GaussView 5 で追加された機能
GaussView 5 の新機能は赤色で、拡張された機能は青色で示します。
分子構造の操作・調査方法
- 同一構造の同期的、もしくは、独立的なマルチビュー
- 豊富な選択機能による原子のハイライト表示、表示/非表示
分子の構築/修正
- 標準的なファイルフォーマットの読み込み:
- PDB ファイル読み込み時、水分子を含める/削除する
- PDB ファイル読み込み時、標準的残基への結合追加（オプション）
- mol2 ファイル読み込み時、孤立電子対を含める/変換する
- 結合タイプ/距離、結合角、二面角の修正
- 選択した原子群の重心への原子/フラグメントの追加
- 原子群のグループ名称の定義方法:
- クリック選択や領域選択（カスタマイズ可能）
- PDB ファイルの残基 and/or 二次構造（例： 鎖構造）による選択
- 表示や Gaussian 入力ファイルへのグループの利用
- 非標準的な同位体の指定
特定ジョブタイプの設定機能
簡単なマウス/スプレッドシート操作による複雑な計算入力設定:
- ONIOM レイヤー原子の割り当て方法:
- MM 計算用の原子タイプおよび電荷の表示/定義
- 構造最適化計算時の固定原子/座標の定義
- Guess=Fragment 計算/Counterpoise 計算に利用するフラグメント定義
- 分子記述への PDB データの組み込み
- 振動計算に利用する基準振動モードの選択
- NMR スピン-スピンカップリングの原子を指定
Gaussian 計算の準備と実行
- 簡単なメニュー形式のインターフェイスを利用した入力ファイル作成:
- 全ての Link 0 コマンドの定義
- マルチプロセッサおよびクラスター/ネットワーク並列計算の設定
- 計算スキーム（calculation scheme）からのテンプレートを利用したジョブ設定
- 特別なジョブ入力作成の自動化
- Guess=Fragment 計算/Counterpoise 計算時のフラグメント単位の電荷やスピン多重度
Gaussian 計算結果の表示
- 振動数と関連する基準振動モードのアニメーション
- 表示に利用する振動モードの複数選択
- 作成した基準振動モードのチェックポイントファイルへの保存
- 同位体置換による振動解析/基準振動モード
- 構造配列のアニメーション: 構造最適化、IRC 反応経路、ポテンシャルエネルギー表面スキャン、BOND および ADMP 計算のトラジェクトリー
- アニメーションを個々のフレームとして、GIF 形式もしくは MNG 形式 で保存可能
GaussView のカスタマイズ
GaussView 機能の大部分のプレファレンス設定/保存:
- 色表示: 各元素、分子画面背景 、サーフェイス、透過性
- Gaussian 09 計算設定
