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DNA 配列のアセンブリとアラインメント

バージョン 10.0 リリースしました。新しい機能は こちら をご覧ください。(2021/12/17)

新型コロナウイルスの分析プロセスで CodonCode Aligner を使った論文の例。
  • Emergence of two distinct variants of SARS-CoV-2 and an explosive second wave of COVID-19: the experience of a tertiary care hospital in Pune, India / 9 Jan, 2022, / By Shubham Shrivastava et al. / Archives of Virology
    (SARS-CoV-2 の 2 つの異なる亜種の出現と COVID-19 の爆発的な第 2 波:インド、プネの 3 次医療病院での経験から)
    詳細は こちら(SpringerLink のサイトへ) をご覧ください。

  • A Sanger-based approach for scaling up screening of SARS-CoV-2 variants of interest and concern / 25 Mar, 2021, / By Matheus Filgueira Bezerra et al. / The Oswaldo Cruz Foundation (Fiocruz)
    (懸念される SARS-CoV-2 変異体のスクリーニングを拡大するための Sanger ベースのアプローチ)
    詳細は こちら(Fiocruz のサイトへ) をご覧ください。

  • A Half-Day Genome Sequencing Protocol for Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus / 19 Feb, 2021, / By Kwan Woo Kim et al. / Frontiers in Microbiology (Frontiers Media S.A.)
    (中東呼吸器症候群コロナウイルスの半日ゲノム・シーケンシング・プロトコル)
    詳細は こちら(Frontiers in Microbiology のサイトへ) をご覧ください。

  • Maturation and persistence of the anti-SARS-CoV-2 memory B cell response / 2 Feb, 2021, / By Aurélien Sokal et al. / National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine
    (抗 SARS-CoV-2 メモリー B 細胞反応の成熟と持続性)
    詳細は こちら(NCBI のサイトへ) をご覧ください。


CodonCode Aligner は、DNA バーコーディング、シーケンスのアセンブリやコンティグの編集、突然変異の検出に役立つ Windows および Mac OS X 用プログラムです。Aligner は、親しみやすく分かり易いユーザーインターフェースを備えながら、Phred-Phrap と互換性のあるシーケンスのクオリティスコアをフルサポートする能力も備えています。

コンティグのオーバービュー
ツリーを使ったアラインメント例
差分表
トレースビューと制限マップ
シーケンスマップとベースビュー

 

CodonCode Aligner を使ってできること

  • テキストファイルからのシーケンスの
    読込み
  • End Clip 機能 (低品質のシーケンス
    末端を切り取る機能)
  • コンティグのアセンブル
  • 各コンティグのトレースへのリンクは
    維持しながら整列
  • ヘテロ接合型突然変異の検索
  • プライマーの設計
  • 系統樹と制限地図の生成
  • シーケンスと特徴 (features) の出力
  • RFLP 分析用の酵素を検索し、仮想ゲル
    を作成
  • 制限クローニングステップの計画と
    可視化
  • 関心領域 (features) の定義:
    低品質のコンセンサス領域など
  • ABI ファイル、SCF ファイル、FASTQ
    ファイルからのシーケンスの読み込み
  • ベクターのトリミング
  • 参照シーケンスへの整列
  • サンプル名に基づくグループ単位の
    アセンブルや整列
  • ヘテロ接合性の挿入 (insertions) と欠失 (deletions) の分析
  • ユーザー定義した特徴 (features) 間の
    ナビゲーション機能
  • Aligner プロジェクトから直接 Phred および Phrap を実行可能
  • 差分表とタンパク質翻訳を参照
  • メチル化されたシーケンスを分析し、生の
    トレースデータを表示
  • 対立遺伝子を分離
  • 細菌ゲノムと小規模な NGS シーケンスプロジェクトの組み立て

CodonCode Aligner を使えば、難しいコマンドライン・オプションや Perl プログラミングを学ばなくても、ベース・コーリング (塩基判定) やシーケンス・アセンブリのための最新アルゴリズムをフルに活用することができます。