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シーケンスドキュメントからシーケンスをコピーし、GI ノートブックにそれをペーストすると、それは、"Features" オブジェクトとして表示されます。図 6.25 に示すのはこのオブジェクトの一例です。Features オブジェクトの各部分の表示は、Features メニューにある項目を使って定義します。Features オブジェクトに関する考察は、チュートリアル 16：書式付きシーケンス情報の表示でも紹介してあります。Features オブジェクトの各部分は、このメニューの以下に示す項目を使うことによって表示と非表示を個別に切り替えることができます。
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Mark Sites... メニュー項目は、Features オブジェクト内のシーケンスが DNA 配列であれば制限酵素部位を、タンパク質配列であれば化学的または酵素的開裂部位をマークします。これらの操作は、DNA 配列における "Restriction Enzyme Digest" やタンパク質配列における "Protein Cleavage" のような部位をマークする解析ととても似ています。Features オブジェクトでは、シーケンスの上に部位の名称がリストで表示されます。認識部位の先頭の文字の真上に部位名の先頭文字が表示されます。
Translate... メニュー項目は、翻訳に使用するテーブルの選択を経て、選択状態にある核酸シーケンスを翻訳します。このメニュー項目はシーケンスが核酸のときだけ利用することができます。
Define Intron メニュー項目は、選択範囲の核酸シーケンスの色をイントロンがある部分として反転し、こうして選択したセグメントを核酸の翻訳時に無視されるようにします。イントロンを定義することによって、イントロンを挟む核酸シーケンスを読み枠を保持しながら翻訳できるようになります。このオプションは、シーケンスが核酸の時だけ利用することができます。
Undefine Intron(s) メニュー項目は、選択した核酸セグメントから全てのイントロン表示を削除します。表示されているシーケンスそのものは削除されません。選択したシーケンスからイントロンの定義を無効にするため表示法を変更するだけです。
Display サブメニューにある項目は、Features オブジェクトの表示法を定義するものです。Features オブジェクトの各種パーツの表示・非表示とその他の表示上の特性を定義します。
Show/Hide Double Strands メニュー項目は、シーケンスが核酸のときだけ利用できるもので、シーケンスの表示を二重鎖形式 (double stranded format) にするか、それとも、一本鎖形式 (single stranded format) でにするかを切り替えます。
Show/Hide Site Markers メニュー項目は、制限酵素 (核酸シーケンス) 又は開裂 (タンパク質シーケンス) マーカーを表示させるか否かを指定します。マーカーを非表示にしても Features オブジェクトの表示が見えなくなるだけで、シーケンスそのものが削除される訳ではありません。マーカーを削除するには、最初にそれらを選択状態にしてから Delete キーを押します。
Show/Hide Translation メニュー項目は、翻訳されたシーケンスを核酸シーケンスと並べて表示させるか否かを指定します。翻訳を非表示にしても、 Features オブジェクトの表示が見えなくなるだけで、シーケンスそのものが削除される訳ではありません。新たに翻訳を作成するには、"Translate... " をご覧ください。
Show/Hide Left Positions メニュー項目は、シーケンス行の一番左端にあるポジションインジケーターを表示または非表示にします。核酸および翻訳されたアミノ酸シーケンスのいずれの位置もこの対象となります。
Show/Hide Right Positions メニュー項目は、シーケンス行の一番右端にあるポジションインジケーターを表示または非表示にします。核酸および翻訳されたアミノ酸シーケンスのいずれの位置もこの対象となります。
Show/Hide Line Dividers メニュー項目は、各シーケンス行の区分けを明確にするために使用する分割線 (Line Dividers) を表示または非表示にします。
Feature Margins... メニュー項目を使えば、シーケンスとポジションマーカーとの間隔、および、シーケンスと Features オブジェクト境界との間隔を指定できます。図 6.26 に示すのはこのダイアログです。Left margin と Right margin の値は、シーケンスそれ自体と Features オブジェクトの端との間の間隔の最小値を指定します。Gap margin は、ポジションインジケーターとシーケンスの間隔を指定します。
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Line Spacing メニュー項目を使えば、表示されるシーケンスの行間に幅を追加することができます。図 6.27 に示すダイアログを使用して、シーケンスの行間に追加する値をピクセル単位で入力します。
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One Letter AA Code メニュー項目は、翻訳されたシーケンスの表示を１文字アミノ酸コード (one letter amino acid code) に切り替えます。この項目は、翻訳されたシーケンスでのみ利用することができます。
Three Letter AA Code メニュー項目は、翻訳されたシーケンスの表示を３文字アミノ酸コード (three letter amino acid code) に切り替えます。この項目は、翻訳されたシーケンスでのみ利用することができます。
Grouping メニュー項目は、核酸またはタンパク質シーケンスの文字の並べ方を指定します。グループとは、画面上に描画されるシーケンスのうち、スペースで区切られた文字集合の部分です。グループ化することによってシーケンスを読み易くすることができます。Groups of ten は、核酸シーケンスとタンパク質シーケンスのどちらで使っても構いません。Groups of three は、核酸シーケンスを翻訳したあと実行することで、核酸シーケンスと翻訳されたシーケンスを一緒に揃えることができます。
Groups of Three メニュー項目は、選択したシーケンスをその先頭文字から３文字毎のグループに区切ります。
Groups of Ten メニュー項目は、選択したシーケンスをその先頭文字から 10 文字毎のグループに区切ります。
No Grouping メニュー項目は、選択したシーケンスの全てのグループ指定を解除します。
Other Group Size... メニューを選択すると、グループに任意のサイズを指定し、選択したシーケンスを指定したサイズでグループ化することができます。
Insert Line Break メニュー項目は、シーケンス内の挿入ポイントに改行を挿入します。つまり、挿入ポイントの直後にある文字が次の行の先頭になります。シーケンスのセグメント (一部) を選択状態にしている状態で Insert Line Break を選択すると、改行が選択したシーケンスの先頭文字の直前に挿入されると共に、選択したシーケンスの最後の文字の直後にも改行が挿入されます。
Remove Line Break(s) メニュー項目は、シーケンスの選択セグメントからすべての改行を削除します。
Adjust Size To Contents メニュー項目は、Features オブジェクトの枠内にその内容全体がぴったり収まるようサイズを調整するものです。Features オブジェクトで編集作業を行った結果、その内容が増減した場合に使うと便利なコマンドです。
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