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CodonCode Aligner
DNA 配列のアセンブリとアラインメント

DNA 配列のアセンブリとアラインメント

バージョン 9.0 リリースしました。新しい機能はこちらをご覧下さい。(2019/10/05)

CodonCode Aligner は、DNA バーコーディング、シーケンスのアセンブリやコンティグの編集、突然変異の検出に役立つ Windows および Mac OS X 用プログラムです。Aligner は、親しみやすく分かり易いユーザーインターフェースを備えながら、Phred-Phrap と互換性のあるシーケンスのクオリティスコアをフルサポートする能力も備えています。

トレースビューと制限マップ
コンティグのオーバービュー
ツリーを使ったアラインメント例

 

CodonCode Aligner を使ってできること

  • テキストファイルからのシーケンスの読込み
  • End Clip 機能 (低品質のシーケンス末端を切り取る機能)
  • コンティグのアセンブル
  • 各コンティグのトレースへのリンクは維持しながら整列
  • ヘテロ接合型突然変異の検索
  • 関心領域 (features) の定義:低品質のコンセンサス領域など
  • 系統樹と制限地図の生成
  • シーケンスと特徴 (features) の出力
  • プライマーの設計
  • RFLP 分析用の酵素を検索し、仮想ゲルを作成
  • ABI ファイル、SCF ファイル、FASTQ ファイルからのシーケンスの読み込み
  • ベクターのトリミング
  • 参照シーケンスへの整列
  • サンプル名に基づくグループ単位のアセンブルや整列
  • ヘテロ接合性の挿入 (insertions) と欠失 (deletions) の分析
  • ユーザー定義した特徴 (features) 間のナビゲーション機能
  • Aligner プロジェクトから直接 Phred および Phrap を実行可能
  • 差分表とタンパク質翻訳を参照
  • 細菌ゲノムと小規模な NGS シーケンスプロジェクトの組み立て
  • メチル化されたシーケンスを分析し、生のトレースデータを表示

CodonCode Aligner を使えば、難しいコマンドライン・オプションや Perl プログラミングを学ばなくても、ベース・コーリング (塩基判定) やシーケンス・アセンブリのための最新アルゴリズムをフルに活用することができます。

 

関連情報

  • デモ版のダウンロード
    CodonCode Aligner に関心を持たれましたら、ダウンロードページよりデモ版をダウンロードしてください。デモ版ではトレースのビューアーとエディタのすべての機能をご利用いただけます。はじめてのユーザーの方は 30 日の使用期限付きで CodonCode Aligner 全ての機能をお試しいただけます。

  • クイックツアー
    デモ版をダウンロードしたら、Aligner の最も重要な機能に慣れ親しんでいただくために、クイックツアーをご覧いただくことをお勧めします。