Appendix: Prosite Language Definitions

Prosite 言語は、データベースから非常に特殊なパターンを検索するために開発されたものです。非常に細かな設定ができますが誰でも使えるエレガントな言語です。Prosite パターンは、以下に示す規則に従って記述します：

• アミノ酸には、標準的な IUPAC の１文字コードを使う
• 任意のアミノ酸を許容する位置には、記号 x を使う。
• 多義語を含む場合 (Inclusive ambiguities) は、許容されるアミノ酸のリストを角括弧 [ ] 内の任意の位置に挟んであらわす。例えば、[ALT] は、Ala、または、Leu、または、Thr をあらわす。
• 多義語を含まない場合 (Exclusive ambiguities) は、波括弧 { } に挟んであらわし、指定した位置で許容されないアミノ酸を波括弧内に記入する。例えば、{AM} は、Ala および Met を除く任意のアミノ酸をあらわす。
• パターン内の各要素は、それぞれの隣に - (ハイフン) を入れて区切る。
• ある要素の繰り返しパターンは、以下に示す要素と数値、または、要素と括弧にくくられた数値範囲であらわす。例：x(3) は x-x-x をあらわす。x(2,4) は x-x または x-x-x または x-x-x-x をあらわす。
• シーケンスのパターンを N-末端に制限する場合は < 記号で開始し、C-末端に制限する場合は > 記号で終わる。
• パターンはピリオド . 記号で終える。

事例：

• 例 1

  [AC]-X-V-X(4)-{ED}

  このパターンは、[Ala または Cys]-任意-Val-任意-任意-任意-任意-{Glu または Asp 以外} に翻訳される。
  
  
• 例 2:
  

  <A-X-[ST](2)-X(0,1)-V

  シーケンスの必ず N-末端になる ('<') このパターンは、Ala-任意-[Ser または Thr]-[Ser または Thr]-(任意 または 無し)-Val に翻訳される。