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| 製品概要 | 新しい機能 |
StarDrop 6.6 新しい機能 |
バージョン履歴 |
StarDrop 6.6 における新機能と強化された機能は次の通りです。
ADME QSAR モジュールに含まれる StarDrop の新しい pKa モデルは、量子力学と機械学習を組み合わせて、一塩基酸及び二塩基酸化合物の酸解離定数を精度良く予測します。厳密に検証されたモデルは、 SAMPL6 テストセット( pKa 予測ベンチマーク用)などの複数の外部ベンチマークにおいて優れたパフォーマンスを発揮します。
StarDrop6.6では、StarDropの structure-based design 向け機能をより強力にする SeeSAR モジュール拡張スイートを提供します。
結合親和性を促進するキーとなる相互作用を特定する為のたんぱく質とリガンドを3Dで可視化します。X線結晶構造やご使用のドッキングソフトウェアでの予測結果の構造取り込みが可能です。
受賞歴のある HYDE スコアリングメソッドを使用し、リガンドの結合親和性を各原子の結合自由エネルギーへの寄与を可視化することにより分析したり、ねじれ角ヒートマップを表示してドッキングポーズを評価することが可能です。
FlexX docking を使用して、バーチャルスクリーニングのための複数ポーズの生成やインタラクティブな3Dデザインを行えます。
高速テンプレートドッキングにより、確立された結合モードを維持しながら、リアルタイムなフィードバックによる化合物編集を行うことが可能です。また、 SeeSAR Affinity モジュールと組み合わせることで、結合エネルギーに対する新しい最適化の影響を評価することが可能となります。
機能強化
StarDrop の機能は、継続的に拡張および更新しているさまざまな無料アドオンで拡張する事が出来ます。 Optibrium Community Web サイトにログインし、無料でダウンロードする事が出来ます。 StarDrop 6.6 で引き続き機能させるには、アドオンの更新が必要な場合がありますのでご注意下さい。
このツールを使用すると、対象のクエリ構造に類似する化合物を「 Enamine REAL space 」で検索できます。「 Enamine REAL space 」は現在、110億を超えるバーチャル化合物を収録しています。このツールは、 BioSolveIT の REAL Space Navigator と同じ様に FTrees テクノロジーを使用し膨大な REAL スペースをすばやく検索します。
このスクリプトを使用すると、「 ICSYNTH light 」にアクセスし、StarDropのインタラクティブデザイナーまたは Nova モジュールで設計された新しい分子の合成経路の評価が可能となります。「 ICSYNTH light 」は、トランスフォームベースのアプローチを採用しており新規若しくは未公開であってもターゲット分子の合成経路を生成します。このスクリプトは、可能な合成経路をWebブラウザーで表示します。
ChEMBL は、ドラッグライクな特性を持つ生理活性化合物を手作業で厳選した主要なデータベースです。化学、生理活性、ゲノムデータを纏め、ゲノム情報の効果的な新薬への展開を支援します。最近更新されたスクリプトを使用すると、 StarDrop から ChEMBL を直接検索し、事前定義したデータ形式で出力できる為、以下の業務で直ぐに利用可能となります。