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StarDrop 7.1 新しい機能

 バージョン履歴

新しいSurflex eSim3D™ モジュール

3D リガンドベースデザイン機能の強化

新しい Surflex eSim3D モジュールは、業界最高レベルの 3D リガンドベースデザインの手法です。ターゲット構造情報が少ない若しくは無い場合でも、新規活性化合物の特定や最適化を行うことが可能です。
厳密に検証された科学に基づく Surflex eSim3D モジュールの利用により、これまでにない精度とパフォーマンスでの各種アプローチが可能となります；

  • 既知の活性化合物に対する 3D 仮想スクリーニングから新規の有力化合物を見出します。
  • 厳密に検証されたポーズ予測から 3D 構造活性相関を理解し、化合物の効力最適化を支援します。
  • 複数の既知活性化合物のアラインメントによりバインディングモードの仮説を立てます。
  • ターゲットの 3D 構造が存在するドッキングを補完する観点を見出し、仮想スクリーニングのパフォーマンスを向上します。

torch3D™ から Surflex eSim3D へのアップグレード

torch3D モジュールライセンスを保有している場合、StarDrop 7.1 をインストールすると自動的に Surflex eSim3D にアップグレードされます。Surflex eSim3D では、torch3D よりも優れた多くの新機能を利用することが可能です：

  • 複数の活性化合物をアライメントし、仮想の結合モデルを作成します。この仮想結合モデルを新規化合物のアラインメントターゲットとして利用することにより、単一参照化合物からの仮想スクリーニングよりもロバスト性（堅牢性）が向上します。
  • 高速かつ精密な ForceGen 法を利用し、化合物セットの 3D コンフォメーション集合体を生成します。
  • torch3D モジュールにあった 500 化合物までの制限が排除され、無制限数の化合物の仮想スクリーニング実行が可能です。
Surflex eSim3D は最新の macOS バージョンに対応しており、Mac 版の StarDrop での 3D リガンドベース設計が可能となります。Surflex eSim3D を試用したい場合には、お問い合わせください。torch3D のライセンスを所有していない場合も、無料のデモライセンス提供が可能です。

SeeSAR View モジュールユーザインターフェイスの改良

Table View で直接調査対象のポーズを選択

SeeSAR View で同一化合物の複数ポーズの取扱いを簡便にするため、Table View から複数ポーズに直接アクセスできるようになりました。SeeSAR Pose モジュールから生成された構造、もしくは、StarDrop の Pose Generation インターフェイスを介して好きなドッキングプラットフォームから生成された構造のどちらにおいても、構造情報の横に表示されているコンフォメーション数をクリックすると、ドロップダウン形式で全ポーズ情報が表示されます。この改良により、SeeSAR モジュールと新しい SurflexeSim3D モジュールのコンフォメーションのユーザインターフェイスの連動利用が可能です。

SeeSAR View での共結晶リガンドの取り扱い

ターゲットと共結晶化したリガンドを非表示にする場合、SeeSAR タブの 3D viewer の上にある Display メニューの Display Options… からこのオプションにアクセスできます。 Show complexed ligands チェックボックスをオフにするだけです。3D viewer の上にある Binding メニューの Show Binding オプションから、共結晶化したリガンドに簡単にフォーカスすることも可能です。