Gene Construction Kit マニュアル
更新日: 14/03/14

チュートリアル 2:サイトのマーキング

  1. GCK を起動し、construct#1 を開いて下さい。

  2. 次に、ポリクローニング領域内にある制限酵素のサイトをマーキングします。3時の方向にある青い線で表示されたポリクローニングのセグメントをダブルクリックし、選択状態にします。

  3. ConstructFeaturesMark Sites... コマンドを選択します (図8 参照) 。
    図8 制限酵素サイトのマーキング設定

    ここでダイアログ上部にある商用酵素 (イソシゾマーを除く) のポップアップメニューを見て下さい。左側のエリアに酵素のリストが表示されていますので、Add All -> ボタンをクリックし、右側のマークする酵素リストに加えて下さい。

  4. 中段左側のエリアで、酵素を切断する回数を 0 回以上、2 回以下に設定します。

  5. 最後にダイアログ下部左にあるラジオボタンの 2つめを選択し、DNA の選択されたセグメント内だけ切断するように設定し、OK ボタンを押し、サイトをマーキングします。

  6. ラベルは最初、図 9a のように表示されるでしょう。
    図9a マーキングしたサイトの表示

    サイトが込み入っていて、判別がしにくい状態です。サイトが選択状態にある間に、Format|Site MarkersAutomatic Arrangement コマンドをクリックします。これで図 9b のように、サイトのマーカーが重なり合わないように修正されます。
    図9b マーキングしたサイトの表示

  7. DNA のセグメントを選択したときと同じように、サイトのマーカーが選択状態にあると、Format メニューコマンドを使って表示を変更することができます。ここで、Shift キーを押しながら BamHI サイトをクリックすると、他のサイトは選択状態のまま、BamHI サイト のみの選択が解除されます。Format|Site Markers|Show Site As Symbol コマンドを選択すると、BamHI サイト以外がすべてシンボル表示に変ります。BamHI をクリックし Format |Style メニューの Bold を選択し、さらに Format|Size メニューで 10Point を選択します。図9c のように変りました。
    図9c マーキングしたサイトの表示

  8. BamHI サイトのマーカーが選択された状態で、Construct|Get Info... コマンドまたは Command+I キー (Mac 版) /CTRL+I キー(Windows 版)をクリックします。図10 に示すように、サイトの情報が表示されます。
    図10 サイトマーカーの情報ダイアログ

    必要ならば (あまり推奨できませんが) 酵素の名前を変更したり、コメントを付けることができます。水平スクロールバーのボックスは、シーケンスの中の実際の位置を表しています。赤の点線で囲まれた部分が、制限酵素のシーケンスで、2つの矢印が酵素の切断サイトを表しています。矢印をマウスでクリック&ドラッグすることで、切断サイトを変更することができます。ここでは何の変更も加えず、Cancel ボタンを押してダイアログを閉じて下さい。

  9. File|Save As... コマンドをクリックし、ファイル名を construct#2 にして保存してください。