チュートリアル 2：サイトのマーキング

1. GCK を起動し、construct#1 を開いて下さい。
   
   
2. 次に、ポリクローニング領域内にある制限酵素のサイトをマーキングします。3時の方向にある青い線で表示されたポリクローニングのセグメントをダブルクリックし、選択状態にします。
   
   
3. Construct｜Features｜Mark Sites... コマンドを選択します (図8 参照) 。
   

   図8 制限酵素サイトのマーキング設定

   
   ここでダイアログ上部にある商用酵素 (イソシゾマーを除く) のポップアップメニューを見て下さい。左側のエリアに酵素のリストが表示されていますので、Add All -> ボタンをクリックし、右側のマークする酵素リストに加えて下さい。
   
   
4. 中段左側のエリアで、酵素を切断する回数を 0 回以上、2 回以下に設定します。
   
   
5. 最後にダイアログ下部左にあるラジオボタンの 2つめを選択し、DNA の選択されたセグメント内だけ切断するように設定し、OK ボタンを押し、サイトをマーキングします。
   
   
6. ラベルは最初、図 9a のように表示されるでしょう。
   

   図9a マーキングしたサイトの表示

   
   サイトが込み入っていて、判別がしにくい状態です。サイトが選択状態にある間に、Format｜Site Markers｜Automatic Arrangement コマンドをクリックします。これで図 9b のように、サイトのマーカーが重なり合わないように修正されます。

   図9b マーキングしたサイトの表示

   
   
7. DNA のセグメントを選択したときと同じように、サイトのマーカーが選択状態にあると、Format メニューコマンドを使って表示を変更することができます。ここで、Shift キーを押しながら BamHI サイトをクリックすると、他のサイトは選択状態のまま、BamHI サイト のみの選択が解除されます。Format｜Site Markers｜Show Site As Symbol コマンドを選択すると、BamHI サイト以外がすべてシンボル表示に変ります。BamHI をクリックし Format ｜Style メニューの Bold を選択し、さらに Format｜Size メニューで 10Point を選択します。図9c のように変りました。

   図9c マーキングしたサイトの表示

   
   
8. BamHI サイトのマーカーが選択された状態で、Construct｜Get Info... コマンドまたは Command+I キー (Mac 版) ／CTRL+I キー(Windows 版)をクリックします。図10 に示すように、サイトの情報が表示されます。
   

   図10 サイトマーカーの情報ダイアログ

   
   必要ならば (あまり推奨できませんが) 酵素の名前を変更したり、コメントを付けることができます。水平スクロールバーのボックスは、シーケンスの中の実際の位置を表しています。赤の点線で囲まれた部分が、制限酵素のシーケンスで、2つの矢印が酵素の切断サイトを表しています。矢印をマウスでクリック＆ドラッグすることで、切断サイトを変更することができます。ここでは何の変更も加えず、Cancel ボタンを押してダイアログを閉じて下さい。
   
   
9. File｜Save As... コマンドをクリックし、ファイル名を construct#2 にして保存してください。