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StarDrop 7.5 新しい機能 |
バージョン履歴 |
StarDrop 7.5がリリースされました。この最新版にはいくつかの優れた新機能が含まれています。
これらには、新しい代謝モジュールのリリースに加え、強化された3Dリガンドベースの仮想スクリーニング機能や改良された2Dアラインメント機能などのアップデートが含まれます。主な機能を以下に紹介しますが、追加および変更点の詳細についてはリリースノートをご参照ください。
新しい Metabolism モジュール（現在の P450 モジュールから移行）は、化合物がどのように代謝されるかについてさらに優れた見識を提供します。新しいモジュールは、代謝安定性を向上するための新しい化合物の設計や前臨床試験でどの種を優先するのかの理解を支援します。このモジュールの概要については、こちらのビデオをご参照ください。
Metabolismモジュールでは、代謝予測機能がヒトP450のみから、報告されているヒトPhase I（P450、AOX、FMO）の80％、ヒトPhase II（UGT、SULT）の60％、前臨床生物種のP450代謝をカバーするモデルへと拡張されました。
これらのアップデートは、複数の代謝経路を持つ化合物を特定して潜在的な薬物間相互作用を回避し、最も重要な酵素を特定して実験テスト中に確実に適用できるよう支援します。
新しい WhichEnzyme™ モデルでは、5 つの主要な酵素ファミリーのうち、ヒトにおける化合物の代謝に関与している可能性が最も高い酵素を特定します。 さらに、WhichP450™ モデルによってアイソフォーム固有のレベルまで進め、ヒト シトクロム P450 の 7 つの主要な薬物代謝アイソフォームのうちどれが化合物を代謝する可能性が最も高いかを確認します。
P450・FMO・AOX・UGT・FMO の位置選択性モデルは、潜在的な代謝部位にフラグを立て、部位の代謝不安定性を理解し、代謝に対する脆弱性を示し、代謝安定性を向上させるための化合物再設計を支援します。
発見的手法では、WhichEnzyme・WhichP450・代謝部位モデルからの予測結果を組み合わせて、複数世代の代謝物を表示し、最も可能性の高いフェーズ I および II の代謝物を特定するための代謝経路を作成することが可能です。
これらの機能により、体内における薬物代謝がより現実的に表現され、潜在的に有毒な代謝産物を特定し、最も関連性の高い酵素に対する代謝安定性のために分子を最適化することが可能となります。
ラット・マウス・イヌのシトクロム P450 の予測モデルにより、ヒトの代謝物予測との比較が可能となり、前臨床実験で代謝物に最も適合する可能性が高い前臨床種を特定するのに役立ちます。
今回のリリースでは、BioPharmics 社の Surflex eSim3D™ テクノロジーの StarDrop への実装が強化されました。これにより、BioPharmics 社の ForceGen 手法を用いて事前に3D計算された化合物の大規模なコレクションに対して、リガンドベースのバーチャルスクリーニングをデスクトップコンピュータ上で迅速に実行できるようになりました。
この機能強化により、1つまたは複数の参照リガンド（X線共結晶、低エネルギーコンフォメーション、複数リガンドからのバインディングモード仮説など）にアラインメントしながらライブラリをスクリーニングし、Scaffold Hop や購入可能な新規活性化合物を迅速に同定することができます。強化されたバーチャルスクリーニング機能の詳細については、こちらのビデオをご参照ください。
StarDrop 7.5では、2Dアラインメント機能が強化されました。構造アラインメントツールを使用することで、 部分構造を定義し、データセット内の分子の厳密なアラインメントを行うことができるようになりました。複数の Scaffold ケモタイプを持つデータセットを一貫してアラインメントすることで、共通の Scaffold 周辺の官能基のバリエーションを視覚化することにより、SAR 解析が容易になります。2次元構造アラインメントが実際に行われている様子は、こちらのビデオでご覧ください。
今回のリリースでは、他にも様々な新機能が追加されました。データセットの構造をその場で編集し、修正することができるようになりました。また、CTRLキーを押しながらマウスホイールを回転させることで、データセットを拡大・縮小できるようになりました。