 (features) の定義。例えば、低品質のコンセンサス領域など。
  • Phrap で作成されたアセンブリの読み込みと編集
  • シーケンスと特徴 (features) の出力
  • ABI および SCF ファイルからのシーケンスの読み込み
  • ベクターのトリミング。
  • 参照シーケンスへの整列
  • サンプル名に基づくグループ単位のアセンブルや整列
  • ヘテロ接合性の挿入 (insertions) と欠失 (deletions) の分析。
  • ユーザー定義した特徴 (features) 間のナビゲーション機能。
  • Aligner プロジェクトから直接 Phred および Phrap を実行可能。
  • Consed 互換アセンブリプロジェクトの書き出し。

CodonCode Aligner を使えば、難しいコマンドライン・オプションや Perl プログラミングを学ばなくても、ベース・コーリング (塩基判定) やシーケンス・アセンブリのための最新アルゴリズムをフルに活用することができます。

関心を持たれましたか？ダウンロードページに 進んで、CodonCode Aligner のデモ版をダウンロードしてください。デモ版ではトレースのビューアーとエディタのすべての機能をご利用いただけます。はじめてのユーザーの方は、30日 の使用期限付きで CodonCode Aligner 全ての機能をお試しいただけます。

デモ版をダウンロードしたら、Aligner の最も重要な機能に慣れ親しんでいただくためにクイックツアーをご覧いただくことをお勧めします。